Abstract Brachyceran flies constitute a large radiation of the order Diptera, but the phylogenetic relationships among them have remained controversial. In this study, we used next-generation sequencing to determine mitochondrial genomes (mitogenomes) for six brachyceran flies. Two of these species represent Milichiidae (Aldrichiomyza flaviventris and Phyllomyza obliqua); two representing Chloropidae (Pachylophus sp.) and Sphaeroceridae (Leptocera erythrocera) are the first sequenced members of these groups; and two species from Lauxaniidae (Homoneura sp.) and Syrphidae (Paragus quadrifasciatus) were newly sequenced. Together with the published mitogenomes, we included a total of 187 species representing 40 dipteran families to investigate the phylogeny of Brachycera. The results strongly supported Brachycera as a monophyletic group. The infra-orders Stratiomyomorpha, Tabanomorpha and Xylophagomorpha were retrieved as the earliest brachyceran lineages, but the clade (Stratiomyomorpha + (Xylophagomorpha + Tabanomorpha)) was not supported. In most analyses, Platypezoidea were recovered as the sister-group to Cyclorrhapha. Syrphoidea were non-monophyletic with respect to Pipunculus. Milichiidae were non-monophyletic because of Pachylophus. Sphaeroceroidea were, in most cases, placed as the sister-group to Ephydroidea. Within Calyptratae, Hippoboscoidea were sister to an assemblage of lineages composed of a muscoid grade and Oestroidea, the latter being monophyletic in the Bayesian analyses using the PhyloBayes site-heterogeneous mixture model.

中文翻译：

---

从线粒体基因组序列推断的短角纲（昆虫纲：双翅目）的系统发育关系

摘要 短翅目蝇类是双翅目的一大辐射群，但它们之间的系统发育关系一直存在争议。在这项研究中，我们使用下一代测序来确定六只短角蝇的线粒体基因组（有丝分裂基因组）。这些物种中的两个代表 Milichiidae (Aldrichiomyza flaviventris 和 Phyllomyza obliqua)；两个代表 Chloropidae (Pachylophus sp.) 和 Sphaeroceridae (Leptocera erythrocera) 是这些组的第一个测序成员；新测序了来自 Lauxaniidae (Homoneura sp.) 和 Syrphidae (Paragus quadrifasciatus) 的两个物种。连同已发表的有丝分裂基因组，我们共纳入了代表 40 个双翅目科的 187 个物种，以研究 Brachycera 的系统发育。结果强烈支持 Brachycera 作为一个单系群。下层目Stratiomyomorpha、Tabanomorpha 和Xylophagomorpha 被检索为最早的短角动物谱系，但不支持进化枝（Stratiomyomorpha + (Xylophagomorpha + Tabanomorpha)）。在大多数分析中，Platypezoidea 被恢复为 Cyclorrhapha 的姐妹群。Syrphoidea 相对于 Pipunculus 是非单系的。由于 Pachylophus，Milichiidae 是非单系的。在大多数情况下，Sphaeroceroidea 被列为 Ephydroidea 的姐妹群。在 Calyptratae 中，Hippoboscoidea 是由粘液级和 Oestroidea 组成的谱系组合的姐妹，后者在使用 PhyloBayes 位点-异质混合模型的贝叶斯分析中是单系的。但不支持进化枝（Stratiomyomorpha + (Xylophagomorpha + Tabanomorpha)）。在大多数分析中，Platypezoidea 被恢复为 Cyclorrhapha 的姐妹群。Syrphoidea 相对于 Pipunculus 是非单系的。由于 Pachylophus，Milichiidae 是非单系的。在大多数情况下，Sphaeroceroidea 被列为 Ephydroidea 的姐妹群。在 Calyptratae 中，Hippoboscoidea 是由粘液级和 Oestroidea 组成的谱系组合的姐妹，后者在使用 PhyloBayes 位点-异质混合模型的贝叶斯分析中是单系的。但不支持进化枝（Stratiomyomorpha + (Xylophagomorpha + Tabanomorpha)）。在大多数分析中，Platypezoidea 被恢复为 Cyclorrhapha 的姐妹群。Syrphoidea 相对于 Pipunculus 是非单系的。由于 Pachylophus，Milichiidae 是非单系的。在大多数情况下，Sphaeroceroidea 被列为 Ephydroidea 的姐妹群。在 Calyptratae 中，Hippoboscoidea 是由粘液级和 Oestroidea 组成的谱系组合的姐妹，后者在使用 PhyloBayes 位点-异质混合模型的贝叶斯分析中是单系的。由于 Pachylophus，Milichiidae 是非单系的。在大多数情况下，Sphaeroceroidea 被列为 Ephydroidea 的姐妹群。在 Calyptratae 中，Hippoboscoidea 是由粘液级和 Oestroidea 组成的谱系组合的姐妹，后者在使用 PhyloBayes 位点-异质混合模型的贝叶斯分析中是单系的。由于 Pachylophus，Milichiidae 是非单系的。在大多数情况下，Sphaeroceroidea 被列为 Ephydroidea 的姐妹群。在 Calyptratae 中，Hippoboscoidea 是由粘液级和 Oestroidea 组成的谱系组合的姐妹，后者在使用 PhyloBayes 位点-异质混合模型的贝叶斯分析中是单系的。