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Computational approaches: discovery of GTPase HRas as prospective drug target for 1,3-diazine scaffolds
BMC Chemistry ( IF 4.6 ) Pub Date : 2019-07-24 , DOI: 10.1186/s13065-019-0613-8 Sanjiv Kumar , Deepika Sharma , Balasubramanian Narasimhan , Kalavathy Ramasamy , Syed Adnan Ali Shah , Siong Meng Lim , Vasudevan Mani
BMC Chemistry ( IF 4.6 ) Pub Date : 2019-07-24 , DOI: 10.1186/s13065-019-0613-8 Sanjiv Kumar , Deepika Sharma , Balasubramanian Narasimhan , Kalavathy Ramasamy , Syed Adnan Ali Shah , Siong Meng Lim , Vasudevan Mani
Heterocyclic 1,3-diazine nucleus is a valuable pharmacophore in the field of medicinal chemistry and exhibit a wide spectrum of biological activities. PharmMapper, a robust online tool used for establishing the target proteins based on reverse pharmacophore mapping. PharmMapper study is carried out to explore the pharmacological activity of 1,3-diazine derivatives using reverse docking program. PharmMapper, an open web server was used to recognize for all the feasible target proteins for the developed compounds through reverse pharmacophore mapping. The results were analyzed via molecular docking with maestro v11.5 (Schrodinger 2018-1) using GTPase HRas as possible target. The molecular docking studies displayed the binding behavior of 1,3-diazine within GTP binding pocket. From the docking study compounds s3 and s14 showed better docked score with anticancer potency against cancer cell line (HCT116). Hence, the GTPase HRas may be the possible target of 1,3-diazine derivatives for their anticancer activity where the retrieved information may be quite useful for developing rational drug designing. Furthermore the selected 1,3-diazine compounds were evaluated for their in vitro anticancer activity against murine macrophages cell line. 1,3-Diazine compounds exhibited good selectivity of the compounds towards the human colorectal carcinoma cell line instead of the murine macrophages. The toxicity study of the most active compounds was also performed on non cancerous HEK-293 cell line.
中文翻译:
计算方法:发现GTPase HRas作为1,3-二嗪支架的预期药物靶标
杂环1,3-二嗪核在药物化学领域是一种有价值的药效团,具有广泛的生物学活性。PharmMapper,一个强大的在线工具,用于基于反向药效团作图来建立目标蛋白。进行PharmMapper研究以使用反向对接程序探索1,3-二嗪衍生物的药理活性。使用PharmMapper(开放式Web服务器)通过逆向药效团作图来识别已开发化合物的所有可行靶蛋白。使用GTPase HR作为可能的靶点,通过与maestro v11.5(Schrodinger 2018-1)进行分子对接来分析结果。分子对接研究显示了1,3-二嗪在GTP结合口袋中的结合行为。根据对接研究,化合物s3和s14表现出更好的对接分数,并且具有针对癌细胞系(HCT116)的抗癌效力。因此,GTPase HRas可能是1,3-二嗪衍生物具有抗癌活性的目标,在这种情况下,检索到的信息可能对开发合理的药物设计非常有用。此外,评估所选的1,3-二嗪化合物对鼠巨噬细胞细胞系的体外抗癌活性。1,3-二嗪化合物对人结肠直肠癌细胞系而不是鼠巨噬细胞显示出良好的选择性。还对非癌性HEK-293细胞系进行了活性最高的化合物的毒性研究。GTPase HRas可能是1,3-二嗪衍生物具有抗癌活性的可能靶标,其中检索到的信息可能对开发合理的药物设计非常有用。此外,评估所选的1,3-二嗪化合物对鼠巨噬细胞细胞系的体外抗癌活性。1,3-二嗪化合物对人结肠直肠癌细胞系而不是鼠巨噬细胞显示出良好的选择性。还对非癌性HEK-293细胞系进行了活性最高的化合物的毒性研究。GTPase HRas可能是1,3-二嗪衍生物具有抗癌活性的可能靶标,其中检索到的信息可能对开发合理的药物设计非常有用。此外,评估所选的1,3-二嗪化合物对鼠巨噬细胞细胞系的体外抗癌活性。1,3-二嗪化合物对人结肠直肠癌细胞系而不是鼠巨噬细胞显示出良好的选择性。还对非癌性HEK-293细胞系进行了活性最高的化合物的毒性研究。此外,评估所选的1,3-二嗪化合物对鼠巨噬细胞细胞系的体外抗癌活性。1,3-二嗪化合物对人结肠直肠癌细胞系而不是鼠巨噬细胞显示出良好的选择性。还对非癌性HEK-293细胞系进行了活性最高的化合物的毒性研究。此外,评估所选的1,3-二嗪化合物对鼠巨噬细胞细胞系的体外抗癌活性。1,3-二嗪化合物对人结肠直肠癌细胞系而不是鼠巨噬细胞显示出良好的选择性。还对非癌性HEK-293细胞系进行了活性最高的化合物的毒性研究。
更新日期:2019-07-24
中文翻译:
计算方法:发现GTPase HRas作为1,3-二嗪支架的预期药物靶标
杂环1,3-二嗪核在药物化学领域是一种有价值的药效团,具有广泛的生物学活性。PharmMapper,一个强大的在线工具,用于基于反向药效团作图来建立目标蛋白。进行PharmMapper研究以使用反向对接程序探索1,3-二嗪衍生物的药理活性。使用PharmMapper(开放式Web服务器)通过逆向药效团作图来识别已开发化合物的所有可行靶蛋白。使用GTPase HR作为可能的靶点,通过与maestro v11.5(Schrodinger 2018-1)进行分子对接来分析结果。分子对接研究显示了1,3-二嗪在GTP结合口袋中的结合行为。根据对接研究,化合物s3和s14表现出更好的对接分数,并且具有针对癌细胞系(HCT116)的抗癌效力。因此,GTPase HRas可能是1,3-二嗪衍生物具有抗癌活性的目标,在这种情况下,检索到的信息可能对开发合理的药物设计非常有用。此外,评估所选的1,3-二嗪化合物对鼠巨噬细胞细胞系的体外抗癌活性。1,3-二嗪化合物对人结肠直肠癌细胞系而不是鼠巨噬细胞显示出良好的选择性。还对非癌性HEK-293细胞系进行了活性最高的化合物的毒性研究。GTPase HRas可能是1,3-二嗪衍生物具有抗癌活性的可能靶标,其中检索到的信息可能对开发合理的药物设计非常有用。此外,评估所选的1,3-二嗪化合物对鼠巨噬细胞细胞系的体外抗癌活性。1,3-二嗪化合物对人结肠直肠癌细胞系而不是鼠巨噬细胞显示出良好的选择性。还对非癌性HEK-293细胞系进行了活性最高的化合物的毒性研究。GTPase HRas可能是1,3-二嗪衍生物具有抗癌活性的可能靶标,其中检索到的信息可能对开发合理的药物设计非常有用。此外,评估所选的1,3-二嗪化合物对鼠巨噬细胞细胞系的体外抗癌活性。1,3-二嗪化合物对人结肠直肠癌细胞系而不是鼠巨噬细胞显示出良好的选择性。还对非癌性HEK-293细胞系进行了活性最高的化合物的毒性研究。此外,评估所选的1,3-二嗪化合物对鼠巨噬细胞细胞系的体外抗癌活性。1,3-二嗪化合物对人结肠直肠癌细胞系而不是鼠巨噬细胞显示出良好的选择性。还对非癌性HEK-293细胞系进行了活性最高的化合物的毒性研究。此外,评估所选的1,3-二嗪化合物对鼠巨噬细胞细胞系的体外抗癌活性。1,3-二嗪化合物对人结肠直肠癌细胞系而不是鼠巨噬细胞显示出良好的选择性。还对非癌性HEK-293细胞系进行了活性最高的化合物的毒性研究。