African cichlids (subfamily: Pseudocrenilabrinae) are among the most diverse vertebrates, and their propensity for repeated rapid radiation has made them a celebrated model system in evolutionary research. Nonetheless, despite numerous studies, phylogenetic uncertainty persists, and riverine lineages remain comparatively underrepresented in higher-level phylogenetic studies. Heterogeneous gene histories resulting from incomplete lineage sorting (ILS) and hybridization are likely sources of uncertainty, especially during episodes of rapid speciation. We investigate relationships of Pseudocrenilabrinae and its close relatives while accounting for multiple sources of genetic discordance using species tree and hybrid network analyses with hundreds of single-copy exons. We improve sequence recovery for distant relatives, thereby extending the taxonomic reach of our probes, with a hybrid reference guided/de novo assembly approach. Our analyses provide robust hypotheses for most higher-level relationships and reveal widespread gene heterogeneity, including in riverine taxa. ILS and past hybridization are identified as sources of genetic discordance in different lineages. Sampling of various Blenniiformes (formerly Ovalentaria) adds strong phylogenomic support for convict blennies (Pholidichthyidae) as sister to Cichlidae, and points to other potentially useful protein-coding markers across the order. A reliable phylogeny with representatives from diverse environments will support ongoing taxonomic and comparative evolutionary research in the cichlid model system.

中文翻译：

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基于外显子的系统基因组学与非洲慈鲷鱼的关系：应对通过重复快速辐射重建系统发育的挑战

非洲慈鲷（亚科：Pseudocrenilabrinae）是最多样化的脊椎动物之一，它们反复快速辐射的倾向使它们成为进化研究中著名的模型系统。尽管如此，尽管进行了大量研究，系统发育的不确定性仍然存在，并且河流谱系在更高层次的系统发育研究中仍然相对不足。不完全谱系分类 (ILS) 和杂交导致的异质基因历史可能是不确定性的来源，尤其是在快速物种形成期间。我们调查了 Pseudocrenilabrinae 及其近亲的关系，同时使用物种树和具有数百个单拷贝外显子的混合网络分析来解释遗传不一致的多种来源。我们改进了远亲的序列恢复，从而通过混合参考引导/从头组装方法扩展我们探针的分类学范围。我们的分析为大多数更高层次的关系提供了强有力的假设，并揭示了广泛的基因异质性，包括在河流分类群中。ILS 和过去的杂交被确定为不同谱系中遗传不一致的来源。对各种 Blenniiformes（以前称为 Ovalentaria）的采样为作为 Cichlidae 姊妹的 convict blennies (Pholidichthyidae) 提供了强有力的系统发育支持，并指出了其他可能有用的蛋白质编码标记。来自不同环境的代表的可靠系统发育将支持丽鱼科鱼模型系统中正在进行的分类学和比较进化研究。我们的分析为大多数更高层次的关系提供了强有力的假设，并揭示了广泛的基因异质性，包括在河流分类群中。ILS 和过去的杂交被确定为不同谱系中遗传不一致的来源。对各种 Blenniiformes（以前称为 Ovalentaria）的采样为作为 Cichlidae 姊妹的 convict blennies (Pholidichthyidae) 提供了强有力的系统发育支持，并指出了其他可能有用的蛋白质编码标记。来自不同环境的代表的可靠系统发育将支持丽鱼科鱼模型系统中正在进行的分类学和比较进化研究。我们的分析为大多数更高层次的关系提供了强有力的假设，并揭示了广泛的基因异质性，包括在河流分类群中。ILS 和过去的杂交被确定为不同谱系中遗传不一致的来源。对各种 Blenniiformes（以前称为 Ovalentaria）的采样为作为 Cichlidae 姊妹的 convict blennies (Pholidichthyidae) 提供了强有力的系统发育支持，并指出了其他可能有用的蛋白质编码标记。来自不同环境的代表的可靠系统发育将支持丽鱼科鱼模型系统中正在进行的分类学和比较进化研究。ILS 和过去的杂交被确定为不同谱系中遗传不一致的来源。对各种 Blenniiformes（以前称为 Ovalentaria）的采样为作为 Cichlidae 姊妹的 convict blennies (Pholidichthyidae) 提供了强有力的系统发育支持，并指出了其他可能有用的蛋白质编码标记。来自不同环境的代表的可靠系统发育将支持丽鱼科鱼模型系统中正在进行的分类学和比较进化研究。ILS 和过去的杂交被确定为不同谱系中遗传不一致的来源。对各种 Blenniiformes（以前称为 Ovalentaria）的采样为作为 Cichlidae 姊妹的 convict blennies (Pholidichthyidae) 提供了强有力的系统发育支持，并指出了其他可能有用的蛋白质编码标记。来自不同环境的代表的可靠系统发育将支持丽鱼科鱼模型系统中正在进行的分类学和比较进化研究。