To facilitate biomedical studies of disease mechanisms, a high-quality interactome that connects functionally related genes is needed to help investigators formulate pathway hypotheses and to interpret the biological logic of a phenotype at the biological process level. Interactions in the updated version of the human interactome resource (HIR V2) were inferred from 36 mathematical characterizations of six types of data that suggest functional associations between genes. This update of the HIR consists of 88 069 pairs of genes (23.2% functional interactions of HIR V2 are in common with the previous version of HIR), representing functional associations that are of strengths similar to those between well-studied protein interactions. Among these functional interactions, 57% may represent protein interactions, which are expected to cover 32% of the true human protein interactome. The gene set linkage analysis (GSLA) tool is developed based on the high-quality HIR V2 to identify the potential functional impacts of the observed transcriptomic changes, helping to elucidate their biological significance and complementing the currently widely used enrichment-based gene set interpretation tools. A case study shows that the annotations reported by the HIR V2/GSLA system are more comprehensive and concise compared to those obtained by the widely used gene set annotation tools such as PANTHER and DAVID. The HIR V2 and GSLA are available at http://human.biomedtzc.cn.

中文翻译：

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HIR V2：通过基因组连锁分析对差异表达基因进行生物学解释的人类相互作用组资源

为了促进疾病机制的生物医学研究，需要连接功能相关基因的高质量相互作用组，以帮助研究人员制定通路假设并在生物过程水平上解释表型的生物学逻辑。人类相互作用组资源 (HIR V2) 更新版本中的相互作用是从 6 种类型的数据的 36 种数学特征推断出来的，这些数据表明基因之间的功能关联。本次 HIR 更新由 88 069 对基因组成（HIR V2 的 23.2% 功能相互作用与先前版本的 HIR 相同），表示功能关联的强度与经过充分研究的蛋白质相互作用之间的强度相似。在这些功能相互作用中，57% 可能代表蛋白质相互作用，预计将覆盖真正的人类蛋白质相互作用组的 32%。基因集连锁分析（GSLA）工具是基于高质量的 HIR V2 开发的，用于识别观察到的转录组变化的潜在功能影响，有助于阐明其生物学意义并补充目前广泛使用的基于富集的基因集解释工具. 一个案例研究表明，HIR V2/GSLA 系统报告的注释与 PANTHER 和 DAVID 等广泛使用的基因集注释工具获得的注释相比更加全面和简洁。HIR V2 和 GSLA 可在 http://human.biomedtzc.cn 获得。基因集连锁分析（GSLA）工具是基于高质量的 HIR V2 开发的，用于识别观察到的转录组变化的潜在功能影响，有助于阐明其生物学意义并补充目前广泛使用的基于富集的基因集解释工具. 一个案例研究表明，HIR V2/GSLA 系统报告的注释与 PANTHER 和 DAVID 等广泛使用的基因集注释工具获得的注释相比更加全面和简洁。HIR V2 和 GSLA 可在 http://human.biomedtzc.cn 获得。基因集连锁分析（GSLA）工具是基于高质量的 HIR V2 开发的，用于识别观察到的转录组变化的潜在功能影响，有助于阐明其生物学意义并补充目前广泛使用的基于富集的基因集解释工具. 一个案例研究表明，HIR V2/GSLA 系统报告的注释与 PANTHER 和 DAVID 等广泛使用的基因集注释工具获得的注释相比更加全面和简洁。HIR V2 和 GSLA 可在 http://human.biomedtzc.cn 获得。一个案例研究表明，HIR V2/GSLA 系统报告的注释与 PANTHER 和 DAVID 等广泛使用的基因集注释工具获得的注释相比更加全面和简洁。HIR V2 和 GSLA 可在 http://human.biomedtzc.cn 获得。一个案例研究表明，HIR V2/GSLA 系统报告的注释与 PANTHER 和 DAVID 等广泛使用的基因集注释工具获得的注释相比更加全面和简洁。HIR V2 和 GSLA 可在 http://human.biomedtzc.cn 获得。