Cancer-associated stroma (CAS) profoundly influences progression of tumors including mammary carcinoma (mCA). Canine simple mCA represent relevant models of human mCA, notably also with respect to CAS. While transcriptomic changes in CAS of mCA are well described, it remains unclear to what extent these translate to the protein level. Therefore, we sought to gain insight into the proteomic changes in CAS and compare them with transcriptomic changes in the same tissue. To this end, we analyzed CAS and matched normal stroma using laser-capture microdissection (LCM) and LC-MS/MS in a cohort of 14 formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) canine mCAs that we had previously characterized using LCM-RNAseq. Our results reveal clear differences in protein abundance between CAS and normal stroma, which are characterized by changes in the extracellular matrix, the cytoskeleton, and cytokines such as TNF. The proteomics- and RNAseq-based analyses of LCM-FFPE show a substantial degree of correlation, especially for the most deregulated targets and a comparable activation of pathways. Finally, we validate transcriptomic upregulation of LTBP2, IGFBP2, COL6A5, POSTN, FN1, COL4A1, COL12A1, PLOD2, COL4A2, and IGFBP7 in CAS on the protein level and demonstrate their adverse prognostic value for human breast cancer. Given the relevance of canine mCA as a model for the human disease, our analysis substantiates these targets as disease-promoting stromal components with implications for breast cancer in both species.

癌症相关基质 (CAS) 深刻影响包括乳腺癌 (mCA) 在内的肿瘤的进展。犬简单 mCA 代表人类 mCA 的相关模型，尤其是在 CAS 方面。虽然 mCA 的 CAS 转录组变化得到了很好的描述，但仍不清楚这些变化在多大程度上转化为蛋白质水平。因此，我们试图深入了解 CAS 中的蛋白质组变化，并将它们与同一组织中的转录组变化进行比较。为此，我们使用激光捕获显微切割 (LCM) 和 LC-MS/MS 在我们之前使用 LCM-RNAseq 表征的 14 个福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 犬 mCA 队列中分析了 CAS 和匹配的正常基质。我们的结果揭示了 CAS 和正常基质之间蛋白质丰度的明显差异，其特征在于细胞外基质的变化，细胞骨架和细胞因子，如 TNF。LCM-FFPE 的基于蛋白质组学和 RNAseq 的分析显示出很大程度的相关性，尤其是对于最解除管制的目标和类似的通路激活。最后，我们在蛋白质水平上验证了 CAS 中 LTBP2、IGFBP2、COL6A5、POSTN、FN1、COL4A1、COL12A1、PLOD2、COL4A2 和 IGFBP7 的转录组上调，并证明了它们对人类乳腺癌的不良预后价值。鉴于犬 mCA 作为人类疾病模型的相关性，我们的分析证实这些目标是促进疾病的基质成分，对两个物种的乳腺癌都有影响。特别是对于最放松的目标和类似的途径激活。最后，我们在蛋白质水平上验证了 CAS 中 LTBP2、IGFBP2、COL6A5、POSTN、FN1、COL4A1、COL12A1、PLOD2、COL4A2 和 IGFBP7 的转录组上调，并证明了它们对人类乳腺癌的不良预后价值。鉴于犬 mCA 作为人类疾病模型的相关性，我们的分析证实这些目标是促进疾病的基质成分，对两个物种的乳腺癌都有影响。特别是对于最放松的目标和类似的途径激活。最后，我们在蛋白质水平上验证了 CAS 中 LTBP2、IGFBP2、COL6A5、POSTN、FN1、COL4A1、COL12A1、PLOD2、COL4A2 和 IGFBP7 的转录组上调，并证明了它们对人类乳腺癌的不良预后价值。鉴于犬 mCA 作为人类疾病模型的相关性，我们的分析证实这些目标是促进疾病的基质成分，对两个物种的乳腺癌都有影响。