Current data is scarce regarding the function of noncoding RNAs (ncRNAs) such as microRNAs (miRNAs) and long noncoding RNAs (lncRNAs) in the interferon- (IFN-) mediated immune response. This is a comprehensive study that analyzes the lncRNA and miRNA expression profiles of the type I IFN and type II IFN in porcine alveolar macrophages using RNA sequencing. There was a total of 152 overexpressed differentially expressed (DE) lncRNAs and 21 DE miRNAs across type I IFN and type II IFN in porcine alveolar macrophages. Subsequent lncRNA-miRNA-mRNA network construction revealed the involvement of 36 DE lncRNAs and 12 DE miRNAs. LncRNAs such as the XLOC_211306, XLOC_100516, XLOC_00695, XLOC_149196, and XLOC_014459 were expressed at a higher degree in the type I IFN group, while XLOC_222640, XLOC_047290, XLOC_147777, XLOC_162298, XLOC_220210, and XLOC_165237 were expressed at a higher degree in the type II IFN group. These lncRNAs were found to act as “sponges” for miRNAs such as miR-34a, miR-328, miR-885-3p, miR-149, miR-30c-3p, miR-30b-5p, miR-708-5p, miR-193a-5p, miR-365-5p, and miR-7. Their target genes FADS2, RPS6KA1, PIM1, and NOD1 were found to be associated with several immune-related signaling pathways including the NOD-like receptor, Jak-STAT, mTOR, and PPAR signaling pathways. These experiments provide a comprehensive profile of overexpressed noncoding RNAs in porcine alveolar macrophages, providing new insights regarding the IFN-mediated immune response.

中文翻译：

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猪肺泡巨噬细胞中 I 型 IFN 和 II 型 IFN 过度表达的 lncRNA、miRNA 和 mRNA 表达谱分析

目前关于非编码 RNA (ncRNA) 的功能的数据很少，例如 microRNA (miRNA) 和长链非编码 RNA (lncRNA) 在干扰素 (IFN-) 介导的免疫反应中的功能。这是一项综合性研究，使用 RNA 测序分析了猪肺泡巨噬细胞中 I 型 IFN 和 II 型 IFN 的 lncRNA 和 miRNA 表达谱。在猪肺泡巨噬细胞中，I 型 IFN 和 II 型 IFN 共有 152 个过表达的差异表达 (DE) lncRNA 和 21 个 DE miRNA。随后的lncRNA-miRNA-mRNA网络构建揭示了36个DE lncRNA和12个DE miRNA的参与。XLOC_211306、XLOC_100516、XLOC_00695、XLOC_149196和XLOC_014459等lncRNA在I型干扰素组中的表达程度较高，而XLOC_222640、XLOC_047772XL0C2XL0C72XL0C2XL0C2XL0C2XL0C2XL0C2XL0C2XL0C2XL0C2XL0C2XLOC_04772XL090 和XLOC_165237在II型干扰素组中表达程度较高。发现这些 lncRNA 充当 miRNA 的“海绵”，例如 miR-34a、miR-328、miR-885-3p、miR-149、miR-30c-3p、miR-30b-5p、miR-708-5p、 miR-193a-5p、miR-365-5p 和 miR-7。他们的靶基因 FADS2、RPS6KA1、PIM1 和 NOD1 被发现与几种免疫相关的信号通路相关，包括 NOD 样受体、Jak-STAT、mTOR 和 PPAR 信号通路。这些实验提供了猪肺泡巨噬细胞中过度表达的非编码 RNA 的综合概况，提供了关于 IFN 介导的免疫反应的新见解。miR-365-5p 和 miR-7。他们的靶基因 FADS2、RPS6KA1、PIM1 和 NOD1 被发现与几种免疫相关的信号通路相关，包括 NOD 样受体、Jak-STAT、mTOR 和 PPAR 信号通路。这些实验提供了猪肺泡巨噬细胞中过度表达的非编码 RNA 的综合概况，提供了关于 IFN 介导的免疫反应的新见解。miR-365-5p 和 miR-7。他们的靶基因 FADS2、RPS6KA1、PIM1 和 NOD1 被发现与几种免疫相关的信号通路相关，包括 NOD 样受体、Jak-STAT、mTOR 和 PPAR 信号通路。这些实验提供了猪肺泡巨噬细胞中过度表达的非编码 RNA 的综合概况，提供了关于 IFN 介导的免疫反应的新见解。