Passion fruit, native to tropical America, is an agriculturally, economically and ornamentally important fruit plant that is well known for its acid pulp, rich aroma and distinctive flavour. Here, we present a chromosome‐level genome assembly of passion fruit by incorporating PacBio long HiFi reads and Hi‐C technology. The assembled reference genome is 1.28 Gb size with a scaffold N50 of 126.4 Mb and 99.22% sequences anchored onto nine pseudochromosomes. This genome is highly repetitive, accounting for 86.61% of the assembled genome. A total of 39,309 protein‐coding genes were predicted with 93.48% of those being functionally annotated in the public databases. Genome evolution analysis revealed a core eudicot‐common γ whole‐genome triplication event and a more recent whole‐genome duplication event, possibly contributing to the expansion of certain gene families. The 33 rapidly expanded gene families were significantly enriched in the pathways of isoflavone biosynthesis, galactose metabolism, diterpene biosynthesis and fatty acid metabolism, which might be responsible for the formation of featured flavours in the passion fruit. Transcriptome analysis revealed that genes related to ester and ethylene biosynthesis were significantly upregulated in the mature fruit and the expression levels of those genes were consistent with the accumulation of volatile lipid compounds. The passion fruit genome analysis improves our understanding of the genome evolution of this species and sheds new lights into the molecular mechanism of aroma biosynthesis in passion fruit.

中文翻译：

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染色体水平的参考基因组组装提供了对百香果（Passiflora edulis）香气生物合成的见解

百香果原产于热带美洲，是一种在农业、经济和观赏方面都很重要的水果植物，以其酸性果肉、浓郁的香气和独特的风味而闻名。在这里，我们通过结合 PacBio 长 HiFi 读取和 Hi-C 技术，展示了百香果的染色体水平基因组组装。组装的参考基因组大小为 1.28 Gb，支架 N50 为 126.4 Mb，99.22% 的序列锚定在九个假染色体上。该基因组具有高度重复性，占组装基因组的 86.61%。共预测了 39,309 个蛋白质编码基因，其中 93.48% 的基因在公共数据库中进行了功能注释。基因组进化分析揭示了一个核心eudicot-common γ全基因组三重事件和一个最近的全基因组重复事件，可能有助于某些基因家族的扩张。33个快速扩增的基因家族在异黄酮生物合成、半乳糖代谢、二萜生物合成和脂肪酸代谢途径中显着富集，这可能是百香果特色风味形成的原因。转录组分析显示，成熟果实中与酯和乙烯生物合成相关的基因显着上调，这些基因的表达水平与挥发性脂质化合物的积累一致。百香果基因组分析提高了我们对该物种基因组进化的理解，并为百香果香气生物合成的分子机制提供了新的线索。33个快速扩增的基因家族在异黄酮生物合成、半乳糖代谢、二萜生物合成和脂肪酸代谢途径中显着富集，这可能是百香果特色风味形成的原因。转录组分析显示，成熟果实中与酯和乙烯生物合成相关的基因显着上调，这些基因的表达水平与挥发性脂质化合物的积累一致。百香果基因组分析提高了我们对该物种基因组进化的理解，并为百香果香气生物合成的分子机制提供了新的线索。33个快速扩增的基因家族在异黄酮生物合成、半乳糖代谢、二萜生物合成和脂肪酸代谢途径中显着富集，这可能是百香果特色风味形成的原因。转录组分析显示，成熟果实中与酯和乙烯生物合成相关的基因显着上调，这些基因的表达水平与挥发性脂质化合物的积累一致。百香果基因组分析提高了我们对该物种基因组进化的理解，并为百香果香气生物合成的分子机制提供了新的线索。这可能是导致百香果特色风味形成的原因。转录组分析显示，成熟果实中与酯和乙烯生物合成相关的基因显着上调，这些基因的表达水平与挥发性脂质化合物的积累一致。百香果基因组分析提高了我们对该物种基因组进化的理解，并为百香果香气生物合成的分子机制提供了新的线索。这可能是导致百香果特色风味形成的原因。转录组分析显示，成熟果实中与酯和乙烯生物合成相关的基因显着上调，这些基因的表达水平与挥发性脂质化合物的积累一致。百香果基因组分析提高了我们对该物种基因组进化的理解，并为百香果香气生物合成的分子机制提供了新的线索。