Abstract

We describe an updated comprehensive database, LincSNP 3.0 (http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/LincSNP), which aims to document and annotate disease or phenotype-associated variants in human long non-coding RNAs (lncRNAs) and circular RNAs (circRNAs) or their regulatory elements. LincSNP 3.0 has updated with several novel features, including (i) more types of variants including single nucleotide polymorphisms (SNPs), linkage disequilibrium SNPs (LD SNPs), somatic mutations and RNA editing sites have been expanded; (ii) more regulatory elements including transcription factor binding sites (TFBSs), enhancers, DNase I hypersensitive sites (DHSs), topologically associated domains (TADs), footprintss, methylations and open chromatin regions have been added; (iii) the associations among circRNAs, regulatory elements and variants have been identified; (iv) more experimentally supported variant-lncRNA/circRNA-disease/phenotype associations have been manually collected; (v) the sources of lncRNAs, circRNAs, SNPs, somatic mutations and RNA editing sites have been updated. Moreover, four flexible online tools including Genome Browser, Variant Mapper, Circos Plotter and Functional Annotation have been developed to retrieve, visualize and analyze the data. Collectively, LincSNP 3.0 provides associations among functional variants, regulatory elements, lncRNAs and circRNAs in diseases. It will serve as an important and continually updated resource for investigating functions and mechanisms of lncRNAs and circRNAs in diseases.

中文翻译：

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LincSNP 3.0：一个更新的数据库，用于将功能变异与人类长链非编码RNA，环状RNA及其调控元件连接

摘要

我们描述了一个更新的综合数据库LincSNP 3.0（http://bioinfo.hrbmu.edu.cn/LincSNP），该数据库旨在记录和注释人类长非编码RNA（lncRNA）和环状RNA中的疾病或与表型相关的变异（circRNA）或其调控元件。LincSNP 3.0已更新，具有几个新功能，其中包括：（i）更多类型的变体，包括单核苷酸多态性（SNP），连锁不平衡SNP（LD SNP），体细胞突变和RNA编辑位点；（ii）增加了更多的调控元件，包括转录因子结合位点（TFBS），增强子，DNase I超敏位点（DHS），拓扑相关结构域（TAD），足迹，甲基化和染色质开放区域；（iii）鉴定了circRNA，调控元件和变体之间的关联；（iv）手动收集了更多实验支持的变体-lncRNA / circRNA-疾病/表型关联；（v）lncRNA，circRNA，SNP，体细胞突变和RNA编辑位点的来源已更新。此外，已经开发了四个灵活的在线工具，包括基因组浏览器，变体映射器，Circos绘图仪和功能注释，以检索，可视化和分析数据。总的来说，LincSNP 3.0提供了疾病中功能变异，调节元件，lncRNA和circRNA之间的关联。它将作为重要的且不断更新的资源，用于研究疾病中lncRNA和circRNA的功能和机制。体细胞突变和RNA编辑位点已更新。此外，已经开发了四个灵活的在线工具，包括基因组浏览器，变体映射器，Circos绘图仪和功能注释，以检索，可视化和分析数据。总的来说，LincSNP 3.0提供了疾病中功能变异，调节元件，lncRNA和circRNA之间的关联。它将作为重要的且不断更新的资源，用于研究疾病中lncRNA和circRNA的功能和机制。体细胞突变和RNA编辑位点已更新。此外，已经开发了四个灵活的在线工具，包括基因组浏览器，变体映射器，Circos绘图仪和功能注释，以检索，可视化和分析数据。总的来说，LincSNP 3.0提供了疾病中功能变异，调节元件，lncRNA和circRNA之间的关联。它将作为重要的且不断更新的资源，用于研究疾病中lncRNA和circRNA的功能和机制。疾病中的lncRNA和circRNA。它将作为重要的且不断更新的资源，用于研究疾病中lncRNA和circRNA的功能和机制。疾病中的lncRNA和circRNA。它将作为重要的且不断更新的资源，用于研究疾病中lncRNA和circRNA的功能和机制。