当前位置: X-MOL 学术Physiol. Mol. Biol. Plants › 论文详情
Our official English website, www.x-mol.net, welcomes your feedback! (Note: you will need to create a separate account there.)
GBS-SNP and SSR based genetic mapping and QTL analysis for drought tolerance in upland cotton
Physiology and Molecular Biology of Plants ( IF 3.5 ) Pub Date : 2021-08-20 , DOI: 10.1007/s12298-021-01041-y
Ravi Prakash Shukla 1, 2 , Gopal Ji Tiwari 1 , Babita Joshi 1, 3 , Kah Song-Beng 4 , Sushma Tamta 5 , N Manikanda Boopathi 6 , Satya Narayan Jena 1
Affiliation  

A recombinant inbred line mapping population of intra-species upland cotton was generated from a cross between the drought-tolerant female parent (AS2) and the susceptible male parent (MCU13). A linkage map was constructed deploying 1,116 GBS-based SNPs and public domain-based 782 SSRs spanning a total genetic distance of 28,083.03 cM with an average chromosomal span length of 1,080.12 cM with inter-marker distance of 10.19 cM.A total of 19 quantitative trait loci (QTLs) were identified in nine chromosomes for field drought tolerance traits. Chromosomes 3 and 8 harbored important drought tolerant QTLs for chlorophyll stability index trait while for relative water content trait, three QTLs on chromosome 8 and one QTL each on chromosome 4, 12 were identified. One QTL on each chromosome 8, 5, and 7, and two QTLs on chromosome 15 linking to proline content were identified. For the nitrate reductase activity trait, two QTLs were identified on chromosome 3 and one on each chromosome 8, 13, and 26. To complement our QTL study, a meta-analysis was conducted along with the public domain database and resulted in a consensus map for chromosome 8. Under field drought stress, chromosome 8 harbored a drought tolerance QTL hotspot with two in-house QTLs for chlorophyll stability index (qCSI01, qCSI02) and three public domain QTLs (qLP.FDT_1, qLP.FDT_2, qCC.ST_3). Identified QTL hotspot on chromosome 8 could play a crucial role in exploring abiotic stress-associated genes/alleles for drought trait improvement.



中文翻译:

基于GBS-SNP和SSR的陆地棉抗旱遗传作图和QTL分析

从耐旱母本 (AS2) 和易感父本 (MCU13) 的杂交中产生了种内陆地棉的重组自交系作图种群。构建了一个连锁图谱,部署了 1,116 个基于 GBS 的 SNP 和基于公共域的 782 个 SSR,总遗传距离为 28,083.03 cM,平均染色体跨度长度为 1,080.12 cM,标记间距离为 10.19 cM。共有 19 个数量性状基因座(QTL)在九个染色体中鉴定出田间耐旱性状。3号和8号染色体具有重要的叶绿素稳定性指标性状耐旱QTL,而相对含水量性状则鉴定出8号染色体上的3个QTL和4、12号染色体各1个QTL。每个染色体 8、5 和 7 上各有一个 QTL,并鉴定了与脯氨酸含量相关的 15 号染色体上的两个 QTL。对于硝酸还原酶活性性状,在 3 号染色体上鉴定出两个 QTL,在 8、13 和 26 号染色体上鉴定出一个。为了补充我们的 QTL 研究,与公共领域数据库一起进行了荟萃分析,并产生了共识图谱对于8号染色体。在田间干旱胁迫下,8号染色体具有一个耐旱QTL热点,具有两个叶绿素稳定性指数内部QTL(qCSI01,qCSI02)和三个公共域QTL(qLP.FDT_1,qLP.FDT_2,qCC.ST_3) . 确定的第 8 号染色体上的 QTL 热点可能在探索非生物胁迫相关基因/等位基因以改善干旱性状方面发挥关键作用。为了补充我们的 QTL 研究,与公共领域数据库一起进行了荟萃分析,并产生了 8 号染色体的共有图谱。在田间干旱胁迫下,8 号染色体具有耐旱性 QTL 热点,其中有两个内部 QTL 用于叶绿素稳定性index (qCSI01, qCSI02) 和三个公共领域 QTL (qLP.FDT_1, qLP.FDT_2, qCC.ST_3)。确定的第 8 号染色体上的 QTL 热点可能在探索非生物胁迫相关基因/等位基因以改善干旱性状方面发挥关键作用。为了补充我们的 QTL 研究,与公共领域数据库一起进行了荟萃分析,并产生了 8 号染色体的共有图谱。在田间干旱胁迫下,8 号染色体具有耐旱性 QTL 热点,其中有两个内部 QTL 用于叶绿素稳定性index (qCSI01, qCSI02) 和三个公共领域 QTL (qLP.FDT_1, qLP.FDT_2, qCC.ST_3)。确定的第 8 号染色体上的 QTL 热点可能在探索非生物胁迫相关基因/等位基因以改善干旱性状方面发挥关键作用。FDT_2,qCC.ST_3)。确定的第 8 号染色体上的 QTL 热点可能在探索非生物胁迫相关基因/等位基因以改善干旱性状方面发挥关键作用。FDT_2,qCC.ST_3)。确定的第 8 号染色体上的 QTL 热点可能在探索非生物胁迫相关基因/等位基因以改善干旱性状方面发挥关键作用。

更新日期:2021-08-20
down
wechat
bug