The analysis of a pol gene fragment encoding protease and part of reverse transcriptase was carried out for 55 sera collected in 2016 and 2018 from HIV-1-infected patients diagnosed in 2014–2018 living in the south of Western Siberia, Russia: Altai Territory (n = 11), Republic of Altai (n = 15), Kemerovo region (n = 18), and Novosibirsk region (n = 11). CRF63_02A was the dominant genetic form (>70%) in the Altai Territory and Kemerovo and Novosibirsk regions, with subsubtype A6 comprising <30% of samples. In the Altai Republic, subsubtype A6 was predominant (53%), with 33% of viruses belonging to CRF63_02A. Four CRF63_02A/A6 unique recombinant forms were identified in the Altai Territory, Kemerovo Region, and the Altai Republic. A majority (11 of 15) of CRF63_02A viruses from Kemerovo were grouped in a cluster. Antiretroviral (ARV) drug resistance mutations were found in 6 (14%) of 43 drug-naive patients. This study provides new insights in HIV-1 molecular epidemiology and prevalence of transmitted ARV drug resistance mutations in Southwestern Siberia.

中文翻译：

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西伯利亚西南部 HIV-1 分离株逆转录酶和蛋白酶基因的遗传多样性和耐药性突变

对2016 年和 2018 年从居住在俄罗斯西西伯利亚南部：阿尔泰边疆区的 2014-2018 年诊断出的 HIV-1 感染患者收集的 55 份血清进行了pol基因片段编码蛋白酶和部分逆转录酶的分析。n  = 11)、阿尔泰共和国 ( n  = 15)、克麦罗沃地区 ( n  = 18) 和新西伯利亚地区 ( n = 11）。CRF63_02A 是阿尔泰边疆区、克麦罗沃和新西伯利亚地区的主要遗传形式（> 70%），亚型 A6 占样本的 <30%。在阿尔泰共和国，亚型 A6 占主导地位（53%），其中 33% 的病毒属于 CRF63_02A。在阿尔泰边疆区、克麦罗沃地区和阿尔泰共和国发现了四种 CRF63_02A/A6 独特的重组形式。大多数（15 个中的 11 个）来自克麦罗沃的 CRF63_02A 病毒被分组在一个簇中。在 43 名未接受药物治疗的患者中，有 6 名 (14%) 发现抗逆转录病毒 (ARV) 耐药突变。这项研究为西伯利亚西南部 HIV-1 分子流行病学和传播的 ARV 耐药突变的流行提供了新的见解。