Shewanella xiamenensis has been reported in water environment and in patients and can act as the originator of oxacillinase in gram-negative bacteria. In order to assess genome plasticity and its functional properties related diarrhea symptoms in pilgrim, comparisons of draft genome sequences of the two isolates were conducted with other closely related genomes. We isolated S. xiamenensis 111B and 111D strains from a pilgrim before travels to the Hajj and during travels with diarrhea symptom, respectively. Whole-genome sequencing showed that draft genome size of 111B strain was 5,008,191 bp, containing 49 kb of a putative plasmid. The genome size of 111D was 4,964,295 bp containing 225 kb of a putative plasmid that shared the backbone sequences with the hospital wastewater strain T17. Comparatively, two Hajj strains are identical at 97.3% identity and 98.7% coverage. They are closely related to river water strain, AS58 by SNPs analysis. Notably, a novel blaOXA-48 allele blaOXA-547 was identified in 111D, sharing 99.5% identity with blaOXA-546 and blaOXA-894. Multiple copies of virulence specific genes, such as capsular polysaccharide biosynthesis, O-antigen and lasB (vibriolysin related gene) have been identified specifically in 111D, but absent in 111B strain. The whole genome sequences of S. xiamenensis strain 111B and 111D, including comparative genomic analysis, highlight here the potential for virulence factors that might be related to the cause of diarrhea in humans and also indicate the possible acquisition of pathogenic bacteria, including antibiotic resistance genes or plasmids during the Hajj.

中文翻译：

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从朝圣者前往朝j之前从朝圣者身上分离出的两种希瓦氏菌的比较基因组学

厦门希瓦氏菌在水环境和患者中都有报道，它们可以作为革兰氏阴性细菌中的奥沙西林酶的起源。为了评估朝圣者的基因组可塑性及其功能特性相关的腹泻症状，将这两个分离株的基因组草图序列与其他紧密相关的基因组进行了比较。我们分别从朝圣者和有腹泻症状的旅行者中，从朝圣者中分离出厦门链球菌111B和111D菌株。全基因组测序显示111B菌株的基因组草图大小为5008191 bp，包含49 kb的推定质粒。111D的基因组大小为4,964,295 bp，包含225 kb的推定质粒，该质粒与医院废水菌株T17共享主链序列。比较而言，两个朝Ha菌株在97处相同。3％的身份和98.7％的覆盖率。通过SNPs分析，它们与河水应变AS58密切相关。值得注意的是，在111D中鉴定了一个新的blaOXA-48等位基因blaOXA-547，与blaOXA-546和blaOXA-894具有99.5％的同一性。已在111D中特异性鉴定了毒力特异性基因的多个副本，例如荚膜多糖生物合成，O抗原和lasB（弧菌溶血素相关基因），但在111B菌株中却没有。厦门沙门氏菌菌株111B和111D的全基因组序列，包括比较基因组分析，在这里突显了可能与人类腹泻原因相关的致病因子的潜力，也表明可能获得包括抗生素抗性基因在内的病原菌朝during期间的质粒或质粒。通过SNPs分析AS58。值得注意的是，在111D中鉴定了一个新的blaOXA-48等位基因blaOXA-547，与blaOXA-546和blaOXA-894具有99.5％的同一性。已在111D中特异性鉴定了毒力特异性基因的多个副本，例如荚膜多糖生物合成，O抗原和lasB（弧菌溶血素相关基因），但在111B菌株中却没有。厦门沙门氏菌菌株111B和111D的全基因组序列，包括比较基因组分析，在这里突出了可能与人类腹泻原因相关的致病因子的潜力，也表明可能获得包括抗生素抗性基因在内的病原菌朝during期间的质粒或质粒。通过SNPs分析AS58。值得注意的是，在111D中鉴定了一个新的blaOXA-48等位基因blaOXA-547，与blaOXA-546和blaOXA-894具有99.5％的同一性。已在111D中特异性鉴定了毒力特异性基因的多个副本，例如荚膜多糖生物合成，O抗原和lasB（弧菌溶血素相关基因），但在111B菌株中却没有。厦门沙门氏菌菌株111B和111D的全基因组序列，包括比较基因组分析，在这里突出了可能与人类腹泻原因相关的致病因子的潜力，也表明可能获得包括抗生素抗性基因在内的病原菌朝during期间的质粒或质粒。已在111D中特异性鉴定了毒力特异性基因的多个副本，例如荚膜多糖生物合成，O抗原和lasB（弧菌溶血素相关基因），但在111B菌株中却没有。厦门沙门氏菌菌株111B和111D的全基因组序列，包括比较基因组分析，在这里突出了可能与人类腹泻原因相关的致病因子的潜力，也表明可能获得包括抗生素抗性基因在内的病原菌朝during期间的质粒或质粒。已在111D中特异性鉴定了毒力特异性基因的多个副本，例如荚膜多糖生物合成，O抗原和lasB（弧菌溶血素相关基因），但在111B菌株中却没有。厦门沙门氏菌菌株111B和111D的全基因组序列，包括比较基因组分析，在这里突出了可能与人类腹泻原因相关的致病因子的潜力，也表明可能获得包括抗生素抗性基因在内的病原菌朝during期间的质粒或质粒。