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Genome-wide identification and comprehensive analysis of NAC family genes involved in fruit development in kiwifruit (Actinidia)
BMC Plant Biology ( IF 5.3 ) Pub Date : 2021-01-15 , DOI: 10.1186/s12870-020-02798-2
Dongfeng Jia 1, 2 , Zhiqiang Jiang 1, 2 , Haihui Fu 1 , Lu Chen 1, 2 , Guanglian Liao 1, 2 , Yanqun He 1, 2 , Chunhui Huang 1, 2 , Xiaobiao Xu 1, 2
Affiliation  

NAC transcription factors (TFs) are plant-specific proteins encoded by a large gene family. They play important roles in diverse biological processes, such as plant growth and development, leaf senescence, and responses to biotic or abiotic stresses. Functions of a number of NAC TFs have been identified mainly in model plants. However, very few studies on NAC TFs have been conducted in the fruit tree of kiwifruit. Genome-wide NAC genes were identified and their phylogeny, genomic structure, chromosomal location, synteny relationships, protein properties and conserved motifs were analyzed. In addition, the fruit developmental process was evaluated in a new kiwifruit cultivar of Actinidia eriantha ‘Ganlu 1’. And expressions for all those NAC genes were analyzed by quantitative real-time PCR method in fruits of ‘Ganlu 1’ during its developmental process. Our research identified 142 NAC TFs which could be phylogenetically divided into 23 protein subfamilies. The genomic structures of those NAC genes indicated that their exons were between one and ten. Analysis of chromosomal locations suggested that 116 out of 142 NACs distributed on all the 29 kiwifruit chromosomes. In addition, genome-wide gene expression analysis showed that expressions of 125 out of 142 NAC genes could be detected in fruit samples. Our comprehensive study provides novel information on NAC genes and expression patterns in kiwifruit fruit. This research would be helpful for future functional identification of NAC genes involved in kiwifruit fruit development.

中文翻译:

猕猴桃果实发育过程中NAC家族基因全基因组鉴定及综合分析

NAC 转录因子 (TF) 是由大基因家族编码的植物特异性蛋白质。它们在多种生物过程中发挥重要作用,例如植物生长和发育、叶片衰老以及对生物或非生物胁迫的反应。许多 NAC TF 的功能主要在模型植物中得到鉴定。然而,在猕猴桃果树中对NAC TFs的研究很少。鉴定了全基因组 NAC 基因,并分析了它们的系统发育、基因组结构、染色体位置、同线性关系、蛋白质特性和保守基序。此外,还对猕猴桃'甘露1号'猕猴桃新品种的果实发育过程进行了评价。并通过实时定量PCR方法分析了'甘露1号'果实发育过程中所有NAC基因的表达情况。我们的研究确定了 142 个 NAC TF,它们可以在系统发育上分为 23 个蛋白质亚家族。这些 NAC 基因的基因组结构表明它们的外显子在 1 到 10 之间。染色体位置分析表明,142 个 NAC 中有 116 个分布在所有 29 条奇异果染色体上。此外,全基因组基因表达分析表明,在水果样品中可以检测到 142 个 NAC 基因中的 125 个的表达。我们的综合研究提供了猕猴桃果实中 NAC 基因和表达模式的新信息。该研究将有助于未来参与猕猴桃果实发育的NAC基因的功能鉴定。我们的研究确定了 142 个 NAC TF,它们可以在系统发育上分为 23 个蛋白质亚家族。这些 NAC 基因的基因组结构表明它们的外显子在 1 到 10 之间。染色体位置分析表明,142 个 NAC 中有 116 个分布在所有 29 条奇异果染色体上。此外,全基因组基因表达分析表明,在水果样品中可以检测到 142 个 NAC 基因中的 125 个的表达。我们的综合研究提供了猕猴桃果实中 NAC 基因和表达模式的新信息。该研究将有助于未来参与猕猴桃果实发育的NAC基因的功能鉴定。我们的研究确定了 142 个 NAC TF,它们可以在系统发育上分为 23 个蛋白质亚家族。这些 NAC 基因的基因组结构表明它们的外显子在 1 到 10 之间。染色体位置分析表明,142 个 NAC 中有 116 个分布在所有 29 条奇异果染色体上。此外,全基因组基因表达分析表明,在水果样品中可以检测到 142 个 NAC 基因中的 125 个的表达。我们的综合研究提供了猕猴桃果实中 NAC 基因和表达模式的新信息。该研究将有助于未来参与猕猴桃果实发育的NAC基因的功能鉴定。这些 NAC 基因的基因组结构表明它们的外显子在 1 到 10 之间。染色体位置分析表明,142 个 NAC 中有 116 个分布在所有 29 条奇异果染色体上。此外,全基因组基因表达分析表明,在水果样品中可以检测到 142 个 NAC 基因中的 125 个的表达。我们的综合研究提供了猕猴桃果实中 NAC 基因和表达模式的新信息。该研究将有助于未来参与猕猴桃果实发育的NAC基因的功能鉴定。这些 NAC 基因的基因组结构表明它们的外显子在 1 到 10 之间。染色体位置分析表明,142 个 NAC 中有 116 个分布在所有 29 条奇异果染色体上。此外,全基因组基因表达分析表明,在水果样品中可以检测到 142 个 NAC 基因中的 125 个的表达。我们的综合研究提供了猕猴桃果实中 NAC 基因和表达模式的新信息。该研究将有助于未来参与猕猴桃果实发育的NAC基因的功能鉴定。我们的综合研究提供了猕猴桃果实中 NAC 基因和表达模式的新信息。该研究将有助于未来参与猕猴桃果实发育的NAC基因的功能鉴定。我们的综合研究提供了猕猴桃果实中 NAC 基因和表达模式的新信息。该研究将有助于未来参与猕猴桃果实发育的NAC基因的功能鉴定。
更新日期:2021-01-16
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