InterMetalDB is a free-of-charge database and browser of intermolecular metal binding sites that are present on the interfaces of macromolecules forming larger assemblies based on structural information deposited in Protein Data Bank (PDB). It can be found and freely used at https://intermetaldb.biotech.uni.wroc.pl/. InterMetalDB collects the interfacial binding sites with involvement of metal ions and clusters them on the basis of 50% sequence similarity and the nearest metal environment (5 Å radius). The data are available through the web interface where they can be queried, viewed, and downloaded. Complexity of the query depends on the user, because the questions in the query are connected with each other by a logical AND. InterMetalDB offers several useful options for filtering records including searching for structures by particular parameters such as structure resolution, structure description, and date of deposition. Records can be filtered by coordinated metal ion, number of bound amino acid residues, coordination sphere, and other features. InterMetalDB is regularly updated and will continue to be regularly updated with new content in the future. InterMetalDB is a useful tool for all researchers interested in metalloproteins, protein engineering, and metal-driven oligomerization.

中文翻译：

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InterMetalDB：具有结构信息的大分子中分子间金属结合位点的数据库和浏览器

InterMetalDB是免费的数据库和分子间金属结合位点的浏览器，分子间金属结合位点基于蛋白质数据库（PDB）中存储的结构信息，存在于形成较大装配体的大分子界面上。可以在https://intermetaldb.biotech.uni.wroc.pl/上找到并免费使用。InterMetalDB收集具有金属离子参与的界面结合位点，并基于50％的序列相似性和最近的金属环境（半径5Å）将它们聚类。数据可通过Web界面获得，在其中可以查询，查看和下载。查询的复杂度取决于用户，因为查询中的问题通过逻辑AND相互连接。InterMetalDB提供了一些有用的筛选记录的选项，包括通过特定参数（例如结构分辨率，结构描述和沉积日期）搜索结构。记录可以通过配位的金属离子，结合的氨基酸残基数，配位球和其他特征进行过滤。InterMetalDB会定期更新，并且将来会继续使用新内容定期进行更新。对于所有对金属蛋白，蛋白质工程和金属驱动的寡聚化感兴趣的研究人员，InterMetalDB是一个有用的工具。InterMetalDB会定期更新，并且将来会继续使用新内容定期进行更新。对于所有对金属蛋白，蛋白质工程和金属驱动的寡聚化感兴趣的研究人员，InterMetalDB是一个有用的工具。InterMetalDB会定期更新，并且将来会继续使用新内容定期进行更新。对于所有对金属蛋白，蛋白质工程和金属驱动的寡聚化感兴趣的研究人员，InterMetalDB是一个有用的工具。