Background

Cholera, a rapidly dehydrating diarrheal disease caused by toxigenic Vibrio cholerae, is a leading cause of morbidity and mortality in some regions of the world. Core genome multilocus sequence typing (cgMLST) is a promising approach in generating genetic fingerprints from whole-genome sequencing (WGS) data for strain comparison among laboratories.

Methods

We constructed a V. cholerae core gene allele database using an in-house developed computational pipeline, a database with cgMLST profiles converted from genomic sequences from the National Center for Biotechnology Information, and built a REST-based web accessible via the Internet.

Results

We built a web service platform—cgMLST@Taiwan and installed a V. cholerae allele database, a cgMLST profile database, and computational tools for generating V. cholerae cgMLST profiles (based on 3,017 core genes), performing rapid global strain tracking, and clustering analysis of cgMLST profiles. This web-based platform provides services to researchers, public health microbiologists, and physicians who use WGS data for the investigation of cholera outbreaks and tracking of V. cholerae strain transmission across countries and geographic regions. The cgMLST@Taiwan is accessible at http://rdvd.cdc.gov.tw/cgMLST.

中文翻译：

---

cgMLST@Taiwan：霍乱弧菌 cgMLST 分析和全局应变跟踪的网络服务平台

背景

霍乱是一种由产毒霍乱弧菌引起的快速脱水腹泻病，是世界某些地区发病和死亡的主要原因。核心基因组多位点序列分型 (cgMLST) 是一种从全基因组测序 (WGS) 数据中生成遗传指纹用于实验室间菌株比较的有前景的方法。

方法

我们使用内部开发的计算管道构建了霍乱弧菌核心基因等位基因数据库，该数据库包含从国家生物技术信息中心的基因组序列转换而来的 cgMLST 配置文件，并构建了一个可通过互联网访问的基于 REST 的网络。

结果

我们建立了一个网络服务平台——cgMLST@Taiwan，并安装了一个霍乱弧菌等位基因数据库、一个 cgMLST 谱数据库，以及用于生成霍乱弧菌cgMLST 谱（基于 3,017 个核心基因）、执行快速全局应变跟踪和聚类的计算工具cgMLST 配置文件的分析。这个基于网络的平台为研究人员、公共卫生微生物学家和医生提供服务，他们使用 WGS 数据调查霍乱爆发和追踪跨国家和地理区域的霍乱弧菌菌株传播。cgMLST@Taiwan 可在 http://rdvd.cdc.gov.tw/cgMLST 访问。