The timing of bud flush (TBF) in the spring is one of the most important agronomic traits of tea plants (Camellia sinensis). In this study, we designed an open-pollination breeding program using ‘Emei Wenchun’ (EW, a clonal tea cultivar with extra early TBF) as a female parent. A half-sib population (n=388) was selected for genotyping using specific-locus amplified fragment sequencing. The results enabled the identification of paternity for 294 (75.8%) of the offspring, including 11 (2.8%) from EW selfing and 217 (55.9%) assigned to a common father ‘Chuanmu 217’ (CM). The putative EW×CM full-sib population was used to construct a linkage map. The map has 4,244 markers distributed in 15 linkage groups, with an average marker distance of 0.34 cM. A high degree of collinearity between the linkage map and physical map was observed. Sprouting index (SPI), a trait closely related to TBF, was recorded for the offspring population in 2020 and 2021. The trait had moderate variation with coefficients of variation of 18.5% and 17.6%. Quantitative trait locus (QTL) mapping that was performed using the linkage map identified two major QTLs and three minor QTLs related to SPI. These QTLs are distributed on Chr3, Chr4, Chr5, Chr9 and Chr14 of the reference genome. A total of 1,960 predicted genes were found within the confidence intervals of QTLs, and 22 key candidate genes that underlie these QTLs were preliminarily screened. These results are important for breeding and understanding the genetic base of TBF trait of tea plants.

中文翻译：

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'峨眉文春'及其开放授粉后代茶树(Camellia sinensis)早芽性状遗传分析

春季萌芽时间（TBF）是茶树（Camellia sinensis）最重要的农艺性状之一。在这项研究中，我们设计了一个开放授粉育种计划，以'峨眉文春'（EW，一种具有超早TBF的克隆茶品种）作为母本。使用特定基因座扩增片段测序选择半同胞群体（n = 388）进行基因分型。结果使294个（75.8%）后代的亲子鉴定成为可能，其中11个（2.8%）来自EW自交，217个（55.9%）分配给一个共同的父亲“川木217”（CM）。推定的 EW×CM 全同胞群体用于构建连锁图谱。该图谱有4244个标记，分布在15个连锁群中，平均标记距离为0.34 cM。观察到连锁图和物理图之间的高度共线性。2020年和2021年后代群体记录的发芽指数（SPI）是与TBF密切相关的性状。该性状具有中等变异，变异系数分别为18.5％和17.6％。使用连锁图谱进行的数量性状位点 (QTL) 作图确定了与 SPI 相关的两个主要 QTL 和三个次要 QTL。这些 QTL 分布在参考基因组的 Chr3、Chr4、Chr5、Chr9 和 Chr14 上。在QTL的置信区间内共发现1960个预测基因，初步筛选出22个作为这些QTL基础的关键候选基因。这些结果对于选育和了解茶树TBF性状的遗传基础具有重要意义。该性状具有中等变异，变异系数分别为18.5%和17.6%。使用连锁图谱进行的数量性状位点 (QTL) 作图确定了与 SPI 相关的两个主要 QTL 和三个次要 QTL。这些 QTL 分布在参考基因组的 Chr3、Chr4、Chr5、Chr9 和 Chr14 上。在QTL的置信区间内共发现1960个预测基因，初步筛选出22个作为这些QTL基础的关键候选基因。这些结果对于选育和了解茶树TBF性状的遗传基础具有重要意义。该性状具有中等变异，变异系数分别为18.5%和17.6%。使用连锁图谱进行的数量性状位点 (QTL) 作图确定了与 SPI 相关的两个主要 QTL 和三个次要 QTL。这些 QTL 分布在参考基因组的 Chr3、Chr4、Chr5、Chr9 和 Chr14 上。在QTL的置信区间内共发现1960个预测基因，初步筛选出22个作为这些QTL基础的关键候选基因。这些结果对于选育和了解茶树TBF性状的遗传基础具有重要意义。在QTL的置信区间内发现了960个预测基因，初步筛选出22个作为这些QTL基础的关键候选基因。这些结果对于选育和了解茶树TBF性状的遗传基础具有重要意义。在QTL的置信区间内发现了960个预测基因，初步筛选出22个作为这些QTL基础的关键候选基因。这些结果对于选育和了解茶树TBF性状的遗传基础具有重要意义。