Plant compartments provide unique niches that lead to specific microbial associations. The microbiota colonizing the endophytic compartment (endorhizosphere) and the rhizosphere contribute to productivity, plant growth, phytoremediation and carbon sequestration. The main objective of this study was to investigate how fungal communities are enriched in different habitats outside and inside of grapevine roots. For this purpose, the spatial dynamics of the fungal communities associated with three soil-plant compartments (bulk soil, rhizosphere and endorhizosphere) were characterized by ITS high-throughput amplicon sequencing (HTAS). Fungal communities were largely affected in their diversity and composition by soil-plant compartments, whereas the spatial variation (i.e. across five vineyards) was low. The endorhizosphere compartment differed most from the other two, suggesting that the root tissues entail a barrier for fungal colonization. The results of functional prediction via FUNGuild suggested an increase in the relative abundances of potential plant pathogens, endophytes and arbuscular mycorrhiza, and a decrease in wood, dung and undefined saprotrophs from bulk soil towards the endorhizosphere. Roots of asymptomatic vines were a microbial niche that is inhabited by soilborne fungi associated with grapevine trunk diseases, which opens up new perspectives in the study of the endophytic role of these pathogens on grapevines. Results obtained in this study provide helpful information to better know how the host shapes its microbiome and the implications for vineyard productivity and management.

植物区隔提供独特的生态位，可导致特定的微生物结合。定居于内生区室（根际内）和根际的微生物群有助于生产力，植物生长，植物修复和碳固存。这项研究的主要目的是调查葡萄根外部和内部不同生境中真菌群落的富集情况。为此，通过ITS高通量扩增子测序（HTAS）来表征与三个土壤植物区室（散装土壤，根际和根际内层）相关的真菌群落的空间动力学。真菌群落的多样性和组成在很大程度上受到土壤－植物区室的影响，而空间变异（即在五个葡萄园中）的空间变异较低。根际内区隔与其他两个区的差异最大，表明根部组织为真菌定植带来了障碍。通过FUNGuild进行功能预测的结果表明，潜在植物病原体，内生菌和丛枝菌根的相对丰度增加，而从散装土壤到根际内的木材，粪便和腐生腐腐菌的减少。无症状藤蔓的根系是与葡萄干病相关的土壤传播真菌所居住的微生物生态位，这为研究这些病原体对葡萄藤的内生作用开辟了新的视野。这项研究获得的结果提供了有用的信息，可以更好地了解寄主如何塑造其微生物组，以及对葡萄园生产力和管理的影响。提示根组织对真菌定植具有障碍。通过FUNGuild进行功能预测的结果表明，潜在植物病原体，内生菌和丛枝菌根的相对丰度增加，而从散装土壤到根际内的木材，粪便和腐生腐腐菌的减少。无症状藤蔓的根系是与葡萄干病相关的土壤传播真菌所居住的微生物生态位，这为研究这些病原体对葡萄藤的内生作用开辟了新的视野。这项研究获得的结果提供了有用的信息，可以更好地了解寄主如何塑造其微生物组，以及对葡萄园生产力和管理的影响。提示根组织对真菌定植具有障碍。通过FUNGuild进行功能预测的结果表明，潜在植物病原体，内生菌和丛枝菌根的相对丰度增加，而从散装土壤到根际内的木材，粪便和腐生腐腐菌的减少。无症状藤蔓的根系是与葡萄干病相关的土壤传播真菌所居住的微生物生态位，这为研究这些病原体对葡萄藤的内生作用开辟了新的视野。这项研究获得的结果提供了有用的信息，可以更好地了解寄主如何塑造其微生物组，以及对葡萄园生产力和管理的影响。通过FUNGuild进行功能预测的结果表明，潜在植物病原体，内生菌和丛枝菌根的相对丰度增加，而从散装土壤到根际内的木材，粪便和腐生腐腐菌的减少。无症状藤蔓的根系是与葡萄干病相关的土壤传播真菌所居住的微生物生态位，这为研究这些病原体对葡萄藤的内生作用开辟了新的视野。这项研究获得的结果提供了有用的信息，可以更好地了解寄主如何塑造其微生物组，以及对葡萄园生产力和管理的影响。通过FUNGuild进行功能预测的结果表明，潜在植物病原体，内生菌和丛枝菌根的相对丰度增加，而从散装土壤到根际内的木材，粪便和腐生腐腐菌的减少。无症状藤蔓的根系是与葡萄干病相关的土壤传播真菌所居住的微生物生态位，这为研究这些病原体对葡萄藤的内生作用开辟了新的视野。这项研究获得的结果提供了有用的信息，可以更好地了解寄主如何塑造其微生物组，以及对葡萄园生产力和管理的影响。粪便和未腐烂的腐生菌从大块土壤流向内生根。无症状藤蔓的根系是与葡萄干病相关的土壤传播真菌所居住的微生物生态位，这为研究这些病原体对葡萄藤的内生作用开辟了新的视野。这项研究获得的结果提供了有用的信息，可以更好地了解寄主如何塑造其微生物组，以及对葡萄园生产力和管理的影响。粪便和未腐烂的腐生菌从大块土壤流向内生根。无症状藤蔓的根系是与葡萄干病相关的土壤传播真菌所占据的微生物生态位，这为研究这些病原体对葡萄藤的内生作用开辟了新的视野。这项研究获得的结果提供了有用的信息，可以更好地了解寄主如何塑造其微生物组，以及对葡萄园生产力和管理的影响。