Hepatitis B virus (HBV) infection remains a major global health problem and the primary cause of cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC). HBV intrusion into host cells is prompted by virus–receptor interactions in clathrin-mediated endocytosis. Here, we report a comprehensive view of the cellular endocytosis-associated transcriptome, proteome and ubiquitylome upon HBV infection. In this study, we quantified 273 genes in the transcriptome and 190 endocytosis-associated proteins in the proteome by performing multi-omics analysis. We further identified 221 Lys sites in 77 endocytosis-associated ubiquitinated proteins. A weak negative correlation was observed among endocytosis-associated transcriptome, proteome and ubiquitylome. We found 33 common differentially expressed genes (DEGs), differentially expressed proteins (DEPs), and Kub-sites. Notably, we reported the HBV-induced ubiquitination change of secretory carrier membrane protein (SCAMP1) for the first time, differentially expressed across all three omics data sets. Overexpression of SCAMP1 efficiently inhibited HBV RNAs/pgRNA and secreted viral proteins, whereas knockdown of SCAMP1 significantly increased viral production. Mechanistically, the EnhI/XP, SP1, and SP2 promoters were inhibited by SCAMP1, which accounts for HBV X and S mRNA inhibition. Overall, our study unveils the previously unknown role of SCAMP1 in viral replication and HBV pathogenesis and provides cumulative and novel information for a better understanding of endocytosis in response to HBV infection.

中文翻译：

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HBV感染内吞作用的多组学分析和SCAMP1作为一种新型宿主限制因子对HBV复制的鉴定

乙型肝炎病毒 (HBV) 感染仍然是一个主要的全球健康问题，也是肝硬化和肝细胞癌 (HCC) 的主要原因。网格蛋白介导的内吞作用中的病毒-受体相互作用促使 HBV 侵入宿主细胞。在这里，我们报告了 HBV 感染后细胞内吞作用相关转录组、蛋白质组和泛素组的全面视图。在这项研究中，我们通过多组学分析量化了转录组中的 273 个基因和蛋白质组中的 190 个内吞相关蛋白。我们进一步鉴定了 77 个内吞作用相关泛素化蛋白中的 221 个 Lys 位点。在与内吞作用相关的转录组、蛋白质组和泛素组之间观察到弱负相关。我们发现了 33 个常见的差异表达基因 (DEG)、差异表达蛋白 (DEP) 和 Kub 位点。值得注意的是，我们首次报道了 HBV 诱导的分泌性载体膜蛋白（SCAMP1）泛素化变化，在所有三个组学数据集中都有差异表达。SCAMP1 的过表达有效地抑制了 HBV RNAs/pgRNA 和分泌的病毒蛋白，而 SCAMP1 的敲低显着增加了病毒的产生。机制上，EnhI/XP、SP1 和 SP2 启动子被 SCAMP1 抑制，这是 HBV X 和 S mRNA 抑制的原因。总体而言，我们的研究揭示了 SCAMP1 在病毒复制和 HBV 发病机制中以前未知的作用，并为更好地了解响应 HBV 感染的内吞作用提供了累积和新的信息。在所有三个组学数据集中差异表达。SCAMP1 的过表达有效地抑制了 HBV RNAs/pgRNA 和分泌的病毒蛋白，而 SCAMP1 的敲低显着增加了病毒的产生。机制上，EnhI/XP、SP1 和 SP2 启动子被 SCAMP1 抑制，这是 HBV X 和 S mRNA 抑制的原因。总体而言，我们的研究揭示了 SCAMP1 在病毒复制和 HBV 发病机制中以前未知的作用，并为更好地了解响应 HBV 感染的内吞作用提供了累积和新的信息。在所有三个组学数据集中差异表达。SCAMP1 的过表达有效地抑制了 HBV RNAs/pgRNA 和分泌的病毒蛋白，而 SCAMP1 的敲低显着增加了病毒的产生。机制上，EnhI/XP、SP1 和 SP2 启动子被 SCAMP1 抑制，这是 HBV X 和 S mRNA 抑制的原因。总体而言，我们的研究揭示了 SCAMP1 在病毒复制和 HBV 发病机制中以前未知的作用，并为更好地了解响应 HBV 感染的内吞作用提供了累积和新的信息。这解释了 HBV X 和 S mRNA 的抑制。总体而言，我们的研究揭示了 SCAMP1 在病毒复制和 HBV 发病机制中以前未知的作用，并为更好地了解响应 HBV 感染的内吞作用提供了累积和新的信息。这解释了 HBV X 和 S mRNA 的抑制。总体而言，我们的研究揭示了 SCAMP1 在病毒复制和 HBV 发病机制中以前未知的作用，并为更好地了解响应 HBV 感染的内吞作用提供了累积和新的信息。