COVID19 is a global pandemic that threatens all nations. As there is no effective antiviral drug for COVID19, we examined the potency of natural ingredients against the SARS-CoV-2 main protease (PDB ID 6YNQ). Buah merah is a typical fruit from Papua, Indonesia, which is known to contain high levels of carotenoids and flavonoids. The contents have been proven to be effective as antiparasitic and anti-HIV. An in silico approach to 16 metabolites of buah merah (Pandanus conoideus Lamk) was carried out using AutoDock Vina. Furthermore, the study of the dynamics of ligand–protein interactions was carried out using CABS Flex 2.0 server to determine the test ligand and receptor complexes' stability. ADMET prediction was also carried out to study the pharmacokinetic profile of potential antiviral candidates. The docking results showed that 3 of the 16 buah merah metabolites were potent inhibitors against the SARS-CoV-2 main protease. The flavonoid compounds are quercetin 3′-glucoside, quercetin 3-O-glucose, and taxifolin 3-O-α-arabinopyranose with a binding affinity of − 9.7, − 9.3, and − 8.8, respectively, with stable ligand–protein complex. ADMET study shows that the three compounds are easily dissolved, easily absorbed orally and topically, have a high unbound fraction, low toxicity, and non-irritant. We conclude that quercetin 3′-glucoside, quercetin 3-O-glucose, and taxifolin 3-O-α-arabinopyranose can be used and improved as potential anti-SARS-CoV-2 agents in further study.

中文翻译：

---

buah merah (Pandanus conoideus Lamk) 的类黄酮化合物作为有效的 SARS-CoV-2 主要蛋白酶抑制剂：计算机方法

COVID19 是一种威胁所有国家的全球性流行病。由于没有针对 COVID19 的有效抗病毒药物，我们检测了天然成分对 SARS-CoV-2 主要蛋白酶（PDB ID 6YNQ）的效力。Buah merah 是印度尼西亚巴布亚的典型水果，已知其含有高水平的类胡萝卜素和类黄酮。内容物已被证明是有效的抗寄生虫和抗艾滋病毒。使用 AutoDock Vina 对 buah merah (Pandanus conoideus Lamk) 的 16 种代谢物进行计算机模拟。此外，使用 CABS Flex 2.0 服务器对配体-蛋白质相互作用的动力学进行了研究，以确定测试配体和受体复合物的稳定性。还进行了 ADMET 预测以研究潜在抗病毒候选药物的药代动力学特征。对接结果显示，16 种 buah merah 代谢物中有 3 种是针对 SARS-CoV-2 主要蛋白酶的有效抑制剂。黄酮类化合物是槲皮素 3'-葡萄糖苷、槲皮素 3-O-葡萄糖和紫杉叶素 3-O-α-阿拉伯吡喃糖，结合亲和力分别为 - 9.7、- 9.3 和 - 8.8，具有稳定的配体-蛋白质复合物。ADMET研究表明，这三种化合物易溶解，易口服和外用吸收，游离率高，毒性低，无刺激性。我们得出结论，槲皮素 3'-葡萄糖苷、槲皮素 3-O-葡萄糖和紫杉叶素 3-O-α-阿拉伯吡喃糖可作为潜在的抗 SARS-CoV-2 药物进行进一步研究并加以改进。和紫杉叶素 3-O-α-阿拉伯吡喃糖，结合亲和力分别为 - 9.7、- 9.3 和 - 8.8，具有稳定的配体-蛋白质复合物。ADMET研究表明，这三种化合物易溶解，易口服和外用吸收，游离率高，毒性低，无刺激性。我们得出结论，槲皮素 3'-葡萄糖苷、槲皮素 3-O-葡萄糖和紫杉叶素 3-O-α-阿拉伯吡喃糖可作为潜在的抗 SARS-CoV-2 药物进行进一步研究并加以改进。和紫杉叶素 3-O-α-阿拉伯吡喃糖，结合亲和力分别为 - 9.7、- 9.3 和 - 8.8，具有稳定的配体-蛋白质复合物。ADMET研究表明，这三种化合物易溶解，易口服和外用吸收，游离率高，毒性低，无刺激性。我们得出结论，槲皮素 3'-葡萄糖苷、槲皮素 3-O-葡萄糖和紫杉叶素 3-O-α-阿拉伯吡喃糖可作为潜在的抗 SARS-CoV-2 药物进行进一步研究并加以改进。