Abstract N-glycosylation is a post-translational modification heavily impacting protein functions. Some alterations of glycosylation, such as sialic acid hydrolysis, are related to protein dysfunction. Because of their high flexibility and the many reactive groups of the glycan chains, studying glycans with in vitro methods is a challenging task. Molecular dynamics is a useful tool and probably the only one in biology able to overcome this problem and gives access to conformational information through exhaustive sampling. To better decipher the impact of N-glycans, the analysis and visualization of their influence over time on protein structure is a prerequisite. We developed the Umbrella Visualization, a graphical method that assigns the glycan intrinsic flexibility during a molecular dynamics trajectory. The density plot generated by this method brought relevant informations regarding glycans dynamics and flexibility, but needs further development in order to integrate an accurate description of the protein topology and its interactions. We propose here to transform this analysis method into a visualization mode in UnityMol. UnityMol is a molecular editor, viewer and prototyping platform, coded in C#. The new representation of glycan chains presented in this study takes into account both the main positions adopted by each antenna of a glycan and their statistical relevance. By displaying the collected data on the protein surface, one is then able to investigate the protein/glycan interactions.

中文翻译：

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伞形可视化：一种专用于 UnityMol 聚糖灵活性的分析方法。

摘要 N-糖基化是一种严重影响蛋白质功能的翻译后修饰。糖基化的一些改变，如唾液酸水解，与蛋白质功能障碍有关。由于它们的高度灵活性和聚糖链的许多反应基团，使用体外方法研究聚糖是一项具有挑战性的任务。分子动力学是一种有用的工具，并且可能是生物学中唯一能够克服这个问题并通过详尽采样获得构象信息的工具。为了更好地解读 N-聚糖的影响，分析和可视化它们随时间对蛋白质结构的影响是先决条件。我们开发了 Umbrella Visualization，这是一种在分子动力学轨迹中分配聚糖内在灵活性的图形方法。这种方法生成的密度图带来了关于聚糖动力学和灵活性的相关信息，但需要进一步开发以整合蛋白质拓扑结构及其相互作用的准确描述。我们在此建议将这种分析方法转化为 UnityMol 中的可视化模式。UnityMol 是一个分子编辑器、查看器和原型设计平台，用 C# 编码。本研究中提出的聚糖链的新表示考虑了聚糖的每个天线采用的主要位置及其统计相关性。通过在蛋白质表面显示收集到的数据，人们就可以研究蛋白质/聚糖相互作用。但需要进一步发展以整合对蛋白质拓扑结构及其相互作用的准确描述。我们在此建议将这种分析方法转化为 UnityMol 中的可视化模式。UnityMol 是一个分子编辑器、查看器和原型设计平台，用 C# 编码。本研究中提出的聚糖链的新表示考虑了聚糖的每个天线采用的主要位置及其统计相关性。通过在蛋白质表面显示收集到的数据，人们就可以研究蛋白质/聚糖相互作用。但需要进一步发展以整合对蛋白质拓扑结构及其相互作用的准确描述。我们在此建议将这种分析方法转化为 UnityMol 中的可视化模式。UnityMol 是一个分子编辑器、查看器和原型设计平台，用 C# 编码。本研究中提出的聚糖链的新表示考虑了聚糖的每个天线采用的主要位置及其统计相关性。通过在蛋白质表面显示收集到的数据，人们就可以研究蛋白质/聚糖相互作用。本研究中提出的聚糖链的新表示考虑了聚糖的每个天线采用的主要位置及其统计相关性。通过在蛋白质表面显示收集到的数据，人们就可以研究蛋白质/聚糖相互作用。本研究中提出的聚糖链的新表示考虑了聚糖的每个天线采用的主要位置及其统计相关性。通过在蛋白质表面显示收集到的数据，人们就可以研究蛋白质/聚糖相互作用。