BACKGROUND Human endogenous retrovirus (HERV) expression in multiple sclerosis (MS) brain lesions may contribute to chronic inflammation, but expression of genome-wide HERVs in different MS lesions is unknown. OBJECTIVE We examined the HERV expression landscape in different MS lesions compared to control brains. METHODS Transcripts from 71 MS brain samples and 25 control WM were obtained by next-generation RNA sequencing and mapped against HERV transcripts across the human genome. Differential expression of mapped HERV-W and HERV-H reads between MS lesion types and controls was analysed. RESULTS Out of 6.38 billion high-quality paired end reads, 174 million reads (2.73%) mapped to HERV transcripts. There was no difference in HERVs expression level between MS and control brains, but HERV-W transcripts were significantly reduced in chronic active lesions. Of the four HERV-W transcripts exclusively present in MS, ERV3633503 located on chromosome 7q21.13 close to the MS genetic risk locus had the highest number of reads. In the HERV-H family, 75% of transcripts located to nearby 7q21-22 were overrepresented in MS, and ERV3643914 was expressed more than 16 times in MS compared to control brains. CONCLUSION Novel HERV-W and HERV-H transcripts located at chromosome 7 regions were uniquely expressed in MS lesions, indicating their potential role in brain lesion evolution.

中文翻译：

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对 MS 脑损伤中全基因组人类内源性逆转录病毒转录本的无偏见检查

背景人类内源性逆转录病毒 (HERV) 在多发性硬化 (MS) 脑部病变中的表达可能导致慢性炎症，但不同 MS 病变中全基因组 HERV 的表达尚不清楚。目标我们检查了与对照大脑相比不同 MS 病变中的 HERV 表达情况。方法 71 个 MS 大脑样本和 25 个对照 WM 的转录本通过下一代 RNA 测序获得，并针对整个人类基因组的 HERV 转录本进行定位。分析了 MS 病变类型和对照之间映射的 HERV-W 和 HERV-H 读数的差异表达。结果 在 63.8 亿个高质量配对末端读数中，1.74 亿个读数 (2.73%) 映射到 HERV 转录本。MS 和对照大脑之间的 HERV 表达水平没有差异，但 HERV-W 转录本在慢性活动性病变中显着减少。在 MS 中专门存在的四种 HERV-W 转录本中，位于靠近 MS 遗传风险位点的染色体 7q21.13 上的 ERV3633503 具有最高的读取数。在 HERV-H 家族中，位于 7q21-22 附近的转录物中有 75% 在 MS 中过度表达，与对照大脑相比，ERV3643914 在 MS 中表达超过 16 倍。结论 位于 7 号染色体区域的新型 HERV-W 和 HERV-H 转录本在 MS 病变中独特表达，表明它们在脑病变演变中的潜在作用。位于 7q21-22 附近的转录本中有 75% 在 MS 中过度表达，与对照大脑相比，ERV3643914 在 MS 中表达超过 16 倍。结论 位于 7 号染色体区域的新型 HERV-W 和 HERV-H 转录本在 MS 病变中独特表达，表明它们在脑病变演变中的潜在作用。75% 位于附近 7q21-22 的转录本在 MS 中过度表达，与对照大脑相比，ERV3643914 在 MS 中表达超过 16 倍。结论 位于 7 号染色体区域的新型 HERV-W 和 HERV-H 转录本在 MS 病变中独特表达，表明它们在脑病变演变中的潜在作用。