The success of protein engineering and design has extensively expanded the protein space, which presents a promising strategy for creating next-generation proteins of diverse functions. Among these proteins, the synthetic binding proteins (SBPs) are smaller, more stable, less immunogenic, and better of tissue penetration than others, which make the SBP-related data attracting extensive interest from worldwide scientists. However, no database has been developed to systematically provide the valuable information of SBPs yet. In this study, a database named ‘Synthetic Binding Proteins for Research, Diagnosis, and Therapy (SYNBIP)’ was thus introduced. This database is unique in (a) comprehensively describing thousands of SBPs from the perspectives of scaffolds, biophysical & functional properties, etc.; (b) panoramically illustrating the binding targets & the broad application of each SBP and (c) enabling a similarity search against the sequences of all SBPs and their binding targets. Since SBP is a human-made protein that has not been found in nature, the discovery of novel SBPs relied heavily on experimental protein engineering and could be greatly facilitated by in-silico studies (such as AI and computational modeling). Thus, the data provided in SYNBIP could lay a solid foundation for the future development of novel SBPs. The SYNBIP is accessible without login requirement at both official (https://idrblab.org/synbip/) and mirror (http://synbip.idrblab.net/) sites.

中文翻译：

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SYNBIP：用于研究、诊断和治疗的合成结合蛋白

蛋白质工程和设计的成功极大地扩展了蛋白质空间，为创造具有多种功能的下一代蛋白质提供了一种有前景的策略。在这些蛋白质中，合成结合蛋白（SBPs）比其他蛋白质更小、更稳定、免疫原性更低、组织穿透性更好，这使得 SBP 相关数据引起了全世界科学家的广泛兴趣。然而，目前还没有开发出数据库来系统地提供 SBP 的有价值信息。在这项研究中，因此引入了一个名为“用于研究、诊断和治疗的合成结合蛋白 (SYNBIP)”的数据库。该数据库的独特之处在于 (a) 从支架、生物物理和功能特性等角度全面描述了数千个 SBP；(b) 全景展示每个 SBP 的结合目标和广泛应用，以及 (c) 能够对所有 SBP 及其结合目标的序列进行相似性搜索。由于 SBP 是一种尚未在自然界中发现的人造蛋白质，因此新型 SBP 的发现在很大程度上依赖于实验性蛋白质工程，并且可以通过计算机研究（例如 AI 和计算建模）大大促进。因此，SYNBIP 中提供的数据可以为未来新型 SBP 的发展奠定坚实的基础。SYNBIP 无需登录即可在官方 (https://idrblab.org/synbip/) 和镜像 (http://synbip.idrblab.net/) 站点访问。由于 SBP 是一种尚未在自然界中发现的人造蛋白质，因此新型 SBP 的发现在很大程度上依赖于实验性蛋白质工程，并且可以通过计算机研究（例如 AI 和计算建模）大大促进。因此，SYNBIP 中提供的数据可以为未来新型 SBP 的发展奠定坚实的基础。SYNBIP 无需登录即可在官方 (https://idrblab.org/synbip/) 和镜像 (http://synbip.idrblab.net/) 站点访问。由于 SBP 是一种尚未在自然界中发现的人造蛋白质，因此新型 SBP 的发现在很大程度上依赖于实验性蛋白质工程，并且可以通过计算机研究（例如 AI 和计算建模）大大促进。因此，SYNBIP 中提供的数据可以为未来新型 SBP 的发展奠定坚实的基础。SYNBIP 无需登录即可在官方 (https://idrblab.org/synbip/) 和镜像 (http://synbip.idrblab.net/) 站点访问。