Motivation: A key benefit of long-read nanopore sequencing technology is the ability to detect modified DNA bases, such as 5-methylcytosine. Tools for effective visualisation of data generated by this platform to assess changes in methylation profiles between samples from different experimental groups remains a challenge. Results: To make visualisation of methylation changes more straightforward, we developed the R/Bioconductor package NanoMethViz. Our software can handle methylation calls generated from a range of different methylation callers and manages large datasets using a compressed data format. To fully explore the methylation patterns in a dataset, NanoMethViz allows plotting of data at various resolutions. At the sample-level, we use multidimensional scaling to look at the relationships between methylation profiles in an unsupervised way. We visualise methylation profiles of classes of features such as genes or CpG islands by scaling them to relative positions and aggregating their profiles. At the finest resolution, we visualise methylation patterns across individual reads along the genome using the spaghetti plot, allowing users to explore particular genes or genomic regions of interest. In summary, our software makes the handling of methylation signal more convenient, expands upon the visualisation options for nanopore data and works seamlessly with existing methylation analysis tools available in the Bioconductor project. Our software is available at https://bioconductor.org/packages/NanoMethViz.

中文翻译：

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NanoMethViz：R /生物导体包装，用于可视化长时间读取的甲基化数据

动机：长读纳米孔测序技术的主要优势是能够检测修饰的DNA碱基，例如5-甲基胞嘧啶。有效地可视化此平台生成的数据以评估来自不同实验组的样品之间的甲基化曲线变化的工具仍然是一个挑战。结果：为了使甲基化变化的可视化更简单，我们开发了R / Bioconductor软件包NanoMethViz。我们的软件可以处理从各种不同的甲基化调用者生成的甲基化调用，并使用压缩数据格式管理大型数据集。为了全面探索数据集中的甲基化模式，NanoMethViz允许以各种分辨率绘制数据。在样本级别，我们使用多维标度以无监督的方式查看甲基化谱图之间的关系。通过将它们缩放到相对位置并聚集其轮廓，我们可以可视化特征类别（如基因或CpG岛）的甲基化轮廓。在最高分辨率下，我们使用意大利面条图可视化整个基因组中各个读数的甲基化模式，从而使用户能够探索特定的基因或感兴趣的基因组区域。总而言之，我们的软件使甲基化信号的处理更加方便，扩展了纳米孔数据的可视化选项，并与Bioconductor项目中现有的甲基化分析工具无缝协作。我们的软件可从https://bioconductor.org/packages/NanoMethViz获得。我们使用意大利面条图可视化了整个基因组中各个读数的甲基化模式，从而使用户能够探索特定的基因或感兴趣的基因组区域。总而言之，我们的软件使甲基化信号的处理更加方便，扩展了纳米孔数据的可视化选项，并与Bioconductor项目中现有的甲基化分析工具无缝协作。我们的软件可从https://bioconductor.org/packages/NanoMethViz获得。我们使用意大利面条图可视化了整个基因组中各个读数的甲基化模式，从而使用户能够探索特定的基因或感兴趣的基因组区域。总而言之，我们的软件使甲基化信号的处理更加方便，扩展了纳米孔数据的可视化选项，并与Bioconductor项目中现有的甲基化分析工具无缝协作。我们的软件可从https://bioconductor.org/packages/NanoMethViz获得。扩展了纳米孔数据的可视化选项，并与Bioconductor项目中现有的甲基化分析工具无缝协作。我们的软件可从https://bioconductor.org/packages/NanoMethViz获得。扩展了纳米孔数据的可视化选项，并与Bioconductor项目中现有的甲基化分析工具无缝协作。我们的软件可从https://bioconductor.org/packages/NanoMethViz获得。