The accrual of genomic data from both cultured and uncultured microorganisms provides new opportunities to develop systematic taxonomies based on evolutionary relationships. Previously, we established a bacterial taxonomy through the Genome Taxonomy Database. Here, we propose a standardized archaeal taxonomy that is derived from a 122-concatenated-protein phylogeny that resolves polyphyletic groups and normalizes ranks based on relative evolutionary divergence. The resulting archaeal taxonomy, which forms part of the Genome Taxonomy Database, is stable for a range of phylogenetic variables including marker gene selection, inference methods, corrections for rate heterogeneity and compositional bias, tree rooting scenarios and expansion of the genome database. Rank normalization is shown to robustly correct for substitution rates varying up to 30-fold using simulated datasets. Taxonomic curation follows the rules of the International Code of Nomenclature of Prokaryotes while taking into account proposals to formally recognize the rank of phylum and to use genome sequences as type material. This taxonomy is based on 2,392 archaeal genomes, 93.3% of which required one or more changes to their existing taxonomy, mainly owing to incomplete classification. We identify 16 archaeal phyla and reclassify 3 major monophyletic units from the former Euryarchaeota and one phylum that unites the Thaumarchaeota–Aigarchaeota–Crenarchaeota–Korarchaeota (TACK) superphylum into a single phylum.

来自培养和未培养微生物的基因组数据的累积为开发基于进化关系的系统分类学提供了新的机会。此前，我们通过基因组分类数据库建立了细菌分类学。在这里，我们提出了一种标准化的古细菌分类法，该分类法源自 122 种串联的蛋白质系统发育，该系统发育解析了多系群并根据相对进化差异对等级进行了标准化。由此产生的古细菌分类法构成基因组分类数据库的一部分，对于一系列系统发育变量是稳定的，包括标记基因选择、推理方法、速率异质性和成分偏差的校正、树生根方案和基因组数据库的扩展。使用模拟数据集，秩归一化显示出对变化高达 30 倍的替代率进行稳健校正。分类管理遵循国际原核生物命名法典的规则，同时考虑到正式承认门的等级和使用基因组序列作为模式材料的建议。该分类法基于 2,392 个古细菌基因组，其中 93.3% 需要对其现有分类法进行一项或多项更改，这主要是由于分类不完整。我们确定了 16 个古细菌门，并将来自前广古菌门的 3 个主要单系单位和一个将 Thaumarchaeota-Aigarchaeota-Crenarchaeota-Korarchaeota (TACK) 超门联合成一个门的门重新分类。分类管理遵循国际原核生物命名法典的规则，同时考虑到正式承认门的等级和使用基因组序列作为模式材料的建议。该分类法基于 2,392 个古细菌基因组，其中 93.3% 需要对其现有分类法进行一项或多项更改，这主要是由于分类不完整。我们确定了 16 个古细菌门，并将来自前广古菌门的 3 个主要单系单位和一个将 Thaumarchaeota-Aigarchaeota-Crenarchaeota-Korarchaeota (TACK) 超门联合成一个门的门重新分类。分类管理遵循国际原核生物命名法典的规则，同时考虑到正式承认门的等级和使用基因组序列作为模式材料的建议。该分类法基于 2,392 个古细菌基因组，其中 93.3% 需要对其现有分类法进行一项或多项更改，这主要是由于分类不完整。我们确定了 16 个古细菌门，并将来自前广古菌门的 3 个主要单系单位和一个将 Thaumarchaeota-Aigarchaeota-Crenarchaeota-Korarchaeota (TACK) 超门联合成一个门的门重新分类。主要是分类不完整。我们确定了 16 个古细菌门，并将来自前广古菌门的 3 个主要单系单位和一个将 Thaumarchaeota-Aigarchaeota-Crenarchaeota-Korarchaeota (TACK) 超门联合成一个门的门重新分类。主要是分类不完整。我们确定了 16 个古细菌门，并将来自前广古菌门的 3 个主要单系单位和一个将 Thaumarchaeota-Aigarchaeota-Crenarchaeota-Korarchaeota (TACK) 超门联合成一个门的门重新分类。