已知转录一个基因的多种RNA聚合酶（RNAP）表现出集体的群体行为，导致转录伸长率随转录起始速率的增加而增加。长期以来，人们一直认为这种行为是由间隔紧密的RNAP之间的物理相互作用或“推动”驱动的。但是，最近的研究表明，距离较远的RNAP可能通过转录下的DNA片段协同作用。在这里，我们提出了一个理论模型，其中包含了RNAP易位与超螺旋DNA扭转响应之间的机械耦合。使用随机模拟，我们证明了DNA超螺旋介导的共转录RNAP之间的远程合作。我们发现抑制转录启动可以减慢已经募集的RNAP，与最近的实验观察结果一致，并预测平均转录伸长率随转录起始速率非单调变化。我们进一步表明，虽然转录串联定向的相邻基因的RNAP可以协同作用，但转录方向不同或趋同的那些转录基因可以起拮抗作用，并且这种行为在大范围的基因间分离中保持。我们的模型做出了可检验的预测，揭示了RNAP和转录的DNA之间的机械相互作用如何控制关键的细胞过程。那些以不同或会聚方向转录的基因可以起拮抗作用，并且这种行为在大范围的基因间分离中起作用。我们的模型做出了可检验的预测，揭示了RNAP和转录的DNA之间的机械相互作用如何控制关键的细胞过程。那些以不同或会聚方向转录的基因可以起拮抗作用，并且这种行为在大范围的基因间分离中起作用。我们的模型做出了可检验的预测，揭示了RNAP和转录的DNA之间的机械相互作用如何控制关键的细胞过程。



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