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Plant material selection, collection, preservation, and storage for nuclear DNA content estimation
Cytometry Part A ( IF 3.7 ) Pub Date : 2021-07-13 , DOI: 10.1002/cyto.a.24482 Martin Čertner 1, 2 , Magdalena Lučanová 2, 3 , Elwira Sliwinska 4 , Filip Kolář 1, 2 , João Loureiro 5
Cytometry Part A ( IF 3.7 ) Pub Date : 2021-07-13 , DOI: 10.1002/cyto.a.24482 Martin Čertner 1, 2 , Magdalena Lučanová 2, 3 , Elwira Sliwinska 4 , Filip Kolář 1, 2 , João Loureiro 5
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In theory, any plant tissue providing intact nuclei in sufficient quantity is suitable for nuclear DNA content estimation using flow cytometry (FCM). While this certainly opens a wide variety of possible applications of FCM, especially when compared to classical karyological techniques restricted to tissues with active cell division, tissue selection and quality may directly affect the precision (and sometimes even reliability) of FCM measurements. It is usually convenient to first consider the goals of the study to either aim for the highest possible accuracy of estimates (e.g., for inferring genome size, detecting homoploid intraspecific genome size variation, aneuploidy, among others), or to decide that histograms of reasonable resolution provide sufficient information (e.g., ploidy level screening within a single model species). Here, a set of best practices guidelines for selecting the optimal plant tissue for FCM analysis, sampling of material, and material preservation and storage are provided. In addition, factors potentially compromising the quality of FCM estimates of nuclear DNA content and data interpretation are discussed.
中文翻译:
用于核 DNA 含量估计的植物材料选择、收集、保存和储存
理论上,任何提供足够数量的完整细胞核的植物组织都适合使用流式细胞术 (FCM) 进行核 DNA 含量估计。虽然这无疑开启了 FCM 的各种可能应用,特别是与仅限于具有活跃细胞分裂的组织的经典核学技术相比,组织选择和质量可能直接影响 FCM 测量的精度(有时甚至是可靠性)。通常,首先考虑研究的目标是为了获得尽可能高的估计准确度(例如,推断基因组大小、检测同倍体种内基因组大小变异、非整倍性等),或者决定合理的直方图分辨率提供足够的信息(例如,单个模型物种内的倍性水平筛选)。这里,提供了一套最佳实践指南,用于选择用于 FCM 分析、材料取样以及材料保存和储存的最佳植物组织。此外,还讨论了可能影响 FCM 对核 DNA 含量和数据解释的估计质量的因素。
更新日期:2021-07-13
中文翻译:
用于核 DNA 含量估计的植物材料选择、收集、保存和储存
理论上,任何提供足够数量的完整细胞核的植物组织都适合使用流式细胞术 (FCM) 进行核 DNA 含量估计。虽然这无疑开启了 FCM 的各种可能应用,特别是与仅限于具有活跃细胞分裂的组织的经典核学技术相比,组织选择和质量可能直接影响 FCM 测量的精度(有时甚至是可靠性)。通常,首先考虑研究的目标是为了获得尽可能高的估计准确度(例如,推断基因组大小、检测同倍体种内基因组大小变异、非整倍性等),或者决定合理的直方图分辨率提供足够的信息(例如,单个模型物种内的倍性水平筛选)。这里,提供了一套最佳实践指南,用于选择用于 FCM 分析、材料取样以及材料保存和储存的最佳植物组织。此外,还讨论了可能影响 FCM 对核 DNA 含量和数据解释的估计质量的因素。