Over the past few decades, researchers have become aware of the importance of non-coding RNA, which makes up the vast majority of the transcriptome. Long non-coding RNAs (lncRNAs) in turn constitute the largest fraction of non-coding transcripts. Increasing evidence has been found for the crucial roles of lncRNAs in both tissue homeostasis and development, and for their functional contributions to and regulation of the development and progression of various human diseases such as cancers. However, so far, only few findings with regards to functional lncRNAs in cancers have been translated into clinical applications. Based on multiple factors such as binding affinity of miRNAs to their lncRNA sponges, we analyzed the competitive endogenous RNA (ceRNA) network for the colorectal cancer RNA-seq datasets from The Cancer Genome Atlas (TCGA). After performing the ceRNA network construction and survival analysis, the lncRNA KCNQ1OT1 was found to be significantly upregulated in colorectal cancer tissues and associated with the survival of patients. A KCNQ1OT1-related lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA network was constructed. A gene set variation analysis (GSVA) indicated that the expression of the KCNQ1OT1 ceRNA network in colorectal cancer tissues and normal tissues were significantly different, not only in the TCGA-COAD dataset but also in three other GEO datasets used as validation. By predicting comprehensive immune cell subsets from gene expression data, in samples grouped by differential expression levels of the KCNQ1OT1 ceRNA network in a cohort of patients, we found that CD4⁺, CD8⁺, and cytotoxic T cells and 14 other immune cell subsets were at different levels in the high- and low-KCNQ1OT1 ceRNA network score groups. These results indicated that the KCNQ1OT1 ceRNA network could be involved in the regulation of the tumor microenvironment, which would provide the rationale to further exploit KCNQ1OT1 as a possible functional contributor to and therapeutic target for colorectal cancer.

在过去的几十年里，研究人员已经意识到非编码 RNA 的重要性，它构成了转录组的绝大部分。长链非编码 RNA (lncRNA) 反过来构成了非编码转录物的最大部分。越来越多的证据表明 lncRNA 在组织稳态和发育中的关键作用，以及它们对各种人类疾病（如癌症）的发展和进展的功能贡献和调节。然而，到目前为止，关于癌症中功能性 lncRNA 的研究结果很少被转化为临床应用。基于多种因素，例如 miRNA 与其 lncRNA 海绵的结合亲和力，我们分析了来自癌症基因组图谱 (TCGA) 的结直肠癌 RNA-seq 数据集的竞争性内源性 RNA (ceRNA) 网络。在进行ceRNA网络构建和生存分析后，发现lncRNA KCNQ1OT1在结直肠癌组织中显着上调并与患者的生存相关。构建了与 KCNQ1OT1 相关的 lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA 网络。基因集变异分析 (GSVA) 表明，KCNQ1OT1 ceRNA 网络在结直肠癌组织和正常组织中的表达显着不同，不仅在 TCGA-COAD 数据集中，而且在用作验证的其他三个 GEO 数据集中也是如此。通过从基因表达数据预测综合免疫细胞亚群，在一组患者中按 KCNQ1OT1 ceRNA 网络的差异表达水平分组的样本中，我们发现 CD4 发现lncRNA KCNQ1OT1在结直肠癌组织中显着上调并与患者的生存相关。构建了与 KCNQ1OT1 相关的 lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA 网络。基因集变异分析 (GSVA) 表明，KCNQ1OT1 ceRNA 网络在结直肠癌组织和正常组织中的表达显着不同，不仅在 TCGA-COAD 数据集中，而且在用作验证的其他三个 GEO 数据集中也是如此。通过从基因表达数据预测综合免疫细胞亚群，在一组患者中按 KCNQ1OT1 ceRNA 网络的差异表达水平分组的样本中，我们发现 CD4 发现 lncRNA KCNQ1OT1 在结直肠癌组织中显着上调并与患者的生存相关。构建了与 KCNQ1OT1 相关的 lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA 网络。基因集变异分析 (GSVA) 表明，KCNQ1OT1 ceRNA 网络在结直肠癌组织和正常组织中的表达显着不同，不仅在 TCGA-COAD 数据集中，而且在用作验证的其他三个 GEO 数据集中也是如此。通过从基因表达数据预测综合免疫细胞亚群，在一组患者中按 KCNQ1OT1 ceRNA 网络的差异表达水平分组的样本中，我们发现 CD4 基因集变异分析 (GSVA) 表明，KCNQ1OT1 ceRNA 网络在结直肠癌组织和正常组织中的表达显着不同，不仅在 TCGA-COAD 数据集中，而且在用作验证的其他三个 GEO 数据集中也是如此。通过从基因表达数据预测综合免疫细胞亚群，在一组患者中按 KCNQ1OT1 ceRNA 网络的差异表达水平分组的样本中，我们发现 CD4 基因集变异分析 (GSVA) 表明，KCNQ1OT1 ceRNA 网络在结直肠癌组织和正常组织中的表达显着不同，不仅在 TCGA-COAD 数据集中，而且在用作验证的其他三个 GEO 数据集中也是如此。通过从基因表达数据预测综合免疫细胞亚群，在一组患者中按 KCNQ1OT1 ceRNA 网络的差异表达水平分组的样本中，我们发现 CD4⁺、CD8 ⁺和细胞毒性 T 细胞以及其他 14 个免疫细胞亚群在高和低 KCNQ1OT1 ceRNA 网络评分组中处于不同水平。这些结果表明，KCNQ1OT1 ceRNA 网络可能参与了肿瘤微环境的调节，这将为进一步利用 KCNQ1OT1 作为结直肠癌可能的功能贡献者和治疗靶点提供理论依据。