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Occurrence of Norovirus, Rotavirus, Hepatitis a Virus, and Enterovirus in Berries in Argentina
Food and Environmental Virology ( IF 3.4 ) Pub Date : 2022-03-19 , DOI: 10.1007/s12560-022-09518-z
Juan Martín Oteiza 1, 2 , Verónica Emilse Prez 2, 3, 4 , Dayana Pereyra 1 , María Virginia Jaureguiberry 1 , Gloria Sánchez 5 , Anderson S Sant'Ana 6 , Patricia Angélica Barril 1, 2
Affiliation  

Berries have been implicated as the probable vehicle of infection in multiple outbreaks of norovirus and hepatitis A virus (HAV). These foods often receive minimal or no processing and may be exposed to virus contamination at each stage of production. In an increasingly globalized world, berries have a wide distribution and can give rise to the spread of diseases in distant parts of the world. With the aim of describing the virological quality of the berries cultivated in Argentina, a total of 184 soft fruits of different varieties (strawberries, blueberries, raspberries, blackberries, currants, pomegranate arils, cassis, and elder) were collected during the periods 2016–2018 and 2020. Viral particles were eluted and concentrated by polyethylene glycol precipitation according to ISO 15216-2:2019 guidelines. Genome detection of norovirus (NoV) genogroups I (GI) and II (GII), HAV, rotavirus, and enterovirus was performed by real-time RT-PCR with TaqMan probes. Positive samples were amplified by conventional RT-PCR and the amplicons were purified and sequenced in both directions. Phylogenetic analysis was performed using the Neighbor-Joining method based on the evolutionary model Kimura-2-parameters. NoV GII.6 was detected in 1/184 (0.5%) of the soft fruits, corresponding to a raspberry sample obtained during the fall of 2017. No presence of other human enteric viruses was found in the other berries analyzed. The collected data are the first in Argentina in relation to the prevalence of enteric viruses in berries and is useful as reference data for a risk assessment of soft fruits as vehicles of foodborne pathogenic viruses.



中文翻译:

阿根廷浆果中出现诺如病毒、轮状病毒、甲型肝炎病毒和肠道病毒

浆果被认为是诺如病毒和甲型肝炎病毒 (HAV) 多次爆发的可能感染媒介。这些食品通常只经过很少的加工或没有加工,并且在生产的每个阶段都可能受到病毒污染。在日益全球化的世界中,浆果分布广泛,可能导致疾病在世界遥远地区传播。为了描述阿根廷种植的浆果的病毒学质量,在 2016 年至2018 年和 2020 年。根据 ISO 15216-2:2019 指南,通过聚乙二醇沉淀法洗脱和浓缩病毒颗粒。使用 TaqMan 探针通过实时 RT-PCR 进行诺如病毒 (NoV) 基因组 I (GI) 和 II (GII)、HAV、轮状病毒和肠道病毒的基因组检测。阳性样品通过常规 RT-PCR 扩增,扩增子在两个方向上进行纯化和测序。使用基于进化模型 Kimura-2 参数的 Neighbor-Joining 方法进行系统发育分析。在 1/184 (0.5%) 的软水果中检测到 NoV GII.6,对应于 2017 年秋季获得的覆盆子样本。在分析的其他浆果中未发现其他人类肠道病毒。收集到的数据是阿根廷第一个与浆果中肠道病毒流行率相关的数据,可用作评估软水果作为食源性致病病毒载体的风险评估的参考数据。使用 TaqMan 探针通过实时 RT-PCR 进行 HAV、轮状病毒和肠道病毒。阳性样品通过常规 RT-PCR 扩增,扩增子在两个方向上进行纯化和测序。使用基于进化模型 Kimura-2 参数的 Neighbor-Joining 方法进行系统发育分析。在 1/184 (0.5%) 的软水果中检测到 NoV GII.6,对应于 2017 年秋季获得的覆盆子样本。在分析的其他浆果中未发现其他人类肠道病毒。收集到的数据是阿根廷第一个与浆果中肠道病毒流行率相关的数据,可用作评估软水果作为食源性致病病毒载体的风险评估的参考数据。使用 TaqMan 探针通过实时 RT-PCR 进行 HAV、轮状病毒和肠道病毒。阳性样品通过常规 RT-PCR 扩增,扩增子在两个方向上进行纯化和测序。使用基于进化模型 Kimura-2 参数的 Neighbor-Joining 方法进行系统发育分析。在 1/184 (0.5%) 的软水果中检测到 NoV GII.6,对应于 2017 年秋季获得的覆盆子样本。在分析的其他浆果中未发现其他人类肠道病毒。收集到的数据是阿根廷第一个与浆果中肠道病毒流行率相关的数据,可用作评估软水果作为食源性致病病毒载体的风险评估的参考数据。阳性样品通过常规 RT-PCR 扩增,扩增子在两个方向上进行纯化和测序。使用基于进化模型 Kimura-2 参数的 Neighbor-Joining 方法进行系统发育分析。在 1/184 (0.5%) 的软水果中检测到 NoV GII.6,对应于 2017 年秋季获得的覆盆子样本。在分析的其他浆果中未发现其他人类肠道病毒。收集到的数据是阿根廷第一个与浆果中肠道病毒流行率相关的数据,可用作评估软水果作为食源性致病病毒载体的风险评估的参考数据。阳性样品通过常规 RT-PCR 扩增,扩增子在两个方向上进行纯化和测序。使用基于进化模型 Kimura-2 参数的 Neighbor-Joining 方法进行系统发育分析。在 1/184 (0.5%) 的软水果中检测到 NoV GII.6,对应于 2017 年秋季获得的覆盆子样本。在分析的其他浆果中未发现其他人类肠道病毒。收集到的数据是阿根廷第一个与浆果中肠道病毒流行率相关的数据,可用作评估软水果作为食源性致病病毒载体的风险评估的参考数据。使用基于进化模型 Kimura-2 参数的 Neighbor-Joining 方法进行系统发育分析。在 1/184 (0.5%) 的软水果中检测到 NoV GII.6,对应于 2017 年秋季获得的覆盆子样本。在分析的其他浆果中未发现其他人类肠道病毒。收集到的数据是阿根廷第一个与浆果中肠道病毒流行率相关的数据,可用作评估软水果作为食源性致病病毒载体的风险评估的参考数据。使用基于进化模型 Kimura-2 参数的 Neighbor-Joining 方法进行系统发育分析。在 1/184 (0.5%) 的软水果中检测到 NoV GII.6,对应于 2017 年秋季获得的覆盆子样本。在分析的其他浆果中未发现其他人类肠道病毒。收集到的数据是阿根廷第一个与浆果中肠道病毒流行率相关的数据,可用作评估软水果作为食源性致病病毒载体的风险评估的参考数据。

更新日期:2022-03-19
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