Prophylactic or preemptive treatment strategies are required to prevent human cytomegalovirus (CMV) infections in transplant recipients. However, treatment failure occurs when CMV resistant-associated variants (RAVs) are selected. Although the diversity of CMV is lower than that of RNA viruses, CMV appears to show some genetic instability, with possible minor emerging resistance that may be undetectable by Sanger sequencing. We aimed to examine CMV-resistance mutations over time by ultra-deep sequencing (UDS) and Sanger sequencing in a kidney transplant recipient experiencing CMV infection. This patient showed a transient response to three different antiviral drugs (valganciclovir, foscarnet, and maribavir) and four episodes of CMV resistance over two years. The full-length UL97 (2.3kpb) and partial UL54 (2.4kpb) CMV genes were studied by UDS and Sanger sequencing and linkage mutations calculated to determine RAVs. We detected four major and five minor resistance mutations. Minor resistant variants (2-20%) were detected by UDS, whereas major resistance substitutions (>20%) were identified by both UDS and Sanger method. We detected cross-resistance to three drugs, despite high CMV loads, suggesting that the fitness of the viral mutants was not impaired. In conclusion, CMV showed complex dynamic of resistance under antiviral drug pressure, as described for highly variable viruses. The emergence of successive RAVs constitutes a clinically challenging complication and contributes to the difficulty of therapeutic management of patients.

中文翻译：

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通过超深度测序表征人类巨细胞病毒对抗病毒药物的抗药性。

需要采取预防性或抢先性治疗策略来预防移植受者中的人巨细胞病毒（CMV）感染。但是，选择CMV抗性相关变体（RAV）会导致治疗失败。尽管CMV的多样性低于RNA病毒的多样性，但CMV似乎显示出一些遗传不稳定因素，可能有较小的新兴抗性，这可能无法通过Sanger测序检测到。我们的目的是通过超深测序（UDS）和Sanger测序对经历了CMV感染的肾脏移植接受者随时间的推移检查CMV抗性突变。该患者在两年中对三种不同的抗病毒药物（缬更昔洛韦，膦甲酸酯和马里巴韦）表现出短暂反应，并出现了四次CMV耐药性发作。全长UL97（2.3kpb）和部分UL54（2。通过UDS和Sanger测序研究了4kpb）CMV基因，并计算了连锁突变以确定RAV。我们检测到四个主要和五个次要抗性突变。通过UDS检测到较小的抗性变异（2-20％），而通过UDS和Sanger方法鉴定出主要的抗性替代（> 20％）。尽管CMV负载很高，我们仍检测到对三种药物的交叉耐药性，这表明病毒突变体的适应性并未受到损害。总之，CMV在抗病毒药物压力下显示出复杂的抗药性动态，如针对高度可变的病毒所述。连续RAV的出现构成临床上具有挑战性的并发症，并增加了患者治疗管理的难度。我们检测到四个主要和五个次要抗性突变。通过UDS检测到较小的抗性变异（2-20％），而通过UDS和Sanger方法鉴定出主要的抗性替代（> 20％）。尽管CMV负载很高，我们仍检测到对三种药物的交叉耐药性，这表明病毒突变体的适应性并未受到损害。总之，CMV在抗病毒药物压力下显示出复杂的抗药性动态，如针对高度可变的病毒所述。连续RAV的出现构成了临床上具有挑战性的并发症，并增加了患者治疗管理的难度。我们检测到四个主要和五个次要抗性突变。通过UDS检测到较小的抗性变异（2-20％），而通过UDS和Sanger方法鉴定出主要的抗性替代（> 20％）。尽管CMV负载很高，我们仍检测到对三种药物的交叉耐药性，这表明病毒突变体的适应性并未受到损害。总之，CMV在抗病毒药物压力下显示出复杂的抗药性动态，如针对高度可变的病毒所述。连续RAV的出现构成临床上具有挑战性的并发症，并增加了患者治疗管理的难度。尽管CMV负荷很高，这表明病毒突变体的适应性并未受到损害。总之，CMV在抗病毒药物压力下显示出复杂的抗药性动态，如针对高度可变的病毒所述。连续RAV的出现构成了临床上具有挑战性的并发症，并增加了患者治疗管理的难度。尽管CMV负荷很高，这表明病毒突变体的适应性并未受到损害。总之，CMV在抗病毒药物压力下显示出复杂的抗药性动态，如针对高度可变的病毒所述。连续RAV的出现构成临床上具有挑战性的并发症，并增加了患者治疗管理的难度。