Single-nucleotide polymorphism (SNP) and Alternative splicing (AS) were found to be implicated in certain diseases, nevertheless, the contributions of mRNA SNPs and AS to pathogenesis in developing rat brains with hypoxic-ischemic encephalopathy (HIE) remained largely vague. Additionally, the disease associated with Tacr3 was normosmic congenital hypogonadotropic hypogonadism, while the relationship between HIE and Tacr3 remained largely elusive. The current study was designed to investigate the differentially expressed mRNAs and related SNPs as well as AS in neonatal rats subjected to HIE to identify if the exhibition of AS was associated with SNPs under pathological condition. Firstly, we used postnatal day 7 Sprague-Dawley rats to construct neonatal HIE model, and analyzed the expression profiles of SNP mRNA in hypoxic-ischemic (HI) and sham brains by using RNA sequencing. Then four genes, including Mdfic, Lpp, Bag3 and Tacr3, connecting with HIE and exhibiting SNPs and AS were identified by bioinformatics analysis. Moreover, combined with exonic splicing enhancer (ESE) and alternative splice site predictor (ASSP) analysis, we found that Tacr3 is associated specifically with HIE through 258547789 G > A SNP in inside the Alt First Exon and 258548573 G > A SNP in outside the Alt First Exon. Taken together, our study provides new evidence to understand the role of Tacr3 in HIE and it is possibly a potential target for the treatment of HIE in future clinic trial.

中文翻译：

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Tacr3 中的单核苷酸多态性诱导可变剪接涉及缺氧缺血性脑损伤。

单核苷酸多态性 (SNP) 和可变剪接 (AS) 被发现与某些疾病有关，然而，mRNA SNP 和 AS 对缺氧缺血性脑病 (HIE) 大鼠大脑的发病机制的贡献仍然很模糊。此外，与 Tacr3 相关的疾病是正常的先天性低促性腺激素性腺功能减退症，而 HIE 和 Tacr3 之间的关系在很大程度上仍然难以捉摸。目前的研究旨在调查 HIE 新生大鼠中差异表达的 mRNA 和相关 SNP 以及 AS，以确定 AS 的表现是否与病理条件下的 SNP 相关。首先，我们使用出生后第 7 天的 Sprague-Dawley 大鼠构建新生儿 HIE 模型，并通过RNA测序分析了缺氧缺血（HI）和假脑中SNP mRNA的表达谱。然后通过生物信息学分析鉴定了四个基因，包括 Mdfic、Lpp、Bag3 和 Tacr3，与 HIE 连接并表现出 SNP 和 AS。此外，结合外显子剪接增强子 (ESE) 和选择性剪接位点预测器 (ASSP) 分析，我们发现 Tacr3 通过 Alt First Exon 内部的 258547789 G > A SNP 和外部第一外显子的 258548573 G > A SNP 与 HIE 特异性相关。替代第一外显子。总之，我们的研究为了解 Tacr3 在 HIE 中的作用提供了新的证据，它可能是未来临床试验中治疗 HIE 的潜在目标。通过生物信息学分析确定了与 HIE 连接并展示 SNP 和 AS。此外，结合外显子剪接增强子 (ESE) 和选择性剪接位点预测器 (ASSP) 分析，我们发现 Tacr3 通过 Alt First Exon 内部的 258547789 G > A SNP 和外部第一外显子的 258548573 G > A SNP 与 HIE 特异性相关。替代第一外显子。总之，我们的研究为了解 Tacr3 在 HIE 中的作用提供了新的证据，它可能是未来临床试验中治疗 HIE 的潜在目标。通过生物信息学分析确定了与 HIE 连接并展示 SNP 和 AS。此外，结合外显子剪接增强子 (ESE) 和选择性剪接位点预测器 (ASSP) 分析，我们发现 Tacr3 通过 Alt First Exon 内部的 258547789 G > A SNP 和外部第一外显子的 258548573 G > A SNP 与 HIE 特异性相关。替代第一外显子。总之，我们的研究为了解 Tacr3 在 HIE 中的作用提供了新的证据，它可能是未来临床试验中治疗 HIE 的潜在目标。替代第一外显子外的一个 SNP。总之，我们的研究为了解 Tacr3 在 HIE 中的作用提供了新的证据，它可能是未来临床试验中治疗 HIE 的潜在目标。替代第一外显子外的一个 SNP。总之，我们的研究为了解 Tacr3 在 HIE 中的作用提供了新的证据，它可能是未来临床试验中治疗 HIE 的潜在目标。