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集成多组学方法对肝细胞癌患者的肿瘤复发风险人群进行分层
bioRxiv - Bioinformatics Pub Date : 2021-03-05 , DOI: 10.1101/2021.03.03.433841
Harpreet Kaur , Anjali Lathwal , Gajendra P.S. Raghava

术后肿瘤复发是与HCC患者预后差有关的主要问题之一。由于这种恶性肿瘤的复杂性,尚未阐明用于HCC复发风险的标准监测系统。从患者生成多组学数据有助于识别各种疾病的可靠特征。因此,当前的研究是尝试使用多组学数据来开发预后模型,以显着(p值<0.05)对复发高风险(中位无复发生存时间(RFS)= <12个月)和低复发率进行分层。风险组(中位RFS> 12个月)。首先,我们确定了关键的90RNA,50miRNA和50甲基化特征并建立了预后模型。在训练和验证数据集上获得合理的表现(C指数> 0.70,HR> 2.5)。随后,我们通过整合生物学上相互联系的四个多组学功能(SUZ12,hsa-mir-3936,cg18465072和cg22852503),开发了一种预后(PI)模型。该模型在训练和验证数据集上取得了合理的性能,即C指数0.72,HR为2.37(1.61-3.50),p值为6.72E-06,训练数据集上的Brier得分为0.19和C-Index 0.72(95% CI:0.63-0.80),HR为2.37(95%CI:1.61-3.50),p值为0.015,在验证数据集上的Brier得分为0.19。最终,对Drugbank数据进行了研究,以阐明这些特征的治疗潜力。我们已经确定了针对三种基因(CA9,IL1A,KCNJ15)的九种潜在药物,这些基因与肿瘤复发呈正相关。



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更新日期:2021-03-05
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