The preinitation complex (PIC) for transcriptional initiation by RNA polymerase (Pol) II is composed of general transcription factors that are highly conserved. However, analysis of ChIP-seq datasets reveals kinetic and compositional differences in the transcriptional initiation process among eukaryotic species. In yeast, Mediator associates strongly with activator proteins bound to enhancers, but it transiently associates with promoters in a form that lacks the kinase module. In contrast, in human, mouse, and fly cells, Mediator with its kinase module stably associates with promoters, but not with activator-binding sites. This suggests that yeast and metazoans differ in the nature of the dynamic bridge of Mediator between activators and Pol II and the composition of a stable inactive PIC-like entity. As in yeast, occupancies of TBP and associated factors (Tafs) at mammalian promoters are not strictly correlated. This suggests that within PICs, TFIID is not a monolithic entity, and multiple forms of TBP affect initiation at different classes of genes. TFIID in flies, but not yeast and mammals, interacts strongly at regions downstream of the initiation site, consistent with the importance of downstream promoter elements in that species. Lastly, Taf7 and the mammalian-specific Med26 subunit of Mediator also interact near the Pol II pause region downstream of the PIC, but only in subsets of genes and often not together. Species-specific differences in PIC structure and function are likely to affect how activators and repressors affect transcriptional activity.

中文翻译：

---

真核生物物种中 RNA 聚合酶 II 转录起始的比较

由 RNA 聚合酶 (Pol) II 进行转录起始的预启动复合体 (PIC) 由高度保守的通用转录因子组成。然而，对 ChIP-seq 数据集的分析揭示了真核物种之间转录起始过程的动力学和组成差异。在酵母中，Mediator 与与增强子结合的激活蛋白密切相关，但它以缺乏激酶模块的形式与启动子短暂相关。相比之下，在人类、小鼠和果蝇细胞中，Mediator 及其激酶模块与启动子稳定结合，但不与激活剂结合位点结合。这表明酵母和后生动物在激活剂和 Pol II 之间的 Mediator 动态桥的性质以及稳定的非活性 PIC 样实体的组成方面有所不同。就像在酵母中一样，TBP 和相关因子 (Tafs) 在哺乳动物启动子上的占有率并不严格相关。这表明在 PIC 中，TFIID 不是一个整体，多种形式的 TBP 影响不同类别基因的启动。果蝇中的 TFIID，但不是酵母和哺乳动物，在起始位点下游区域强烈相互作用，这与该物种下游启动子元件的重要性一致。最后，Taf7 和 Mediator 的哺乳动物特异性 Med26 亚基也在 PIC 下游的 Pol II 暂停区附近相互作用，但仅在基因子集中相互作用，通常不在一起。PIC 结构和功能的物种特异性差异可能会影响激活剂和阻遏物如何影响转录活性。TFIID 不是一个整体，多种形式的 TBP 会影响不同类别基因的起始。果蝇中的 TFIID，但不是酵母和哺乳动物，在起始位点下游区域强烈相互作用，这与该物种下游启动子元件的重要性一致。最后，Taf7 和 Mediator 的哺乳动物特异性 Med26 亚基也在 PIC 下游的 Pol II 暂停区附近相互作用，但仅在基因子集中相互作用，通常不在一起。PIC 结构和功能的物种特异性差异可能会影响激活剂和阻遏物如何影响转录活性。TFIID 不是一个整体，多种形式的 TBP 会影响不同类别基因的起始。果蝇中的 TFIID，但不是酵母和哺乳动物，在起始位点下游区域强烈相互作用，这与该物种下游启动子元件的重要性一致。最后，Taf7 和 Mediator 的哺乳动物特异性 Med26 亚基也在 PIC 下游的 Pol II 暂停区附近相互作用，但仅在基因子集中相互作用，通常不在一起。PIC 结构和功能的物种特异性差异可能会影响激活剂和阻遏物如何影响转录活性。与下游启动子元件在该物种中的重要性一致。最后，Taf7 和 Mediator 的哺乳动物特异性 Med26 亚基也在 PIC 下游的 Pol II 暂停区附近相互作用，但仅在基因子集中相互作用，通常不在一起。PIC 结构和功能的物种特异性差异可能会影响激活剂和阻遏物如何影响转录活性。与下游启动子元件在该物种中的重要性一致。最后，Taf7 和 Mediator 的哺乳动物特异性 Med26 亚基也在 PIC 下游的 Pol II 暂停区附近相互作用，但仅在基因子集中相互作用，通常不在一起。PIC 结构和功能的物种特异性差异可能会影响激活剂和阻遏物如何影响转录活性。