Quercus suber (cork oak) is an evergreen tree native to the Mediterranean basin, which plays a key role in the ecology and economy of this area. Over the last decades, this species has gone through an observable decline, mostly due to environmental factors. Deciphering the mechanisms of cork oak’s response to the environment and getting a deep insight into its biology are crucial to counteract biotic and abiotic stresses compromising the stability of a unique ecosystem. In the light of these setbacks, the publication of the genome in 2018 was a major step towards understanding the genetic make-up of this species. In an effort to integrate this information in a comprehensive, accessible and intuitive format, we have developed The Cork Oak Genome Database Portal (CorkOakDB). The CorkOakDB is supported by the BioData.pt e-infrastructure, the Portuguese ELIXIR node for biological data. The portal gives public access to search and explore the curated genomic and transcriptomic data on this species. Moreover, CorkOakDB provides a user-friendly interface and functional tools to help the research community take advantage of the increased accessibility to genomic information. A study case is provided to highlight the functionalities of the portal. CorkOakDB guarantees the update, curation and data collection, aiming to collect data besides the genetic/genomic information, in order to become the main repository in cork oak research.

中文翻译：

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CorkOakDB—Cork Oak 基因组数据库门户

栎类（栓皮栎）是一种原产于地中海盆地的常绿乔木，在该地区的生态和经济中起着关键作用。在过去的几十年里，这个物种经历了可观察到的下降，主要是由于环境因素。破译软木橡木对环境的反应机制并深入了解其生物学对于抵消影响独特生态系统稳定性的生物和非生物压力至关重要。鉴于这些挫折，2018 年基因组的发表是朝着了解该物种基因构成迈出的重要一步。为了以全面、可访问和直观的格式整合这些信息，我们开发了 Cork Oak 基因组数据库门户 (CorkOakDB)。CorkOakDB 由 BioData.pt 电子基础设施支持，用于生物数据的葡萄牙 ELIXIR 节点。该门户网站让公众可以搜索和探索有关该物种的精选基因组和转录组数据。此外，CorkOakDB 提供了一个用户友好的界面和功能工具，以帮助研究界利用对基因组信息的增加的可访问性。提供了一个研究案例来突出门户的功能。CorkOakDB 保证更新、管理和数据收集，旨在收集遗传/基因组信息之外的数据，以成为软木橡树研究的主要存储库。CorkOakDB 提供了一个用户友好的界面和功能工具，以帮助研究界利用对基因组信息的增加的可访问性。提供了一个研究案例来突出门户的功能。CorkOakDB 保证更新、管理和数据收集，旨在收集遗传/基因组信息之外的数据，以成为软木橡树研究的主要存储库。CorkOakDB 提供了一个用户友好的界面和功能工具，以帮助研究界利用对基因组信息的增加的可访问性。提供了一个研究案例来突出门户的功能。CorkOakDB 保证更新、管理和数据收集，旨在收集遗传/基因组信息之外的数据，以成为软木橡树研究的主要存储库。