Phylogenetic analyses of genomic data provide a powerful means of reconstructing the evolutionary relationships among organisms, yet such analyses are often hindered by conflicting phylogenetic signals among loci. Identifying the signals that are most influential to species-tree estimation can help to inform the choice of data for phylogenomic analysis. We investigated this in an analysis of 30 phylogenomic data sets. For each data set, we examined the association between several branch-length characteristics of gene trees and the distance between these gene trees and the corresponding species trees. We found that the distance of each gene tree to the species tree inferred from the full data set was positively associated with variation in root-to-tip distances and negatively associated with mean branch support. However, no such associations were found for gene-tree length, a measure of the overall substitution rate at each locus. We further explored the usefulness of the best-performing branch-based characteristics for selecting loci for phylogenomic analyses. We found that loci that yield gene trees with high variation in root-to-tip distances have a disproportionately distant signal of tree topology compared with the complete data sets. These results suggest that rate variation across lineages should be taken into consideration when exploring and even selecting loci for phylogenomic analysis.[Branch support; data filtering; nucleotide substitution model; phylogenomics; substitution rate; summary coalescent methods.]

中文翻译：

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基因树谱系之间的进化速率变化对物种树推断有负面影响

基因组数据的系统发育分析为重建生物体之间的进化关系提供了一种强有力的手段，但这种分析常常受到基因座之间相互冲突的系统发育信号的阻碍。识别对物种树估计最有影响的信号有助于为系统基因组分析的数据选择提供信息。我们在对 30 个系统基因组数据集的分析中对此进行了调查。对于每个数据集，我们检查了基因树的几个分支长度特征与这些基因树与相应物种树之间的距离之间的关联。我们发现，从完整数据集推断出的每个基因树到物种树的距离与根到尖端距离的变化呈正相关，与平均分支支持度呈负相关。然而，基因树长度没有发现这样的关联，基因树长度是每个基因座总替代率的衡量标准。我们进一步探索了表现最佳的基于分支的特征在选择基因座进行系统基因组分析方面的有用性。我们发现，与完整数据集相比，产生具有高度变化的根到尖端距离的基因树的基因座具有不成比例的树拓扑信号。这些结果表明，在探索甚至选择基因座进行系统基因组分析时，应考虑跨谱系的速率变化。数据过滤；核苷酸替换模型；系统基因组学；替代率；总结合并方法。] 我们进一步探索了表现最佳的基于分支的特征在选择基因座进行系统基因组分析方面的有用性。我们发现，与完整数据集相比，产生具有高度变化的根到尖端距离的基因树的基因座具有不成比例的树拓扑信号。这些结果表明，在探索甚至选择基因座进行系统基因组分析时，应考虑跨谱系的速率变化。数据过滤；核苷酸替换模型；系统基因组学；替代率；总结合并方法。] 我们进一步探索了表现最佳的基于分支的特征在选择基因座进行系统基因组分析方面的有用性。我们发现，与完整数据集相比，产生具有高度变化的根到尖端距离的基因树的基因座具有不成比例的树拓扑信号。这些结果表明，在探索甚至选择基因座进行系统基因组分析时，应考虑跨谱系的速率变化。数据过滤；核苷酸替换模型；系统基因组学；替代率；总结合并方法。] 这些结果表明，在探索甚至选择基因座进行系统基因组分析时，应考虑跨谱系的速率变化。数据过滤；核苷酸替换模型；系统基因组学；替代率；总结合并方法。] 这些结果表明，在探索甚至选择基因座进行系统基因组分析时，应考虑跨谱系的速率变化。数据过滤；核苷酸替换模型；系统基因组学；替代率；总结合并方法。]