Ruminant Genome Database (RGD; http://animal.nwsuaf.edu.cn/RGD) provides visualization and analysis tools for ruminant comparative genomics and functional annotations. As more high-quality ruminant genome assemblies have become available, we have redesigned the user interface, integrated and expanded multi-omics data, and developed novel features to improve the database. The new version, RGD v2.0, houses 78 ruminant genomes; 110-species synteny alignments for major livestock (including cattle, sheep, goat) and wild ungulates; 21 012 orthologous gene clusters with Gene Ontology and pathway annotation; ∼8 600 000 conserved elements; and ∼1 000 000 cis-regulatory elements by utilizing 1053 epigenomic data sets. The transcriptome data in RGD v2.0 has nearly doubled, currently with 1936 RNA-seq data sets, and 155 174 phenotypic data sets have been newly added. New and updated features include: (i) The UCSC Genome Browser, BLAT, BLAST and Table Browser tools were updated for six available ruminant livestock species. (ii) The LiftOver tool was newly introduced into our browser to allow coordinate conversion between different ruminant assemblies. And (iii) tissue specificity index, tau, was calculated to facilitate batch screening of specifically expressed genes. The enhanced genome annotations and improved functionality in RGD v2.0 will be useful for study of genome evolution, environmental adaption, livestock breeding and biomedicine.

中文翻译：

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RGD v2.0：反刍动物功能和进化基因组数据库的重大更新

反刍动物基因组数据库（RGD；http://animal.nwsuaf.edu.cn/RGD）为反刍动物比较基因组学和功能注释提供可视化和分析工具。随着更多高质量反刍动物基因组组装的出现，我们重新设计了用户界面，集成和扩展了多组学数据，并开发了新的功能来改进数据库。新版本 RGD v2.0 包含 78 个反刍动物基因组；110 种主​​要牲畜（包括牛、绵羊、山羊）和野生有蹄类动物的同线性排列；21 012 个具有基因本体和通路注释的直系同源基因簇；〜8 600 000个保守元素；通过利用 1053 个表观基因组数据集，获得约 1 000 000 个顺式调节元件。RGD v2.0 中的转录组数据几乎翻了一番，目前有 1936 个 RNA-seq 数据集，新增表型数据集155 174个。新的和更新的功能包括： (i) UCSC 基因组浏览器、BLAT、BLAST 和表浏览器工具针对六种可用的反刍家畜物种进行了更新。(ii) 我们的浏览器中新引入了 LiftOver 工具，以允许不同反刍动物集合之间的坐标转换。并且 (iii) 计算组织特异性指数 tau 以促进特异性表达基因的批量筛选。RGD v2.0中增强的基因组注释和改进的功能将有助于研究基因组进化、环境适应、牲畜育种和生物医学。(ii) 我们的浏览器中新引入了 LiftOver 工具，以允许不同反刍动物集合之间的坐标转换。并且 (iii) 计算组织特异性指数 tau 以促进特异性表达基因的批量筛选。RGD v2.0中增强的基因组注释和改进的功能将有助于研究基因组进化、环境适应、牲畜育种和生物医学。(ii) 我们的浏览器中新引入了 LiftOver 工具，以允许不同反刍动物集合之间的坐标转换。并且 (iii) 计算组织特异性指数 tau 以促进特异性表达基因的批量筛选。RGD v2.0中增强的基因组注释和改进的功能将有助于研究基因组进化、环境适应、牲畜育种和生物医学。