MOTIVATION Breast cancer is the second leading cause of cancer death among women. Tumors, even of the same histopathological subtype, exhibit a high genotypic diversity that impedes therapy stratification and that hence must be accounted for in the treatment decision-making process. RESULTS Here, we present ClinOmicsTrailbc, a comprehensive visual analytics tool for breast cancer decision support that provides a holistic assessment of standard-of-care targeted drugs, candidates for drug repositioning and immunotherapeutic approaches. To this end, our tool analyzes and visualizes clinical markers and (epi-)genomics and transcriptomics datasets to identify and evaluate the tumor's main driver mutations, the tumor mutational burden, activity patterns of core cancer-relevant pathways, drug-specific biomarkers, the status of molecular drug targets and pharmacogenomic influences. In order to demonstrate ClinOmicsTrailbc's rich functionality, we present three case studies highlighting various ways in which ClinOmicsTrailbc can support breast cancer precision medicine. ClinOmicsTrailbc is a powerful integrated visual analytics tool for breast cancer research in general and for therapy stratification in particular, assisting oncologists to find the best possible treatment options for their breast cancer patients based on actionable, evidence-based results. AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION ClinOmicsTrailbc can be freely accessed at https://clinomicstrail.bioinf.uni-sb.de. SUPPLEMENTARY INFORMATION Supplementary data are available at Bioinformatics online.

中文翻译：

---

ClinOmicsTrailbc：用于乳腺癌治疗分层的可视化分析工具。

动机乳腺癌是女性癌症死亡的第二大主要原因。甚至具有相同组织病理学亚型的肿瘤也表现出高基因型多样性，这阻碍了治疗的分层，因此必须在治疗决策过程中加以考虑。结果在这里，我们介绍了ClinOmicsTrailbc，这是一种用于乳腺癌决策支持的综合视觉分析工具，可以对靶向治疗的标准药物，药物重新定位和免疫治疗方法的候选人进行全面评估。为此，我们的工具可以分析和可视化临床标记物以及（epi-）基因组学和转录组学数据集，以识别和评估肿瘤的主要驱动因子突变，肿瘤突变负担，核心癌症相关途径的活性模式，药物特异性生物标记物，分子药物靶标的状态和药物基因组学的影响。为了演示ClinOmicsTrailbc的丰富功能，我们提供了三个案例研究，重点介绍了ClinOmicsTrailbc支持乳腺癌精准医学的各种方式。ClinOmicsTrailbc是一款功能强大的集成视觉分析工具，可用于乳腺癌的总体研究，尤其是用于治疗分层，可帮助肿瘤学家根据可行的，循证的结果为乳腺癌患者找到最佳的治疗选择。可用性和实现ClinOmicsTrailbc可以从https://clinomicstrail.bioinf.uni-sb.de免费访问。补充信息补充数据可从Bioinformatics在线获得。我们提供了三个案例研究，重点介绍了ClinOmicsTrailbc支持乳腺癌精准医学的各种方式。ClinOmicsTrailbc是一个功能强大的集成视觉分析工具，可用于乳腺癌的总体研究，尤其是用于治疗分层，可帮助肿瘤学家根据可行的，基于证据的结果为乳腺癌患者找到最佳的治疗选择。可用性和实现ClinOmicsTrailbc可以从https://clinomicstrail.bioinf.uni-sb.de免费访问。补充信息补充数据可从Bioinformatics在线获得。我们提供了三个案例研究，重点介绍了ClinOmicsTrailbc支持乳腺癌精准医学的各种方式。ClinOmicsTrailbc是一个功能强大的集成视觉分析工具，可用于乳腺癌的总体研究，尤其是用于治疗分层，可帮助肿瘤学家根据可行的，基于证据的结果为乳腺癌患者找到最佳的治疗选择。可用性和实现ClinOmicsTrailbc可以从https://clinomicstrail.bioinf.uni-sb.de免费访问。补充信息补充数据可从Bioinformatics在线获得。ClinOmicsTrailbc是一个功能强大的集成视觉分析工具，可用于乳腺癌的总体研究，尤其是用于治疗分层，可帮助肿瘤学家根据可行的，基于证据的结果为乳腺癌患者找到最佳的治疗选择。可用性和实现ClinOmicsTrailbc可以从https://clinomicstrail.bioinf.uni-sb.de免费访问。补充信息补充数据可从Bioinformatics在线获得。ClinOmicsTrailbc是一个功能强大的集成视觉分析工具，可用于乳腺癌的总体研究，尤其是用于治疗分层，可帮助肿瘤学家根据可行的，基于证据的结果为乳腺癌患者找到最佳的治疗选择。可用性和实现ClinOmicsTrailbc可以从https://clinomicstrail.bioinf.uni-sb.de免费访问。补充信息补充数据可从Bioinformatics在线获得。