A biomarker is a measurable indicator of a disease or abnormal state of a body that plays an important role in disease diagnosis, prognosis and treatment. The biomarker has become a significant topic due to its versatile usage in the medical field and in rapid detection of the presence or severity of some diseases. The volume of biomarker data is rapidly increasing and the identified data are scattered. To provide comprehensive information, the explosively growing data need to be recorded in a single platform. There is no open-source freely available comprehensive online biomarker database. To fulfill this purpose, we have developed a human biomarker database as part of the KNApSAcK family databases which contain a vast quantity of information on the relationships between biomarkers and diseases. We have classified the diseases into 18 disease classes, mostly according to the National Center for Biotechnology Information definitions. Apart from this database development, we also have performed disease classification by separately using protein and metabolite biomarkers based on the network clustering algorithm DPClusO and hierarchical clustering. Finally, we reached a conclusion about the relationships among the disease classes. The human biomarker database can be accessed online and the inter-disease relationships may be helpful in understanding the molecular mechanisms of diseases. To our knowledge, this is one of the first approaches to classify diseases based on biomarkers. Database URL: http://www.knapsackfamily.com/Biomarker/top.php

中文翻译：

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开发用于执行疾病分类和发现疾病相互关系的生物标志物数据库

生物标志物是疾病或身体异常状态的可测量指标，在疾病诊断、预后和治疗中起重要作用。由于生物标志物在医学领域的广泛用途和快速检测某些疾病的存在或严重程度，生物标志物已成为一个重要的话题。生物标志物数据量迅速增加，识别数据分散。为了提供全面的信息，爆炸式增长的数据需要记录在单一平台中。没有开源免费提供的综合在线生物标志物数据库。为了实现这一目的，我们开发了一个人类生物标志物数据库，作为 KNApSAcK 家族数据库的一部分，其中包含有关生物标志物与疾病之间关系的大量信息。我们将这些疾病分为 18 个疾病类别，主要是根据国家生物技术信息中心的定义。除了这个数据库开发之外，我们还根据网络聚类算法 DPClusO 和层次聚类分别使用蛋白质和代谢物生物标志物进行疾病分类。最后，我们得出了关于疾病类别之间关系的结论。人类生物标志物数据库可以在线访问，疾病间的关系可能有助于了解疾病的分子机制。据我们所知，这是基于生物标志物对疾病进行分类的首批方法之一。数据库网址：http://www.knapsackfamily.com/Biomarker/top.php 除了这个数据库开发之外，我们还根据网络聚类算法 DPClusO 和层次聚类分别使用蛋白质和代谢物生物标志物进行疾病分类。最后，我们得出了关于疾病类别之间关系的结论。人类生物标志物数据库可以在线访问，疾病间的关系可能有助于了解疾病的分子机制。据我们所知，这是基于生物标志物对疾病进行分类的首批方法之一。数据库网址：http://www.knapsackfamily.com/Biomarker/top.php 除了这个数据库开发之外，我们还根据网络聚类算法 DPClusO 和层次聚类分别使用蛋白质和代谢物生物标志物进行疾病分类。最后，我们得出了关于疾病类别之间关系的结论。人类生物标志物数据库可以在线访问，疾病间的关系可能有助于了解疾病的分子机制。据我们所知，这是基于生物标志物对疾病进行分类的首批方法之一。数据库网址：http://www.knapsackfamily.com/Biomarker/top.php 我们得出了关于疾病类别之间关系的结论。人类生物标志物数据库可以在线访问，疾病间的关系可能有助于了解疾病的分子机制。据我们所知，这是基于生物标志物对疾病进行分类的首批方法之一。数据库网址：http://www.knapsackfamily.com/Biomarker/top.php 我们得出了关于疾病类别之间关系的结论。人类生物标志物数据库可以在线访问，疾病间的关系可能有助于了解疾病的分子机制。据我们所知，这是基于生物标志物对疾病进行分类的首批方法之一。数据库网址：http://www.knapsackfamily.com/Biomarker/top.php