This investigation of the application of shell protein information to gastropod systematics initially utilized available Lottia gigantea sequences and a transcriptome of Patelloida mimula developed here. Levels of differentiation between predicted sequences of reciprocal best-hit potential homologues in P. mimula and L. gigantea suggested that they could be useful within families, and possibly in higher taxa using some shell-associated proteins, particularly the peroxidases. Subsequently, proteomic analyses of the acid-soluble fraction of extractions from 17 shells and five tissue samples were conducted by combined liquid chromatography/mass spectrometry with nano-electrospray ionization. All proteins with abundance more than 1.2% in the L. gigantea shell proteome were identified with 100% confidence in most extractions by SearchGui/PeptideShaker analyses. In total, 259 of 379 peptides predicted from in silico digestion of L. gigantea shell proteins were represented by validated peptide spectrum matches in one or more specimens. Systematics applications were investigated by analysing metrics such as protein coverage by peptides and phylogenetic analyses of peptide presence/absence. The investigation suggested that diagnostic profiles based on fixed presence/absence differences can be used to separate species pairs. However, further development of analytical techniques and accumulation of reference databases is required for realising fully the systematics potential of the shell proteome.

中文翻译：

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在腹足动物系统学中使用壳蛋白的潜力，在髌骨动物帽贝中评估

这项关于将壳蛋白信息应用于腹足动物系统学的研究最初利用了可用的 Lottia gigantea 序列和此处开发的 Patelloida mimula 的转录组。P. mimula 和 L. gigantea 互惠最佳潜在同源物的预测序列之间的分化水平表明它们可能在家族中有用，并且可能在使用一些壳相关蛋白，特别是过氧化物酶的更高分类群中有用。随后，通过结合液相色谱/质谱和纳米电喷雾电离对 17 个贝壳和 5 个组织样品的酸溶性提取物进行蛋白质组学分析。L. 中所有丰度超过 1.2% 的蛋白质。通过 SearchGui/PeptideShaker 分析，在大多数提取物中以 100% 的置信度鉴定了 gigantea 壳蛋白质组。总的来说，在一个或多个样本中，通过计算机消化 L. gigantea 壳蛋白预测的 379 种肽中的 259 种由经过验证的肽谱匹配表示。通过分析诸如肽的蛋白质覆盖率和肽存在/不存在的系统发育分析等指标来研究系统学应用。调查表明，基于固定存在/不存在差异的诊断概况可用于分离物种对。然而，要充分发挥壳蛋白质组的系统学潜力，还需要进一步发展分析技术和积累参考数据库。gigantea 壳蛋白由一个或多个样本中经过验证的肽谱匹配表示。通过分析诸如肽的蛋白质覆盖率和肽存在/不存在的系统发育分析等指标来研究系统学应用。调查表明，基于固定存在/不存在差异的诊断概况可用于分离物种对。然而，要充分发挥壳蛋白质组的系统学潜力，还需要进一步发展分析技术和积累参考数据库。gigantea 壳蛋白由一个或多个样本中经过验证的肽谱匹配表示。通过分析诸如肽的蛋白质覆盖率和肽存在/不存在的系统发育分析等指标来研究系统学应用。调查表明，基于固定存在/不存在差异的诊断概况可用于分离物种对。然而，要充分发挥壳蛋白质组的系统学潜力，还需要进一步发展分析技术和积累参考数据库。调查表明，基于固定存在/不存在差异的诊断概况可用于分离物种对。然而，要充分发挥壳蛋白质组的系统学潜力，还需要进一步发展分析技术和积累参考数据库。调查表明，基于固定存在/不存在差异的诊断概况可用于分离物种对。然而，要充分发挥壳蛋白质组的系统学潜力，还需要进一步发展分析技术和积累参考数据库。