Citrus plant species are among the most important and consumed fruit plants throughout the world. In general, genetic diversity investigations in all Citrus species and varieties are in hand in order to add to the knowledge of these important plant species. The sweet orange cultivars (Citrus sinensis), are among the most wanted among Citrus species. Various genetic diversity investigations by using different molecular markers have been performed in different regions of the world. We investigated 23 cultivars of sweet oranges available in Iran and two out-group cultivars produced by crossing Lemon and Kumquat. We used Start Codon Targeted (SCoT) molecular markers for genetic study. The studied cultivars produce 64 SCoT loci or bands. In total each cultivar studied contained 8–29 SCoT bands and six cultivars had 1–2 private/specific bands due to their peculiar genetic structure. Genetic diversity parameters were determined in these cultivars and revealed that the genetic polymorphism varied from 6.15% into 44% in the Studied sweet orange trees. We identified many loci with high discrimination power (> 0.80) in SCoT marker. Analysis of molecular variance (AMOVA) revealed significant genetic difference among these cultivars, and pair-wise AMOVA identified those sweet oranges which differed genetically from each other. Unweighted pair group method with arithmetic mean dendrogram of the studied samples separated most of the cultivars and their replicates in distinct clusters. STRUCTURE analysis revealed genetic structure of sweet oranges, showing their genetic similarities versus genetic uniqueness. We could differentiate some of Thompson cultivars, coming with different origins or locality. It held true for red blood and Jaffa oranges too. We identified few potential hybrids in the country. These findings will be used in future sweet orange conservation and breeding.

柑橘植物是世界上最重要和最消耗的水果植物之一。总的来说，所有柑橘类和品种的遗传多样性调查都在进行中，以增加对这些重要植物种类的了解。甜橙品种（柑桔）是柑桔中最想要的品种之一物种。在世界不同地区，已经通过使用不同的分子标记进行了各种遗传多样性调查。我们调查了伊朗提供的23个甜橙品种，以及通过将柠檬和金橘杂交而产生的两个外群品种。我们使用起始密码子靶向（SCoT）分子标记进行遗传研究。研究的品种产生64个SCoT基因座或条带。总共研究的每个品种包含8–29个SCoT带，六个品种由于其独特的遗传结构而具有1-2个私有/特定带。确定了这些品种的遗传多样性参数，并揭示了研究的甜橙树中的遗传多态性从6.15％到44％不等。我们在SCoT标记物中鉴定出许多具有高判别力（> 0.80）的基因座。分子变异分析（AMOVA）显示了这些品种之间的显着遗传差异，成对的AMOVA鉴定出了遗传上互不相同的那些甜橙。研究样本的算术平均树状图的非加权对分组法将大多数品种分离，并将其复制在不同的簇中。结构分析揭示了甜橙的遗传结构，显示了它们的遗传相似性与遗传独特性。我们可以区分一些汤普森（Thompson）品种，它们来自不同的起源或地区。它也适用于红色血液和贾法橙子。我们发现该国几乎没有潜在的杂种。这些发现将用于将来的甜橙保护和育种。AMOVA和成对AMOVA识别出了遗传上互不相同的那些甜橙。研究样本的算术平均树状图的非加权对群法将大多数品种分离，并将其复制在不同的簇中。结构分析揭示了甜橙的遗传结构，显示了它们的遗传相似性与遗传独特性。我们可以区分一些汤普森（Thompson）品种，它们来自不同的起源或地区。它也适用于红色血液和贾法橙子。我们发现该国几乎没有潜在的杂种。这些发现将用于将来的甜橙保护和育种。AMOVA和成对AMOVA识别出了遗传上互不相同的那些甜橙。研究样本的算术平均树状图的非加权对群法将大多数品种分离，并将其复制在不同的簇中。结构分析揭示了甜橙的遗传结构，显示了它们的遗传相似性与遗传独特性。我们可以区分一些汤普森（Thompson）品种，它们来自不同的起源或地区。它也适用于红色血液和贾法橙子。我们发现该国几乎没有潜在的杂种。这些发现将用于将来的甜橙保护和育种。结构分析揭示了甜橙的遗传结构，显示了它们的遗传相似性与遗传独特性。我们可以区分一些汤普森（Thompson）品种，它们来自不同的起源或地区。它也适用于红色血液和贾法橙子。我们发现该国几乎没有潜在的杂种。这些发现将用于将来的甜橙保护和育种。结构分析揭示了甜橙的遗传结构，显示了它们的遗传相似性与遗传独特性。我们可以区分一些汤普森（Thompson）品种，它们来自不同的起源或地区。它也适用于红色血液和贾法橙子。我们发现该国几乎没有潜在的杂种。这些发现将用于将来的甜橙保护和育种。