Summary Studying biological systems generally relies on computational modeling and simulation, e.g., model-driven discovery and hypothesis testing. Progress in standardization efforts led to the development of interrelated file formats to exchange and reuse models in systems biology, such as SBML, the Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) or the Open Modeling EXchange format. Conducting simulation experiments based on these formats requires efficient and reusable implementations to make them accessible to the broader scientific community and to ensure the reproducibility of the results. The Systems Biology Simulation Core Library (SBSCL) provides interpreters and solvers for these standards as a versatile open-source API in JavaTM. The library simulates even complex bio-models and supports deterministic Ordinary Differential Equations; Stochastic Differential Equations; constraint-based analyses; recent SBML and SED-ML versions; exchange of results, and visualization of in silico experiments; open modeling exchange formats (COMBINE archives); hierarchically structured models; and compatibility with standard testing systems, including the Systems Biology Test Suite and published models from the BioModels and BiGG databases. Availability and implementation SBSCL is freely available at https://draeger-lab.github.io/SBSCL/ and via Maven Central. Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online.

中文翻译：

---

系统生物学模拟核心库

总结 研究生物系统通常依赖于计算建模和模拟，例如，模型驱动的发现和假设检验。标准化工作的进展导致了相互关联的文件格式的开发，以交换和重用系统生物学中的模型，例如 SBML、模拟实验描述标记语言 (SED-ML) 或开放建模交换格式。基于这些格式进行模拟实验需要高效且可重复使用的实现，以使更广泛的科学界可以访问它们并确保结果的可重复性。系统生物学模拟核心库 (SBSCL) 为这些标准提供解释器和求解器，作为 JavaTM 中的多功能开源 API。该库甚至可以模拟复杂的生物模型并支持确定性常微分方程；随机微分方程；基于约束的分析；最近的 SBML 和 SED-ML 版本；交换结果，以及计算机实验的可视化；开放式建模交换格式（COMBINE 档案）；层次结构模型；以及与标准测试系统的兼容性，包括系统生物学测试套件和来自 BioModels 和 BiGG 数据库的已发布模型。可用性和实施​​ SBSCL 可在 https://draeger-lab.github.io/SBSCL/ 和 Maven Central 免费获得。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。和计算机实验的可视化；开放式建模交换格式（COMBINE 档案）；层次结构模型；以及与标准测试系统的兼容性，包括系统生物学测试套件和来自 BioModels 和 BiGG 数据库的已发布模型。可用性和实施​​ SBSCL 可在 https://draeger-lab.github.io/SBSCL/ 和 Maven Central 免费获得。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。和计算机实验的可视化；开放式建模交换格式（COMBINE 档案）；层次结构模型；以及与标准测试系统的兼容性，包括系统生物学测试套件和来自 BioModels 和 BiGG 数据库的已发布模型。可用性和实施​​ SBSCL 可在 https://draeger-lab.github.io/SBSCL/ 和 Maven Central 免费获得。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。