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Identification of the miR-423-3p/VLDLR Regulatory Network for Glioma Using Transcriptome Analysis
Neurochemical Research ( IF 4.4 ) Pub Date : 2022-11-09 , DOI: 10.1007/s11064-022-03774-y
Ying Song 1, 2 , Huili Jiao 2 , Qirui Lin 3 , Xiaoyun Zhang 2 , Xiao Chen 2 , Zhiqiang Wei 2 , Li Yi 2
Affiliation  

As the most prevalent primary CNS tumor, glioma is characterized by high mortality and morbidity. This research aims to investigate glioma-associated microRNAs (miRNAs) and their target mRNAs, as well as to explore their biological functions in gliomas. The Gene Expression Omnibus (GEO) database was applied to acquire the GSE112264 miRNA microarray dataset and the GSE15824 mRNA dataset. We selected samples from the GSE112264 dataset and the GSE15824 to identify differently expressed miRNAs (DE-miRNAs) as well as differentially expressed mRNAs (DEGs), respectively. Next, the intersections of mRNA and target mRNAs of miRNA were selected, and we constructed miRNA–mRNA regulation networks. These DEGs were selected for Gene Oncology (GO) and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analyses by conducting the package clusterProfiler. After conducting Cytoscape software, a protein–protein interaction (PPI) network was created. Next, survival analysis of the miR-423-3p was confirmed by conducting TCGA database. Subsequently, Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) was conducted to verify miR-423-3p’s expression. Finally, miR-423-3p’s biological functions of in effecting the cell proliferative, migratory, and invasive capabilities of glioma were investigated by performing Cell Counting Kit-8 (CCK-8) and Transwell assays. Our analysis elucidated a novel miRNA–mRNA regulatory network related to glioma carcinogenesis, which may be considered as future therapeutic biomarkers for glioma.



中文翻译:

使用转录组分析鉴定神经胶质瘤的 miR-423-3p/VLDLR 调控网络

作为最普遍的原发性中枢神经系统肿瘤,神经胶质瘤具有高死亡率和发病率的特点。本研究旨在研究胶质瘤相关的 microRNA (miRNA) 及其靶 mRNA,并探讨它们在胶质瘤中的生物学功能。应用基因表达综合 (GEO) 数据库来获取 GSE112264 miRNA 微阵列数据集和 GSE15824 mRNA 数据集。我们从 GSE112264 数据集和 GSE15824 中选择了样本,以分别识别差异表达的 miRNA (DE-miRNA) 和差异表达的 mRNA (DEG)。接下来,选择 miRNA 的 mRNA 和目标 mRNA 的交集,构建 miRNA-mRNA 调控网络。通过执行软件包 clusterProfiler,选择这些 DEG 用于基因肿瘤学 (GO) 和京都基因与基因组百科全书 (KEGG) 通路富集分析。在使用 Cytoscape 软件后,创建了一个蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络。接下来,通过进行 TCGA 数据库确认 miR-423-3p 的生存分析。随后,进行实时定量 PCR (qRT-PCR) 以验证 miR-423-3p 的表达。最后,通过执行细胞计数试剂盒 8 (CCK-8) 和 Transwell 测定,研究了 miR-423-3p 在影响神经胶质瘤细胞增殖、迁移和侵袭能力方面的生物学功能。我们的分析阐明了一种与神经胶质瘤癌变相关的新型 miRNA-mRNA 调控网络,它可能被认为是神经胶质瘤的未来治疗生物标志物。在使用 Cytoscape 软件后,创建了一个蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络。接下来,通过进行 TCGA 数据库确认 miR-423-3p 的生存分析。随后,进行实时定量 PCR (qRT-PCR) 以验证 miR-423-3p 的表达。最后,通过执行细胞计数试剂盒 8 (CCK-8) 和 Transwell 测定,研究了 miR-423-3p 在影响神经胶质瘤细胞增殖、迁移和侵袭能力方面的生物学功能。我们的分析阐明了一种与神经胶质瘤癌变相关的新型 miRNA-mRNA 调控网络,它可能被认为是神经胶质瘤的未来治疗生物标志物。在使用 Cytoscape 软件后,创建了一个蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络。接下来,通过进行 TCGA 数据库确认 miR-423-3p 的生存分析。随后,进行实时定量 PCR (qRT-PCR) 以验证 miR-423-3p 的表达。最后,通过执行细胞计数试剂盒 8 (CCK-8) 和 Transwell 测定,研究了 miR-423-3p 在影响神经胶质瘤细胞增殖、迁移和侵袭能力方面的生物学功能。我们的分析阐明了一种与神经胶质瘤癌变相关的新型 miRNA-mRNA 调控网络,它可能被认为是神经胶质瘤的未来治疗生物标志物。进行定量实时 PCR (qRT-PCR) 以验证 miR-423-3p 的表达。最后,通过执行细胞计数试剂盒 8 (CCK-8) 和 Transwell 测定,研究了 miR-423-3p 在影响神经胶质瘤细胞增殖、迁移和侵袭能力方面的生物学功能。我们的分析阐明了一种与神经胶质瘤癌变相关的新型 miRNA-mRNA 调控网络,它可能被认为是神经胶质瘤的未来治疗生物标志物。进行定量实时 PCR (qRT-PCR) 以验证 miR-423-3p 的表达。最后,通过执行细胞计数试剂盒 8 (CCK-8) 和 Transwell 测定,研究了 miR-423-3p 在影响神经胶质瘤细胞增殖、迁移和侵袭能力方面的生物学功能。我们的分析阐明了一种与神经胶质瘤癌变相关的新型 miRNA-mRNA 调控网络,它可能被认为是神经胶质瘤的未来治疗生物标志物。

更新日期:2022-11-10
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