Meiotic recombination results in the exchange of genetic material between homologous chromosomes. Recombination rate varies between different parts of the genome, between individuals, and is influenced by genetics. In this paper, we assessed the genetic variation in recombination rate along the genome and between individuals in the pig using multilocus iterative peeling on 150,000 individuals across nine genotyped pedigrees. We used these data to estimate the heritability of recombination and perform a genome-wide association study of recombination in the pig. Our results confirmed known features of the recombination landscape of the pig genome, including differences in genetic length of chromosomes and marked sex differences. The recombination landscape was repeatable between lines, but at the same time, there were differences in average autosome-wide recombination rate between lines. The heritability of autosome-wide recombination rate was low but not zero (on average 0.07 for females and 0.05 for males). We found six genomic regions that are associated with recombination rate, among which five harbour known candidate genes involved in recombination: RNF212, SHOC1, SYCP2, MSH4 and HFM1. Our results on the variation in recombination rate in the pig genome agree with those reported for other vertebrates, with a low but nonzero heritability, and the identification of a major quantitative trait locus for recombination rate that is homologous to that detected in several other species. This work also highlights the utility of using large-scale livestock data to understand biological processes.

中文翻译：

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猪重组率的遗传变异

减数分裂重组导致同源染色体之间遗传物质的交换。基因组的不同部分、个体之间的重组率各不相同，并受遗传学的影响。在本文中，我们对 9 个基因型谱系的 150,000 个个体使用多位点迭代剥离，评估了基因组中重组率和猪个体之间重组率的遗传变异。我们使用这些数据来估计重组的遗传力，并在猪中进行重组的全基因组关联研究。我们的结果证实了猪基因组重组景观的已知特征，包括染色体遗传长度的差异和显着的性别差异。重组景观在品系之间是可重复的，但同时，品系之间的平均常染色体范围内的重组率存在差异。常染色体范围内重组率的遗传率较低但不为零（女性平均为 0.07，男性平均为 0.05）。我们发现了六个与重组率相关的基因组区域，其中五个包含参与重组的已知候选基因：RNF212、SHOC1、SYCP2、MSH4 和 HFM1。我们关于猪基因组重组率变化的结果与其他脊椎动物的报告一致，具有低但非零的遗传力，并且鉴定了与在其他几个物种中检测到的重组率同源的主要数量性状基因座。这项工作还强调了使用大规模牲畜数据来了解生物过程的实用性。常染色体范围内重组率的遗传率较低但不为零（女性平均为 0.07，男性平均为 0.05）。我们发现了六个与重组率相关的基因组区域，其中五个包含参与重组的已知候选基因：RNF212、SHOC1、SYCP2、MSH4 和 HFM1。我们关于猪基因组重组率变化的结果与其他脊椎动物的报告一致，具有低但非零的遗传力，并且鉴定了与在其他几个物种中检测到的重组率同源的主要数量性状基因座。这项工作还强调了使用大规模牲畜数据来了解生物过程的实用性。常染色体范围内重组率的遗传率较低但不为零（女性平均为 0.07，男性平均为 0.05）。我们发现了六个与重组率相关的基因组区域，其中五个包含参与重组的已知候选基因：RNF212、SHOC1、SYCP2、MSH4 和 HFM1。我们关于猪基因组重组率变化的结果与其他脊椎动物的报告一致，具有低但非零的遗传力，并且鉴定了与在其他几个物种中检测到的重组率同源的主要数量性状基因座。这项工作还强调了使用大规模牲畜数据来了解生物过程的实用性。我们发现了六个与重组率相关的基因组区域，其中五个包含参与重组的已知候选基因：RNF212、SHOC1、SYCP2、MSH4 和 HFM1。我们关于猪基因组重组率变化的结果与其他脊椎动物的报告一致，具有低但非零的遗传力，并且鉴定了与在其他几个物种中检测到的重组率同源的主要数量性状基因座。这项工作还强调了使用大规模牲畜数据来了解生物过程的实用性。我们发现了六个与重组率相关的基因组区域，其中五个包含参与重组的已知候选基因：RNF212、SHOC1、SYCP2、MSH4 和 HFM1。我们关于猪基因组重组率变化的结果与其他脊椎动物的报告一致，具有低但非零的遗传力，并且鉴定了与在其他几个物种中检测到的重组率同源的主要数量性状基因座。这项工作还强调了使用大规模牲畜数据来了解生物过程的实用性。具有低但非零的遗传力，并且鉴定了与在其他几个物种中检测到的同源的重组率的主要数量性状基因座。这项工作还强调了使用大规模牲畜数据来了解生物过程的实用性。具有低但非零的遗传力，并且鉴定了与在其他几个物种中检测到的同源的重组率的主要数量性状基因座。这项工作还强调了使用大规模牲畜数据来了解生物过程的实用性。