Summary We present SWIMmeR, an open-source version of its predecessor SWIM (SWitchMiner) that is a network-based tool for mining key (switch) genes that are associated with intriguing patterns of molecular co-abundance and may play a crucial role in phenotypic transitions in various biological settings. SWIM was originally written in MATLAB®, a proprietary programming language that requires the purchase of a license to install, manipulate, operate and run the software. Over the last years, SWIM has sparked a widespread interest within the scientific community thanks to the promising results obtained through its application in a broad range of phenotype-specific scenarios, spanning from complex diseases to grapevine berry maturation. This success has created the call for it to be distributed in a freely accessible, open-source, runtime environment, such as R, aimed at a general audience of non-expert users that cannot afford the leading proprietary solution. SWIMmeR is provided as a comprehensive collection of R functions and it also includes several additional features that make it less intensive in terms of computer time and more efficient in terms of usability and further implementation and extension. Availability and implementation The SWIMmeR source code is freely available at https://github.com/sportingCode/SWIMmeR.git, along with a practical user guide, including a usage example of its application on breast cancer dataset. Supplementary information Supplementary data are available at Bioinformatics online.

中文翻译：

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SWIMmeR：一种基于 R 的软件，用于揭示复杂生物网络中的关键节点

总结 我们介绍了 SWIMmeR，它是其前身 SWIM (SWitchMiner) 的开源版本，是一种基于网络的工具，用于挖掘关键（开关）基因，这些基因与有趣的分子共丰度模式相关，并可能在表型分析中发挥关键作用各种生物环境中的转变。SWIM 最初是用 MATLAB® 编写的，这是一种专有编程语言，需要购买许可证才能安装、操作、操作和运行该软件。在过去的几年中，由于 SWIM 在从复杂疾病到葡萄果实成熟的广泛表型特定场景中的应用取得了令人鼓舞的结果，因此在科学界引起了广泛兴趣。这一成功引发了对其在可自由访问、开源、运行时环境中分发的呼声，例如 R，针对无法负担领先的专有解决方案的非专家用户的一般受众。SWIMmeR 是作为 R 函数的综合集合提供的，它还包括几个附加功能，这些功能使其在计算机时间方面不那么密集，在可用性以及进一步的实施和扩展方面更高效。可用性和实施​​ SWIMmeR 源代码可在 https://github.com/sportingCode/SWIMmeR.git 免费获得，以及实用的用户指南，包括其在乳腺癌数据集上的应用示例。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。SWIMmeR 是作为 R 函数的综合集合提供的，它还包括几个附加功能，这些功能使其在计算机时间方面不那么密集，在可用性以及进一步的实施和扩展方面更高效。可用性和实施​​ SWIMmeR 源代码可在 https://github.com/sportingCode/SWIMmeR.git 免费获得，以及实用的用户指南，包括其在乳腺癌数据集上的应用示例。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。SWIMmeR 是作为 R 函数的综合集合提供的，它还包括几个附加功能，这些功能使其在计算机时间方面不那么密集，在可用性以及进一步的实施和扩展方面更高效。可用性和实施​​ SWIMmeR 源代码可在 https://github.com/sportingCode/SWIMmeR.git 免费获得，以及实用的用户指南，包括其在乳腺癌数据集上的应用示例。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。com/sportingCode/SWIMmeR.git，以及实用的用户指南，包括其在乳腺癌数据集上的应用示例。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。com/sportingCode/SWIMmeR.git，以及实用的用户指南，包括其在乳腺癌数据集上的应用示例。补充信息 补充数据可在 Bioinformatics 在线获取。