The study of intraspecific genomic variation in eukaryotic species has been the focus of numerous genome resequencing projects in recent years. One emerging approach for the analysis of intraspecific diversity uses the concept of a pan‐genome, which theoretically represents the full set of genomic sequences and coding genes from all individuals of a given species. This approach has many advantages over reference‐based methods and has been successfully applied to study both prokaryotic and eukaryotic species. However, the process of pan‐genome construction still presents considerable scientific and technical challenges, especially for eukaryotic species with large and complex genomes. Although general approaches for the construction of pan‐genomes have been devised, currently available software tools implement only certain modules of the entire computational procedure. Therefore, each pan‐genome project requires the development of tailored analysis pipelines, thus complicating and prolonging the process and impairing research reproducibility and comparison across studies. Here, we present Panoramic, a software package for the automatic construction of eukaryotic pan‐genomes. Panoramic takes raw sequencing reads as input and applies two alternative approaches for pan‐genome construction. Panoramic makes pan‐genome construction a considerably easier task by providing simple user interface and efficient data processing algorithms. We demonstrate the use of Panoramic by constructing the pan‐genome of the model plant species Arabidopsis thaliana from sequencing data of 20 diverse ecotypes.

中文翻译：

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Panoramic：构建真核泛基因组的软件包

近年来，真核物种种内基因组变异的研究一直是众多基因组重测序项目的重点。一种用于分析种内多样性的新兴方法使用泛基因组的概念，它理论上代表了来自给定物种所有个体的全套基因组序列和编码基因。这种方法与基于参考的方法相比具有许多优势，并已成功应用于研究原核和真核物种。然而，泛基因组构建过程仍然存在相当大的科学和技术挑战，特别是对于具有庞大而复杂基因组的真核物种。尽管已经设计出了构建泛基因组的一般方法，当前可用的软件工具仅实现整个计算过程的某些模块。因此，每个泛基因组项目都需要开发量身定制的分析流程，从而使过程复杂化和延长，并损害研究的可重复性和跨研究的比较。在这里，我们展示了 Panoramic，一个用于自动构建真核泛基因组的软件包。Panoramic 将原始测序读数作为输入，并应用两种替代方法进行泛基因组构建。Panoramic 通过提供简单的用户界面和高效的数据处理算法，使泛基因组构建成为一项相当容易的任务。我们通过构建模式植物物种的泛基因组来展示 Panoramic 的使用 每个泛基因组项目都需要开发定制的分析管道，从而使过程复杂化和延长，并损害研究的可重复性和跨研究的比较。在这里，我们展示了 Panoramic，一个用于自动构建真核泛基因组的软件包。Panoramic 将原始测序读数作为输入，并应用两种替代方法进行泛基因组构建。Panoramic 通过提供简单的用户界面和高效的数据处理算法，使泛基因组构建成为一项相当容易的任务。我们通过构建模式植物物种的泛基因组来展示 Panoramic 的使用 每个泛基因组项目都需要开发量身定制的分析流程，从而使过程复杂化和延长，并损害研究的可重复性和跨研究的比较。在这里，我们展示了 Panoramic，一个用于自动构建真核泛基因组的软件包。Panoramic 将原始测序读数作为输入，并应用两种替代方法进行泛基因组构建。Panoramic 通过提供简单的用户界面和高效的数据处理算法，使泛基因组构建成为一项相当容易的任务。我们通过构建模式植物物种的泛基因组来展示 Panoramic 的使用 用于自动构建真核泛基因组的软件包。Panoramic 将原始测序读数作为输入，并应用两种替代方法进行泛基因组构建。Panoramic 通过提供简单的用户界面和高效的数据处理算法，使泛基因组构建成为一项相当容易的任务。我们通过构建模式植物物种的泛基因组来展示 Panoramic 的使用 用于自动构建真核泛基因组的软件包。Panoramic 将原始测序读数作为输入，并应用两种替代方法进行泛基因组构建。Panoramic 通过提供简单的用户界面和高效的数据处理算法，使泛基因组构建成为一项相当容易的任务。我们通过构建模式植物物种的泛基因组来展示 Panoramic 的使用拟南芥来自 20 种不同生态型的测序数据。