异域分化是宏观生物物种形成的主要机制之一。相比之下，微生物被认为更自由地分散，并且较少受到分散障碍的限制。然而，仅限于地热泉的嗜热原核生物已显示出明显的地理隔离信号，但对于栖息地要求不那么严格的微生物，对此主题的有力研究却很少。此外，直到最近才认识到同种个体之间的同源重组在广泛的原核生物中提供了物种一致性。因此，重组障碍可以定义原核物种的边界，然而，种群之间的地理距离在多大程度上产生了这种障碍是一个悬而未决的问题。这里，我们研究了广泛存在的中上层淡水细菌多核杆菌（Polynucleobacter paneuropaeus）中的基因流和种群结构。通过从位于南北 3000 多公里范围内的淡水湖泊和池塘中分离出的 113 个同种菌株的比较基因组学，我们能够重建过去的基因流动事件。基因转移的显着迹象和广泛的基因组嵌合表明该物种具有高度的重组能力。尽管基因组差异在区域尺度（<170 公里）上随着空间距离的增加而增加，但在高达 3,400 公里的较大尺度上，这种相关性大多不存在。我们得出结论，欧洲 P. paneuropaeus 的异域分歧很小，



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