Genomes can be sequenced with relative ease, but ascribing gene function remains a major challenge. Genetically tractable model systems are crucial to meet this challenge. One powerful model is the social amoeba Dictyostelium discoideum, a eukaryotic microbe widely used to study diverse questions in the cell, developmental and evolutionary biology. We describe REMI-seq, an adaptation of Tn-seq, which allows high throughput, en masse, and quantitative identification of the genomic site of insertion of a drug resistance marker after restriction enzyme-mediated integration. We use REMI-seq to develop tools which greatly enhance the efficiency with which the sequence, transcriptome or proteome variation can be linked to phenotype in D. discoideum. These comprise (1) a near genome-wide resource of individual mutants and (2) a defined pool of ‘barcoded’ mutants to allow large-scale parallel phenotypic analyses. These resources are freely available and easily accessible through the REMI-seq website that also provides comprehensive guidance and pipelines for data analysis. We demonstrate that integrating these resources allows novel regulators of cell migration, phagocytosis and macropinocytosis to be rapidly identified. We present methods and resources, generated using REMI-seq, for high throughput gene function analysis in a key model system.

中文翻译：

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使用 REMI-seq 技术的盘基网柄菌功能基因组学突变资源

可以相对容易地对基因组进行测序，但确定基因功能仍然是一项重大挑战。遗传易处理的模型系统对于应对这一挑战至关重要。一个强大的模型是社会变形虫盘基网柄菌，一种真核微生物，广泛用于研究细胞、发育和进化生物学中的各种问题。我们描述了 REMI-seq，它是 Tn-seq 的改编版，它允许在限制性酶介导的整合后高通量、整体和定量识别插入耐药性标记的基因组位点。我们使用 REMI-seq 开发工具，大大提高序列、转录组或蛋白质组变异与 D. discoideum 表型相关联的效率。这些包括 (1) 接近全基因组的单个突变体资源和 (2) 定义的“条形码”突变体库，以允许大规模并行表型分析。这些资源可通过 REMI-seq 网站免费获得且易于访问，该网站还为数据分析提供全面的指导和管道。我们证明，整合这些资源可以快速识别细胞迁移、吞噬作用和巨胞饮作用的新调节剂。我们展示了使用 REMI-seq 生成的方法和资源，用于在关键模型系统中进行高通量基因功能分析。我们证明，整合这些资源可以快速识别细胞迁移、吞噬作用和巨胞饮作用的新调节剂。我们展示了使用 REMI-seq 生成的方法和资源，用于在关键模型系统中进行高通量基因功能分析。我们证明，整合这些资源可以快速识别细胞迁移、吞噬作用和巨胞饮作用的新调节剂。我们展示了使用 REMI-seq 生成的方法和资源，用于在关键模型系统中进行高通量基因功能分析。