Tomato brown rugose fruit virus (ToBRFV) was identified in Israel during October 2014 in tomato plants (Solanum lycopersicum). These plants, carrying the durable resistance gene against tomato mosaic virus, Tm-2², displayed severe disease symptoms and losses to fruit yield and quality. These plants were found infected with a tobamovirus similar to that discovered earlier in Jordan. This study was designed to screen and identify tomato genotypes resistant or tolerant to ToBRFV. The identified resistance and tolerance traits were further characterized virologically and genetically. Finally, DNA markers linked to genes controlling these traits were developed as tools to expedite resistance breeding. To achieve these objectives, 160 genotypes were screened, resulting in the identification of an unexpectedly high number of tolerant genotypes and a single genotype resistant to the virus. A selected tolerant genotype and the resistant genotype were further analyzed. Analysis of genetic inheritance revealed that a single recessive gene controls tolerance whereas at least two genes control resistance. Allelic test between the tolerant and the resistant genotype revealed that these two genotypes share a locus controlling tolerance, mapped to chromosome 11. This locus displayed a strong association with the tolerance trait, explaining nearly 91% of its variation in segregating populations. This same locus displayed a statistically significant association with symptom levels in segregating populations based on the resistant genotype. However, in these populations, the locus was able to explain only ~41% of the variation in symptom levels, confirming that additional loci are involved in the genetic control of the resistance trait in this genotype. A locus on chromosome 2, at the region of the Tm-1 gene, was finally found to interact with the locus discovered on chromosome 11 to control resistance.

中文翻译：

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番茄基因组位点控制和抗番茄棕褐色果毒的基因组图谱的鉴定与定位

以色列于2014年10月在番茄植株（Solanum lycopersicum）中鉴定出番茄褐皱果病毒（ToBRFV ）。这些植物带有对番茄花叶病毒Tm-2 ²的持久抗性基因表现出严重的疾病症状，并损害了水果的产量和品质。发现这些植物感染了烟草花叶病毒，类似于先前在约旦发现的。这项研究旨在筛选和鉴定对ToBRFV有抗性或耐受性的番茄基因型。鉴定出的抗性和耐受性特征在病毒学和遗传学上进一步表征。最后，与控制这些性状的基因相关的DNA标记被开发为加速抗性育种的工具。为了实现这些目标，筛选了160个基因型，从而鉴定出出乎意料的高耐受性基因型和对病毒具有抗性的单个基因型。进一步分析了选择的耐受基因型和耐药基因型。基因遗传分析表明，单个隐性基因控制耐受性，而至少两个基因控制抗性。耐受基因型和耐药基因型之间的等位基因测试显示，这两个基因型共有一个控制位点，定位于11号染色体。该基因位点与耐受性状表现出很强的关联性，解释了其分离种群中近91％的变异。该相同基因座在基于抗性基因型的隔离人群中与症状水平在统计学上具有显着相关性。但是，在这些人群中，基因座只能解释症状水平的〜41％变异，从而证实该基因型中抗性性状的遗传控制还涉及其他基因座。2号染色体上的一个基因座 耐受基因型和耐药基因型之间的等位基因测试显示，这两个基因型共有一个控制位点，定位于11号染色体。该基因位点与耐受性状表现出很强的关联性，解释了其分离种群中近91％的变异。该相同基因座在基于抗性基因型的隔离人群中与症状水平在统计学上具有显着相关性。然而，在这些人群中，基因座只能解释症状水平的〜41％变异，从而证实该基因型中抗性性状的遗传控制还涉及其他基因座。2号染色体上的一个基因座 耐受基因型和耐药基因型之间的等位基因测试显示，这两个基因型共有一个控制位点，定位于11号染色体。该基因位点与耐受性状表现出很强的关联性，解释了其分离种群中近91％的变异。该相同基因座在基于抗性基因型的隔离人群中与症状水平在统计学上具有显着相关性。但是，在这些人群中，基因座只能解释症状水平的〜41％变异，从而证实该基因型中抗性性状的遗传控制还涉及其他基因座。2号染色体上的一个基因座 解释了近91％的种族隔离差异。该相同基因座在基于抗性基因型的隔离人群中与症状水平在统计学上具有显着相关性。但是，在这些人群中，基因座只能解释症状水平的〜41％变异，从而证实该基因型中抗性性状的遗传控制还涉及其他基因座。2号染色体上的一个基因座 解释了近91％的种族隔离差异。该相同基因座在基于抗性基因型的隔离人群中与症状水平在统计学上具有显着相关性。但是，在这些人群中，基因座只能解释症状水平的〜41％变异，从而证实该基因型中抗性性状的遗传控制还涉及其他基因座。2号染色体上的一个基因座 证实在该基因型中其他位点参与了抗性性状的遗传控制。2号染色体上的一个基因座 证实在该基因型中其他位点参与了抗性性状的遗传控制。2号染色体上的一个基因座最终发现Tm-1基因与11号染色体上发现的基因座相互作用以控制抗性。