Bone dysplasias are a group of rare hereditary diseases, with up to 436 disease types. Perinatal diagnosis is clinically important for adequate personalized management and counseling. There are no reports focused on pathogenic variants of bone dysplasias in the general population. In this study, we focused on autosomal recessive bone dysplasias. We identified pathogenic variants using whole-genome reference panel data from 3552 Japanese individuals. For the first time, we were able to estimate the carrier frequencies and the proportions of potential patients. For autosomal recessive bone dysplasias, we detected 198 pathogenic variants of 54 causative genes. We estimated the variant carrier frequencies and the proportions of potential patients with variants associated with four clinically important bone dysplasias: osteogenesis imperfecta (OI), hypophosphatasia (HPP), asphyxiating thoracic dysplasia (ATD), and Ellis–van Creveld syndrome (EvC). The proportions of potential patients with OI, ATD, and EvC based on pathogenic variants classified as “pathogenic” and “likely pathogenic” by InterVar were closer to the reported incidence rates in Japanese subjects. Furthermore, the proportions of potential patients with HPP variants classified as “pathogenic” and “likely pathogenic” in InterVar and “pathogenic” in ClinVar were closer to the reported incidence rates. For bone dysplasia, the findings of this study will provide a better understanding of the variant types and frequencies in the Japanese general population, and should be useful for clinical diagnosis, genetic counseling, and personalized medicine.

骨发育不良是一组罕见的遗传性疾病，多达436种疾病类型。围产期诊断对于充分的个性化管理和咨询在临床上很重要。没有关于一般人群中骨发育不良的致病变异的报道。在这项研究中，我们专注于常染色体隐性遗传性骨发育不良。我们使用来自 3552 名日本人的全基因组参考面板数据确定了致病变异。我们第一次能够估计载波频率和潜在患者的比例。对于常染色体隐性遗传性骨发育不良，我们检测到 54 个致病基因的 198 个致病变异。我们估计了变异携带者的频率和具有与四种临床上重要的骨发育不良相关的变异的潜在患者的比例：成骨不全症（OI），低磷酸酯酶症 (HPP)、窒息性胸廓发育不良 (ATD) 和 Ellis-van Creveld 综合征 (EvC)。根据被 InterVar 分类为“致病”和“可能致病”的致病变异，潜在的 OI、ATD 和 EvC 患者的比例更接近日本受试者报告的发病率。此外，在 InterVar 中被归类为“致病”和“可能致病”以及在 ClinVar 中被归类为“致病”的 HPP 变异的潜在患者比例更接近报告的发病率。对于骨发育不良，本研究的结果将有助于更好地了解日本普通人群的变异类型和频率，并有助于临床诊断、遗传咨询和个性化医疗。和 Ellis-van Creveld 综合征 (EvC)。根据被 InterVar 分类为“致病”和“可能致病”的致病变异，潜在的 OI、ATD 和 EvC 患者的比例更接近日本受试者报告的发病率。此外，在 InterVar 中被归类为“致病”和“可能致病”以及在 ClinVar 中被归类为“致病”的 HPP 变异的潜在患者比例更接近报告的发病率。对于骨发育不良，本研究的结果将有助于更好地了解日本普通人群的变异类型和频率，并有助于临床诊断、遗传咨询和个性化医疗。和 Ellis-van Creveld 综合征 (EvC)。根据被 InterVar 分类为“致病”和“可能致病”的致病变异，潜在的 OI、ATD 和 EvC 患者的比例更接近日本受试者报告的发病率。此外，在 InterVar 中被归类为“致病”和“可能致病”以及在 ClinVar 中被归类为“致病”的 HPP 变异的潜在患者比例更接近报告的发病率。对于骨发育不良，本研究的结果将有助于更好地了解日本普通人群的变异类型和频率，并有助于临床诊断、遗传咨询和个性化医疗。基于被 InterVar 归类为“致病”和“可能致病”的致病变异的 EvC 更接近日本受试者报告的发病率。此外，在 InterVar 中被归类为“致病”和“可能致病”以及在 ClinVar 中被归类为“致病”的 HPP 变异的潜在患者比例更接近报告的发病率。对于骨发育不良，本研究的结果将有助于更好地了解日本普通人群的变异类型和频率，并有助于临床诊断、遗传咨询和个性化医疗。在 InterVar 中被归类为“致病”和“可能致病”以及在 ClinVar 中被归类为“致病”的 HPP 变异的潜在患者比例更接近报告的发病率。对于骨发育不良，本研究的结果将有助于更好地了解日本普通人群的变异类型和频率，并有助于临床诊断、遗传咨询和个性化医疗。在 InterVar 中被归类为“致病”和“可能致病”以及在 ClinVar 中被归类为“致病”的 HPP 变异的潜在患者比例更接近报告的发病率。对于骨发育不良，本研究的结果将有助于更好地了解日本普通人群的变异类型和频率，并有助于临床诊断、遗传咨询和个性化医疗。