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Clonal hematopoiesis of indeterminate potential (CHIP) and cardiovascular diseases—an updated systematic review
Journal of Genetic Engineering and Biotechnology Pub Date : 2021-07-19 , DOI: 10.1186/s43141-021-00205-3
Nagendra Boopathy Senguttuvan 1 , Vinodhini Subramanian 2 , Vettriselvi Venkatesan 2 , T R Muralidharan 1 , Kavitha Sankaranarayanan 3
Affiliation  

Cardiovascular diseases (CVDs) are the leading cause of mortality in India. Residual risk exists in patients receiving optimal guideline-directed medical therapy. Possession of certain somatic mutations, at a variant allele frequency of ≥ 2% in peripheral blood, driving clonal expansion in the absence of cytopenias and dysplastic hematopoiesis is defined as clonal hematopoiesis of indeterminate potential (CHIP). Recently, it was found that carriers of CHIP had a higher risk to have coronary artery disease (CAD) and early-onset myocardial infarction. Association of CHIP with heart failure and valvular heart diseases is increasingly being considered. The common link that connects CHIP mutations and CVDs is inflammation leading to increased expression of cytokines and chemokines. We intended to do a systematic review about the association of CHIP mutations and CVD along with identifying specific CHIP mutations involved in increasing the risk of having CVDs. We performed an extensive literature search in PubMed and Google Scholar databases. Out of 302 articles, we narrowed it down to 10 studies based on our pre-specified criteria. The methodology adopted for the identification of CHIP mutations in the selected studies included – whole-exome sequencing (n = 3), whole-genome analysis (n = 1), transcriptome profiling analysis (n = 1), whole-genome analysis (n = 1), and single-cell RNA-sequencing (n = 1). We found that the available literature suggested an association between CHIP and CVD. The most commonly described CHIP mutations in patients with CVD are DNMT3A, TET2, ASXL1, TP53, JAK2, and SF3B. We further analyzed the commonly mutated CHIP genes using bioinformatics tools. Protein function and interaction analysis were performed using the g: Profiler and GeneMANIA online tools. The results revealed significant bio grid interactions for molecular functions, biological processes, and biological pathways. Interaction analysis showed significant physical and co-expression interactions. We conclude that there exists a significant association between CHIP mutations and CVD with DNMT3A, TET2, ASXL1, TP53, JAK2, and SF3B as the commonly implicated genes. The recognition of the link between CHIP and cardiovascular events will expand our understanding of residual risk and will open up new avenues of investigation and therapeutic modalities in the management of patients with CVD.

中文翻译:

不确定潜能的克隆性造血 (CHIP) 和心血管疾病——更新的系统评价

心血管疾病 (CVDs) 是印度死亡的主要原因。接受最佳指南指导药物治疗的患者存在残余风险。拥有某些体细胞突变,外周血中变异等位基因频率≥ 2%,在没有血细胞减少和发育不良造血的情况下驱动克隆扩增被定义为不确定潜能的克隆性造血 (CHIP)。最近发现,CHIP 携带者患冠状动脉疾病 (CAD) 和早发性心肌梗死的风险更高。越来越多地考虑 CHIP 与心力衰竭和瓣膜性心脏病的关联。连接 CHIP 突变和 CVD 的常见联系是导致细胞因子和趋化因子表达增加的炎症。我们打算对 CHIP 突变与 CVD 的关联进行系统评价,同时确定与增加 CVD 风险有关的特定 CHIP 突变。我们在 PubMed 和 Google Scholar 数据库中进行了广泛的文献检索。在 302 篇文章中,我们根据我们预先指定的标准将其缩小到 10 项研究。所选研究中用于识别 CHIP 突变的方法包括 – 全外显子组测序 (n = 3)、全基因组分析 (n = 1)、转录组分析 (n = 1)、全基因组分析 (n = 1) 和单细胞 RNA 测序 (n = 1)。我们发现现有文献表明 CHIP 和 CVD 之间存在关联。CVD 患者中最常描述的 CHIP 突变是 DNMT3A、TET2、ASXL1、TP53、JAK2 和 SF3B。我们使用生物信息学工具进一步分析了常见的突变 CHIP 基因。使用 g: Profiler 和 GeneMANIA 在线工具进行蛋白质功能和相互作用分析。结果揭示了分子功能、生物过程和生物途径的显着生物网格相互作用。相互作用分析显示了显着的物理和共表达相互作用。我们得出结论,CHIP 突变与 CVD 之间存在显着关联,其中 DNMT3A、TET2、ASXL1、TP53、JAK2 和 SF3B 作为常见的相关基因。认识到 CHIP 和心血管事件之间的联系将扩大我们对残余风险的理解,并将开辟新的研究途径和治疗 CVD 患者的治疗方式。使用 g: Profiler 和 GeneMANIA 在线工具进行蛋白质功能和相互作用分析。结果揭示了分子功能、生物过程和生物途径的显着生物网格相互作用。相互作用分析显示了显着的物理和共表达相互作用。我们得出结论,CHIP 突变与 CVD 之间存在显着关联,其中 DNMT3A、TET2、ASXL1、TP53、JAK2 和 SF3B 作为常见的相关基因。认识到 CHIP 和心血管事件之间的联系将扩大我们对残余风险的理解,并将开辟新的研究途径和治疗 CVD 患者的治疗方式。使用 g: Profiler 和 GeneMANIA 在线工具进行蛋白质功能和相互作用分析。结果揭示了分子功能、生物过程和生物途径的显着生物网格相互作用。相互作用分析显示了显着的物理和共表达相互作用。我们得出结论,CHIP 突变与 CVD 之间存在显着关联,其中 DNMT3A、TET2、ASXL1、TP53、JAK2 和 SF3B 作为常见的相关基因。认识到 CHIP 和心血管事件之间的联系将扩大我们对残余风险的理解,并将开辟新的研究途径和治疗 CVD 患者的治疗方式。结果揭示了分子功能、生物过程和生物途径的显着生物网格相互作用。相互作用分析显示了显着的物理和共表达相互作用。我们得出结论,CHIP 突变与 CVD 之间存在显着关联,其中 DNMT3A、TET2、ASXL1、TP53、JAK2 和 SF3B 作为常见的相关基因。认识到 CHIP 和心血管事件之间的联系将扩大我们对残余风险的理解,并将开辟新的研究途径和治疗 CVD 患者的治疗方式。结果揭示了分子功能、生物过程和生物途径的显着生物网格相互作用。相互作用分析显示了显着的物理和共表达相互作用。我们得出结论,CHIP 突变与 CVD 之间存在显着关联,其中 DNMT3A、TET2、ASXL1、TP53、JAK2 和 SF3B 作为常见的相关基因。认识到 CHIP 和心血管事件之间的联系将扩大我们对残余风险的理解,并将开辟新的研究途径和治疗 CVD 患者的治疗方式。ASXL1、TP53、JAK2 和 SF3B 作为常见的牵连基因。认识到 CHIP 和心血管事件之间的联系将扩大我们对残余风险的理解,并将开辟新的研究途径和治疗 CVD 患者的治疗方式。ASXL1、TP53、JAK2 和 SF3B 作为常见的牵连基因。认识到 CHIP 和心血管事件之间的联系将扩大我们对残余风险的理解,并将开辟新的研究途径和治疗 CVD 患者的治疗方式。
更新日期:2021-07-19
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