Finding relevant information from newly published scientific papers is becoming increasingly difficult due to the pace at which articles are published every year as well as the increasing amount of information per paper. Biocuration and model organism databases provide a map for researchers to navigate through the complex structure of the biomedical literature by distilling knowledge into curated and standardized information. In addition, scientific search engines such as PubMed and text-mining tools such as Textpresso allow researchers to easily search for specific biological aspects from newly published papers, facilitating knowledge transfer. However, digesting the information returned by these systems—often a large number of documents—still requires considerable effort. In this paper, we present Wormicloud, a new tool that summarizes scientific articles in a graphical way through word clouds. This tool is aimed at facilitating the discovery of new experimental results not yet curated by model organism databases and is designed for both researchers and biocurators. Wormicloud is customized for the Caenorhabditis elegans literature and provides several advantages over existing solutions, including being able to perform full-text searches through Textpresso, which provides more accurate results than other existing literature search engines. Wormicloud is integrated through direct links from gene interaction pages in WormBase. Additionally, it allows analysis on the gene sets obtained from literature searches with other WormBase tools such as SimpleMine and Gene Set Enrichment. Database URL: https://wormicloud.textpressolab.com

中文翻译：

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Wormicloud：一种基于词云的新型文本摘要工具，用于探索秀丽隐杆线虫文献

由于每年发表文章的速度以及每篇论文的信息量不断增加，从新发表的科学论文中寻找相关信息变得越来越困难。Biocuration 和模式生物数据库为研究人员提供了一张地图，通过将知识提炼成经过整理和标准化的信息来浏览生物医学文献的复杂结构。此外，PubMed 等科学搜索引擎和 Textpresso 等文本挖掘工具使研究人员能够轻松地从新发表的论文中搜索特定的生物学方面，从而促进知识转移。然而，消化这些系统返回的信息——通常是大量的文档——仍然需要相当大的努力。在本文中，我们介绍了 Wormicloud，一种通过词云以图形方式总结科学文章的新工具。该工具旨在促进发现尚未由模型生物数据库策划的新实验结果，专为研究人员和生物策展人设计。Wormicloud 是为秀丽隐杆线虫文献定制的，与现有解决方案相比具有多项优势，包括能够通过 Textpresso 执行全文搜索，这提供了比其他现有文献搜索引擎更准确的结果。Wormicloud 通过 WormBase 中基因交互页面的直接链接集成。此外，它还允许使用其他 WormBase 工具（例如 SimpleMine 和 Gene Set Enrichment）对从文献搜索中获得的基因集进行分析。数据库网址：https://wormicloud.textpressolab.com 该工具旨在促进发现尚未由模型生物数据库策划的新实验结果，专为研究人员和生物策展人设计。Wormicloud 是为秀丽隐杆线虫文献定制的，与现有解决方案相比具有多项优势，包括能够通过 Textpresso 执行全文搜索，这提供了比其他现有文献搜索引擎更准确的结果。Wormicloud 通过 WormBase 中基因交互页面的直接链接集成。此外，它还允许使用其他 WormBase 工具（例如 SimpleMine 和 Gene Set Enrichment）对从文献搜索中获得的基因集进行分析。数据库网址：https://wormicloud.textpressolab.com 该工具旨在促进发现尚未由模型生物数据库策划的新实验结果，专为研究人员和生物策展人设计。Wormicloud 是为秀丽隐杆线虫文献定制的，与现有解决方案相比具有多项优势，包括能够通过 Textpresso 执行全文搜索，这提供了比其他现有文献搜索引擎更准确的结果。Wormicloud 通过 WormBase 中基因交互页面的直接链接集成。此外，它还允许使用其他 WormBase 工具（例如 SimpleMine 和 Gene Set Enrichment）对从文献搜索中获得的基因集进行分析。数据库网址：https://wormicloud.textpressolab.com 包括能够通过 Textpresso 执行全文搜索，这提供了比其他现有文献搜索引擎更准确的结果。Wormicloud 通过 WormBase 中基因交互页面的直接链接集成。此外，它还允许使用其他 WormBase 工具（例如 SimpleMine 和 Gene Set Enrichment）对从文献搜索中获得的基因集进行分析。数据库网址：https://wormicloud.textpressolab.com 包括能够通过 Textpresso 执行全文搜索，这提供了比其他现有文献搜索引擎更准确的结果。Wormicloud 通过 WormBase 中基因交互页面的直接链接集成。此外，它还允许使用其他 WormBase 工具（例如 SimpleMine 和 Gene Set Enrichment）对从文献搜索中获得的基因集进行分析。数据库网址：https://wormicloud.textpressolab.com