当前位置: X-MOL 学术Curr. Bioinform. › 论文详情
Our official English website, www.x-mol.net, welcomes your feedback! (Note: you will need to create a separate account there.)
Bioinformatics Tools and Databases for Genomics-assisted Breeding and Population Genetics of Plants: A Review
Current Bioinformatics ( IF 4 ) Pub Date : 2021-06-30 , DOI: 10.2174/1574893615999200831144028
Supriya Babasaheb Aglawe 1 , Amit Kumar Verma 2 , Atul Kumar Upadhyay 3
Affiliation  

Genomics is the study of the complete genetic material of an organism. It would not be an exaggeration to say that we are at the peak of the genomics era as with the advent of high-throughput sequencing technologies we have an enormous amount of genomic data coming every day. Genomics assisted breeding (GAB) is becoming increasingly popular in the field of crop improvement. GAB utilizes available genomics information of different crops and their relatives for the purpose of plant breeding to produce improved varieties of the crops. Proper knowledge of these tools and databases helps in speeding up the process of plant breeding. The available tools can be categorized into several groups such as genetic diversity, Quantitative Trait Locus (QTL)/gene mapping, Next-Generation Sequencing (NGS) based Single Nucleotide Polymorphism (SNP) genotyping, Molecular breeding, Genome-Wide Association Studies (GWAS), Genomic Selection (GS), Marker-Assisted Recurrent Selection (MARS), Multiparent Advanced Generation Inter-Cross (MAGIC), etc. Most of the available tools are user friendly and where it is not, needs to be updated soon. There is an urgent need to develop the scientific resources and technical expertise for the proper and effective use of these tools. In this review, we have extensively covered the available tools and databases for the genomic assisted breeding and population genetics study of the plants. The details of these tools and databases along with their web links are also provided. We believe this review will be handy and useful for the scientists and researches of plant breeding, population genetics, and genomics.



中文翻译:

用于植物基因组学辅助育种和种群遗传学的生物信息学工具和数据库:综述

基因组学是对生物体完整遗传物质的研究。可以毫不夸张地说,我们正处于基因组学时代的顶峰,因为随着高通量测序技术的出现,我们每天都会收到大量的基因组数据。基因组辅助育种 (GAB) 在作物改良领域越来越受欢迎。GAB 利用不同作物及其近​​缘种的可用基因组信息进行植物育种,以生产改良的作物品种。正确了解这些工具和数据库有助于加快植物育种过程。可用的工具可分为几组,例如遗传多样性、定量性状位点 (QTL)/基因作图、基于下一代测序 (NGS) 的单核苷酸多态性 (SNP) 基因分型、分子育种、全基因组关联研究 (GWAS)、基因组选择 (GS)、标记辅助循环选择 (MARS)、多亲高级代间交叉 (MAGIC) 等。 大多数可用工具都是用户友好的,并且可以在其中使用不是,需要尽快更新。迫切需要开发科学资源和技术专长,以正确有效地使用这些工具。在这篇综述中,我们广泛涵盖了基因组辅助育种和植物群体遗传学研究的可用工具和数据库。还提供了这些工具和数据库的详细信息及其 Web 链接。我们相信这篇综述对于植物育种、群体遗传学和基因组学的科学家和研究将是方便和有用的。基因组选择 (GS)、标记辅助循环选择 (MARS)、多亲高级代间交叉 (MAGIC) 等。大多数可用工具都是用户友好的,如果不是,则需要尽快更新。迫切需要开发科学资源和技术专长,以正确有效地使用这些工具。在这篇综述中,我们广泛涵盖了基因组辅助育种和植物群体遗传学研究的可用工具和数据库。还提供了这些工具和数据库的详细信息及其 Web 链接。我们相信这篇综述对于植物育种、群体遗传学和基因组学的科学家和研究将是方便和有用的。基因组选择 (GS)、标记辅助循环选择 (MARS)、多亲高级代间交叉 (MAGIC) 等。大多数可用工具都是用户友好的,如果不是,则需要尽快更新。迫切需要开发科学资源和技术专长,以正确有效地使用这些工具。在这篇综述中,我们广泛涵盖了基因组辅助育种和植物群体遗传学研究的可用工具和数据库。还提供了这些工具和数据库的详细信息及其 Web 链接。我们相信这篇综述对于植物育种、群体遗传学和基因组学的科学家和研究将是方便和有用的。大多数可用的工具都是用户友好的,如果不是,则需要尽快更新。迫切需要开发科学资源和技术专长,以正确有效地使用这些工具。在这篇综述中,我们广泛涵盖了基因组辅助育种和植物群体遗传学研究的可用工具和数据库。还提供了这些工具和数据库的详细信息及其 Web 链接。我们相信这篇综述对于植物育种、群体遗传学和基因组学的科学家和研究将是方便和有用的。大多数可用的工具都是用户友好的,如果不是,则需要尽快更新。迫切需要开发科学资源和技术专长,以正确有效地使用这些工具。在这篇综述中,我们广泛涵盖了基因组辅助育种和植物群体遗传学研究的可用工具和数据库。还提供了这些工具和数据库的详细信息及其 Web 链接。我们相信这篇综述对于植物育种、群体遗传学和基因组学的科学家和研究将是方便和有用的。我们广泛涵盖了用于植物基因组辅助育种和群体遗传学研究的可用工具和数据库。还提供了这些工具和数据库的详细信息及其 Web 链接。我们相信这篇综述对于植物育种、群体遗传学和基因组学的科学家和研究将是方便和有用的。我们已经广泛涵盖了用于植物基因组辅助育种和群体遗传学研究的可用工具和数据库。还提供了这些工具和数据库的详细信息及其 Web 链接。我们相信这篇综述对于植物育种、群体遗传学和基因组学的科学家和研究将是方便和有用的。

更新日期:2021-06-30
down
wechat
bug